主人公岩井戸泰巳在大四时选修了植原カノン的人类学课程，写了一篇文化部落灭亡引发杀戮的文章，引起植原上司桐村悟教授的关注。一周前一个名叫稲生ナオ的女孩从“鸟食岛”逃到本土，因语言障碍只能通过书写交流。1977 年学者鷹丘尋一曾发表过一篇鸟食岛的调查报告。岛上居民分为“鹫族”和“鸦族”两种，均崇尚面具神“酉鬼”，在岛的中心建造了一个名为“鸟之塔”的圆柱形塔，两族人的房屋围绕着“鸟之塔”交替排列成同心圆。岛民满十六岁便要切除身体的一部分献祭给鬼，名曰“斩龄”。桐村悟、桐村美咲（悟的妹妹）、樋泉耀平、石室猛（金牙）、満田穣（银牙）、稲生ナオ七人上岛调研，其中稲生ナオ怕被岛民认出，施行变装。
鹫族：
- 鷲尾卓（52岁）：首领，缺少右眼。
- 鴇田清吉（44岁）：鬼装具师，缺少两耳。
- 鷲尾ひさ（50岁）：卓的妻子，缺少右眼。
- 鴇田鶴子（42岁）：清吉的妻子，缺少左耳。
- 鷹丘砂霧（40岁）：鷹丘尋一的前妻，缺少左眼。
- 鷲尾道夫（26岁）：鷲尾家长子，缺少右眼。
- 鴇田嘴月（26岁）：鴇田家长子，斩师，缺少左耳。
- 鴇田屑刃（25岁）：鴇田家长女（嘴月的妹妹），斩师，缺少左耳。
- 鷹丘裂季（22岁）：砂霧的女儿，缺少两手和左眼。
- 鷲尾小夜（16岁）：鷲尾家长女（道夫的妹妹），父亲疑似清吉，马上要到“斩龄”。
- 鴇田征爾（15岁）：鴇田家次子，未到“斩龄”。
- 鷲尾亜昼（12岁）：鷲尾家次女，未到“斩龄”，有预言能力。
鸦族：
- 蒼鴉司郎（53岁）：首领，缺少右手。
- 烏丸完（48岁）：鬼装具师，缺少左脚。
- 蒼鴉刃菜（42岁）：司郎的妻子，烏丸完的妹妹，缺少右手。
- 烏丸仄花（42岁）：完的妻子，缺少左脚。
- 蒼鴉闇介（27岁）：蒼鴉家长子，缺少右手。
- 烏丸漆黒（24岁）：烏丸家长子，斩师，缺少左脚。
- 蒼鴉美玖（22岁）：蒼鴉家长女（闇介的妹妹），缺少右手。
- 烏丸芽衣（15岁）：烏丸家长女，未到“斩龄”。
- 烏丸紗枝（14岁）：烏丸家次女，未到“斩龄”。
- 蒼鴉茎菜（10岁）：美玖的女儿，未到“斩龄”。
在供奉“酉鬼”供物的“三宝台”上摆放着一根白色的羽毛。特派医师会为了和稲生薫子医生联系，特意在诊所安装了 WiFi 基站。石室和満田给岛上鸟类喂下毒药，大量鸟类死亡。泰巳在沙滩发现稲生ナオ的全裸尸体，胸腹部被人剖开了一个十字，双臂从根部切除，沙滩上只有ナオ和泰巳的脚印。与此同时，美咲在仓库发现桐村悟的全裸尸体，后背有一个十字划痕，门自内上锁，犯人理论上可以从屋顶逃脱，但屋顶栖息了许多乌鸦，并没有被惊扰大吵，所以这是一起“乌鸦监视密室”。桐村双眼被挖空，右手紧攥着一根白色羽毛，而“三宝台”上供奉的羽毛消失，疑似是同一根。岛民的房屋呈环状分布，大家习惯互相监视，没看到有人进入仓库。
稲生薫子说自己怀上ナオ是被岛民强奸。桐村美咲怀疑稲生ナオ和桐村悟做爱时将其杀死，乘游艇逃跑时被泰巳发现并杀害，泰巳踩着海滩离开，所以没有留下足迹。泰巳和内心的另一重吃人人格“木又リク”对话。石室和満田失踪。有人在早餐的鹫肉、鸦肉中下毒，鷲尾卓、鷲尾道夫中毒身亡。烏丸芽衣、烏丸紗枝左腿和头均被砍断，头被人拿走，亜昼证实看到姐妹二人被“酉鬼”大人召进森林。卓和道夫的头在仓库中被人割下带走，看守仓库的小夜证实医生和清吉来过，薫子在清吉之前。
岛民怀疑外来者泰巳、樋泉、美咲杀人，将他们关进“鸟之塔”。塔内空空如也，离地面二十米的高处有一个开着的圆形小窗，但塔内没有楼梯和梯子，不知道如何打开。夜里发生火灾，八个成年人鴇田清吉、鷲尾ひさ、鴇田鶴子、鷹丘砂霧、蒼鴉司郎、烏丸完、蒼鴉刃菜、烏丸仄花均被烧死，但骸骨中发现两具不像是岛民的颅骨，从金牙、银牙判断是失踪的石室和満田。“鸟之塔”的房间可以在下雨时会随积水上升，到达塔顶可以看到一个书桌，众人从天窗爬绳子逃离。
剩余的十个岛民聚集在广场上举行祭典，分享烤熟的肉块。因为石室和満田是外人没有中毒，所以鴇田征爾准备了他俩的肉，但所有吃了肉的人仍纷纷中毒身亡。稲生薫子刺杀征爾。泰巳和美咲逃跑，美咲中途掉了手机回去拿。泰巳、美咲、樋泉成功回到本土。
美咲在自家房间死亡，尸体腐烂。桌上有一罐福尔马林，里面浸泡着一只桐村悟的眼球。
在一个古老小岛上保留着年满十六岁就要切断某个身体部位的鬼畜习俗。一群人类学者上岛考察，随后发生大规模连续杀人案，包括一起无足迹杀人、一起密室杀人、一起密室断头，最后仅三人生还。三重解答的前两重中规中矩，最后一重解答毫无预警地飞升为变格推理，而且不是一般的变，那一瞬间我仿佛看到了麻耶雄嵩。
