【序章】饥渴的老鼠与长颈鹿来到一座由狮子统治的金字塔。自大的狮子要求它们说出自己 100 个优点，否则就吃掉它们。在它们卡在第 99 个时，一只红头鸟出现，嘲讽狮子并非最强，只是困在金字塔里逞威风。狮子大怒，迁怒于随从，老鼠和长颈鹿趁机逃走。多年后，老鼠和长颈鹿重返故地，发现金字塔已在地震中被沙掩埋，狮子葬身其中。
建筑师宮村達也、侦探蜘蛛手啓司来到大木综合医院。早上 8:15，蜘蛛手操纵无人机拍摄，偶然拍到“金字塔大厦”顶层 8 楼的“吊钟栋”。影像显示，副院长大木帝太从室内拉上了门闩，而他的母亲大木薙似乎被锁在外面，无法进入。8:45，吊钟栋突然坍塌，垂直坠落穿过中央天井，砸毁了 1 楼大厅中央的金字塔模型。现场一片混乱，散落着大量现金。残骸中发现了两具尸体：一是大木帝太，他颈部扭曲，显然死于坠落，但腹部却有致命刺伤；二是身份不明的流浪汉，他被压在混凝土下，手中紧握着一把磨尖带血的螺丝刀。宮村检查了坠落的吊钟栋唯一的门，发现门闩仍插在门框上，呈弯曲状。蜘蛛手认定，这是一起发生在吊钟栋内部的密室杀人案，杀人后发生了建筑崩塌。
故事回溯到吊钟栋崩塌前的几个礼拜。“跳田建设”的堀田蘆海受上司竹内勇吉指派，去驱逐一名住在工地预定路线上的流浪汉。流浪汉的帐篷位于大木家所有的山林中，内部井井有条，堆满了书籍。堀田留下搬迁通知后，在另一条旧路上意外撞倒了这位老人。老人穿着写有“森”字的运动衫，堀田告知他施工计划，建议他搬到谷侧。数日后，一场台风摧毁了堀田的临时办公室，车子也无法启动。自称モリ的老人出现，他已将帐篷转移到安全处，邀请堀田避雨。堀田注意到老人怀里藏着一只像新生老鼠的无毛宠物。老人透露，他曾在大木精神病院住了 30 年，5 年前才离开。
崩塌前 5 日，堀田再次拜访モリ，提到他的工程包含拆除团地西侧的旧隔离栋。モリ说，那栋楼曾是重度精神病人的隔离所，因陽太院长的姐弟遗产纠纷才保留至今。モリ透露，他当年被兄嫂陷害，夺走财产，强制送入医院。医院里的“保护室”实为“拷问室”，病人被绑在混凝土台上遭到殴打。医生利用“医疗保护”制度，一人独断决定病人是否出院。モリ在入院 20 年后，被迫成为“自由患者”，无偿从事各种杂务，包括清理自杀现场，医院则继续骗取医疗保险和生活补助。传闻医生岡本徹因虐待病人被定罪，后来出于报复，将当年调查他的警察关入旧隔离栋，直至其“死亡退院”。
崩塌前 4 日，モリ讲述了 27 年前发生在旧隔离栋的一桩密室杀人案。隔离室是一间混凝土房间，里面是混凝土床，唯一的钢制门从外部上锁，对面是观察廊，隔着竖直的钢栅栏和亚克力板，但格子下方有 10 厘米的空隙以便冲洗污物。モリ和另一位病人東麻立士关在相邻的隔离室。案发当晚，東麻因与护士争吵，被四肢束缚在床上。モリ听到了東麻的喊叫和呻吟，但无法看清隔壁情况。第二天一早，护士和モリ都听到了東麻的梦话，モリ离开去执行“自由患者”的任务，两小时后，上午 10 点，東麻被发现死在床上，身体仍被束缚，死因为绞杀，凶器消失。大木陽太估计死亡时间在上午 9 点左右，此时モリ已离开隔离栋，有不在场证明。当天医院的鲤鱼旗被风吹到高速公路上，引发了五人死亡的重大事故，急于掩盖丑闻的陽太将这起密室谋杀案掩饰成心力衰竭。
崩塌前 3 日，宮村、蜘蛛手参加了新项目的首次综合定例会议，得知院长夫人大木薙既是研究抗衰老的医生，也是一级建筑师，负责了包括 40 年前的“金字塔栋”在内的多项基本设计。会后，大木薙的秘书久原陪同蜘蛛手、宮村观察了 1 楼大厅中央的金字塔模型展柜，其四面玻璃门上都贴着标有大木家家纹“圆框单鳞纹”的黑色贴纸。堀田、竹内 等人陪同陽太院长前来，陽太用遥控器将模型柜的调光玻璃变得透明，露出了一个 1:30 的柘植木制“金字塔栋”模型。陽太介绍，模型中心与建筑中心重合，用于汇聚“金字塔能量”，他每月都会进入狭窄的玻璃柜冥想。久原补充说，天井会悬挂鲤鱼旗等装饰，但这个模型是绝对不会移动的。午后，宮村、蜘蛛手参观了“金字塔栋”，确认了 2-5 楼病房区均由 IC 卡和护士站管制，且楼层越高面积越小。电梯只到 6 楼的阳光室，且需卡片启动，7 楼是环绕天井的回廊，可俯瞰 1 楼的金字塔模型。大木帝太主动邀请他们参观 8 楼的吊钟栋，需穿过一个种满花草的屋顶阳台才能进入。吊钟栋与主体建筑分离，由四根斜向支柱在顶端汇合，再用一根粗链吊起，这样的设计是为了抗震。帝太的母亲大木薙每天两次用带脚轮的花盆亲自移动照料花草。
崩塌前 2 日午餐时，跳田建设的所长竹内勇吉在向宮村、蜘蛛手讲述了 29 年前发生在此处的“金字塔模型消失事件”。在初雪的深夜 0 点，1 楼大厅的强化玻璃展示柜突然发出破裂音，玻璃全碎。当时在 2 楼的护士、瑞慶山的母亲在两分钟内赶到现场，发现柜中 1:30 的柘植木模型已经消失，只剩下最顶层的吊钟部分、1 楼底座、神轿绳。消失的部分重达数百公斤，唯一的出口是正南面的玄关，大门微开，但门外的积雪上没有足迹。当时大木陽太院长精神几近崩溃，但未报警。一周后，新的二代模型和调光玻璃柜安装到位，但陽太时隔三年才重启祈祷仪式。瑞慶山补充，他母亲后来回忆，雪地上其实有过一组往返的猫的脚印。
【入院 18 个月时写的信】写信人向兄长致歉，称精神已完全恢复，请求兄长尽快为他办理出院手续，希望能在樱花盛开时回家。
崩塌前 2 日下午，宮村、蜘蛛手目睹了“自由患者”タカノ粗暴对待其他病人。堀田再次解释了“自由患者”被迫无偿劳动的悲惨处境，复述了モリ老人长期遭受监禁和虐待的经历。当晚，堀田再次拜访モリ，モリ坦白，他留在这里是因为从出生起就深爱着大木薙，希望能帮她解决折磨她的人。モリ认为自己的人生已失败，准备平静地迎接死亡。
【“床里林立”的告发信】大木病院长期通过虚报医护人员数量来骗保，让护士和自由患者代行本职工作。医院还伪造医疗记录，将死亡原因一律写为“心不全”。“床里林立”因与兄长冲突，被诊断为“综合失调症”入院，其实一切正常。他已将医院不正当行为的详细记录和照片藏在“金字塔”中，恳求将信件送往人权中心，同时警告大木已控制了本地警察。
崩塌前 2 日傍晚，宮村、蜘蛛手视察即将拆除的旧隔离栋，遇到了竹内。竹内发现建筑喷涂材料中含有石棉，所以留下测量，以便申请额外预算。竹内带领二人参观，介绍 1 楼的“修正室”内有四条用于拷问的生锈铁链。在 2 楼，竹内再次描述了隔离室的构造，津津乐道地讲述了患者如何用粪便攻击，护士如何用高压水管对患者进行惩罚。传闻有患者自称是潜入调查的警察，发现医院十年间有 60 多人失踪。竹内透露，旧病栋 1 的屋顶有一个秘密的 10 楼院长室，需通过电梯内隐藏的钥匙面板才能进入，是陽太的紧急避难所。他推测陽太院长搬出吊钟栋，是因为那里缺乏紧急逃生通道。
【第二封告发信】大木医院专门接收和榨取生活保护受给者，大木已经控制了整个久条市。
崩塌前 2 日夜晚，宮村、蜘蛛手在居酒屋讨论大木薙的外套，上面的图案是多种家纹的组合，唯独缺少了大木家的“圆框单鳞纹”。事务所的公佳确认了多种家纹的存在，其中包括代表立花姓氏的“橘纹”，宮村由此推测薙夫人的旧姓可能与建筑师立花勉有关。
【第三封信】写信人绝望地声称自己“一直在黑暗中”，正在失去说话的能力。他怀念外界的声音和气味，甚至自问“微风……是什么？”
崩塌前 2 日晚，瑞慶山良一和护士浜田幸子约会。幸子提到 39 年前，护士長谷葉子在深夜 1 点目击 4-5 具“不死”从 1 楼灵安室以四肢爬行而出，当她带同事返回时，“不死”已消失，而灵安室和出口均已上锁。几个月后，她和另一名同事再次目击一具“不死”从金字塔模型的底座幕布下爬出，那名同事因此精神受创，最终也住进了精神病院。長谷葉子现在对该事件闭口不谈。
【第四封信】写信人意识到自己出不去了，表示放弃。信件最后请求兄长能将零用钱增加 500 日元，因为他想吃巧克力。
崩塌前日上午，宮村在吊钟栋与大木帝太会面。帝太讲述，母亲大木薙出生于贫困的栄藤家，16 岁离家，早先与学者町田恵一结婚，经过数段事实婚姻后才嫁给陽太。薙生活极度规律：每天 5 点起床，做完家务后在 7 点来吊钟栋为他做早餐，然后去喂养实验动物，全天投入研究，下午教课，晚上再来做晚饭，之后继续研究至深夜，全年无休。蜘蛛手随后到来，质疑吊钟栋和金字塔栋的建筑设计完全不同，组合在一起非常奇怪。帝太透露，吊钟栋是在薙怀上他之后才追加的，最初计划是七层。
【床里林立的计划】岡本徹医生无意中泄露了他知道信件内容，证实了信件一直被审查。床里花费数年假装痴呆，只用平假名写信。岡本一直在偷窃他的零用钱，他等到岡本退休，用“想吃巧克力”的信成功获得了 2000 日元。他利用这笔钱指使外号“キリン”的自由患者潜入跳田建设，偷来了一把主钥匙，又从另一位自由患者阿下喜那里获取了使用智能手机的机会，与女性患者在地下一层接触。他认为医院正通过提供高盐食物对他进行缓慢的谋杀，为此制定了详细的脱逃计划。
崩塌当日凌晨 2 点，床里林立开始了他的行动。他从病房艰难地爬楼梯抵达 7 楼，在黑暗中等待数小时，直到清晨。他用主钥匙打开了通往 8 楼吊钟栋的最后一道门，手中紧握着磨尖的螺丝刀。
崩塌当日早上 7 点，宮村来到工地事务所，发现浜田幸子、瑞慶山、堀田都在故意回避他。宮村意识到，这些人昨天和蜘蛛手交谈之后，态度发生了巨变。
崩塌后的现场调查证实，吊钟栋四根支柱的锚栓完全生锈，整齐地断裂。废墟中散落了超过 8 亿日元的巨额现金。蜘蛛手指挥堀田、瑞慶山保护现场时，发现流浪汉床里尚有气息，他临死前说：“我成功了”。蜘蛛手驾驶旧隔离栋的挖掘机试图救人，却被中嶋医師 阻止，指控他破坏现场，蜘蛛手后因妨碍公务被捕。薙证实如无人机所见，她与帝太进行了一场“单纯的亲子吵架”，被帝太锁在了门外。当晚，宮村、瑞慶山用主钥匙潜入地下一层检查结构，在邻近的坑道中发现了人类的粪便和纸巾。
崩塌次日，律师十八女赶到，利用“紧急避难”的理由使蜘蛛手获释。蜘蛛手立即开车前往山梨，去调查网络上查不到的隐私信息，还要求宮村传送所有保护室的图纸。蜘蛛手随后致电宮村，只为确认大木病院的保护室都没有窗户。
这起盗窃案是陽太、薙夫妇为了转移黑钱而策划的一场戏，由モリ执行。金字塔模型并非实心木雕，而是由中空的木制方框叠加而成。这些方框可以互相套叠，2 楼的木框可以完美落入 1 楼的木框内，3 楼落入 2 楼，以此类推。当模型失去内部支撑时，2-7 层的所有楼层会瞬间叠缩，完全收纳进 1 楼的底座中，从视觉上造成了“消失”的假象。该模型真正的功能是陽太院长的秘密金库，用于藏匿数亿日元的不正当收入。模型的内部支撑物正是这些现金，特制成高 116 毫米的“大束”，与模型每一层木框的高度完全一致，从而能完美充当支撑柱，这就是为什么现金束是“1160 万円”这种奇怪的金额。モリ提前藏在模型内部的空洞中，花费数小时，将模型内的现金束一捆捆地转移到展示柜的四根中空支脚里。他通过轻微扭转木框的方式，暂时卡住模型，使其不至于立即坍塌。展示柜的强化玻璃，因为长期被旧式聚光灯照射，贴在玻璃上的黑色家纹贴纸吸收了大量热量，导致玻璃产生了结构性的热裂纹。モリ转移完现金，准备从玻璃门逃离时，一只野猫追逐犯人的宠物老鼠，撞上了已有裂纹的玻璃门，导致本已脆弱的强化玻璃瞬间粉碎，巨大的冲击波震动了本就靠扭转勉强支撑的空心木框，引发模型瞬间坍塌。雪地足迹是野猫逃离时留下的。モリ从内部楼梯间逃离，藏在医院内，因此没有在外面雪地留下脚印。
薙在过去 40 年间，每天都去 8 楼的屋顶平台给花浇水。她故意使用了含有氯化钙的除草剂（花盆其实不需要除草剂），浇灌在支撑吊钟栋的四根支柱底座上，导致固定支柱的锚栓逐渐生锈，终于在案发当天达到了断裂的临界点，导致吊钟栋瞬间崩塌。薙真正爱的人是她多年前的恋人町田恵一，大木陽太出于嫉妒，对町田实施了脑叶白质切除术，致其死亡，为此薙策划杀死陽太的继承人帝太，完成复仇。（伏线：薙曾极力反对吊钟楼的设计，却在得知怀上帝太后追加修改了设计。她说要将万寿菊换成大滨菊，其花语为“忍耐”。）帝太听到支撑柱断裂的声音，意识到母亲要杀自己，感到万念俱灰，在最后一刻将门自内闩住，等待崩塌。モリ爬到 8 层，未来得及进屋，便目睹吊钟栋在眼前崩塌。他走楼梯间回到 1 层，趁乱冲入废墟，用螺丝刀刺中帝太的尸体，自己被二次崩塌压死。
薙已经 110 岁，通过抗衰老研究保持了年轻的外表，著名建筑师立花勉是她的儿子，蜘蛛手去山梨正是为了向立花勉确认此事（伏线：薙说喜欢帝国饭店中央玄关的建材气味，说明她在该建筑 1923 年竣工后不久就去过）。她是一名对物性爱者，痴迷的不是建筑，而是家纹（伏线：薙谈到要把万寿菊换成大滨菊，因为“白色更配他”，其中“他”指的不是帝太而是金字塔栋。）。在金字塔栋的正下方，还隐藏着一个非法建造的、同样是金字塔形态的地下七层病房。薙的生家家纹是“圆框倒富士纹”，她的整个计划是为了将地上和地下的金字塔合在一起，完成这个对称的图案。顶层的吊钟栋是陽太迷信金字塔能量而强加的设计，破坏了这个家纹的完美形态，因此薙必须通过崩塌的方式清除吊钟栋，完成她长达 40 年的艺术杰作。传说中的“不死”并非鬼魂，而是被非法囚禁在地下病房的真实病人。
建筑和家纹的对应：
- 薙穿着一件印满家纹的外套，包含了所有旧情人（立花、町田）和她生家栄藤的家纹，唯独缺少现任丈夫陽太的家纹“圆框单鳞纹”。外套上的角文字图案向右旋转 90 度，便可变成她自己名字的罗马音“TEI”。
- 薙的生家栄藤家纹是“圆框倒富士纹”，由地上金字塔和地下金字塔构成。
- 町田恵一的家纹是“圆框拔钉纹”，崩塌后的金字塔栋废墟自上俯瞰，恰好构成了这个图案。
- 流浪汉モリ/木林的家纹是“交错木纹”。吊钟栋崩塌后，薙立即拿出了一份天窗设计图，要求施工方马上制作，其设计正是此图案。
- 医院正在规划新的老健设施，特養栋、康复栋、老健栋的建筑布局连起来看，会拼出薙自己的名字“TEI”。
モリ实为“木林”，即偷取主钥匙的自由患者“キリン”，其家纹出现在薙设计的天窗上（书名中也出现“キリン”，意为长颈鹿）。“床里林立”、“東麻立士“、“木林庄音”拆成偏旁部首完全相同，所以“モリ/木林”只是東麻的一个人格。“旧隔离栋密室杀人案”其实是東麻自己把绳子缠在脖子上，试图利用鲤鱼旗的升力自杀，却未成功。東麻本人一直被关在地下病房，直到崩塌日才逃出。
如此一来，堀田在过去几周于后山遇到的流浪汉“モリ”，就只能是堀田的解离人格。结尾，堀田去后山寻找モリ/木林，发现帐篷和所有痕迹都消失无踪，进一步暗示了幻觉的可能。面对空无一物的山林，堀田记忆混乱，自问：“我是キバヤシ（木林）？”（伏线：町田恵一是一名地质学者，堀田的父亲也是一名地质学者。堀田第一次进入流浪汉的小屋，看到他在阅读一本深奥的地质学专业书籍，是以父亲为原型分离出了流浪汉的人格。）
如果将本书书名改为『変な建物』，署名雨穴，也完全没有违和感。书中共出现四起不可能犯罪，包括：金字塔模型不可能消失、隔离病房密室杀人、吊钟栋密室崩塌、“不死”亡灵徘徊。解答充分利用各种平面图、立面图，展现了作者近乎荒诞的想象力，甚至再次出现了一个类似 📖『建築屍材』(2001) 的诡计。幕后真凶性格变态，思路清奇，动机狂野，坚韧不拔。结尾抛出奇特的汉字叙述性诡计，彻底打乱身份认知，完成多重解答。
