出场人物：
- 古峨倫典：“时计馆”的前任馆主，古峨精计社前会长，已故。
- 古峨時代：倫典之妻，已故。
- 古峨永遠：倫典之女，十年前在馆中去世。
- 古峨由季弥：倫典之子，“时计馆”的现任馆主。
- 足立輝美：倫典的妹妹，由季弥的监护人。
- 馬淵長平：倫典的挚友。
- 馬淵智：長平之子，与永遠订婚。
- 野之宮泰斉：倫典信任的占卜师，住在馆内。
- 伊波裕作：“时计馆”的佣人，已故。
- 伊波紗世子：裕作之妻，“时计馆”的现任管理者。
- 伊波今日子：裕作之女，已故。
- 寺井明江：护士，已故。
- 寺井光江：明江之妹。
- 長谷川俊政：古峨家的主治医生，已故。
- 服部郁夫：倫典的部下，已故。
- 田所嘉明：“时计馆”的佣人。
- 小早川茂郎：稀谭社《CHAOS》杂志副总编。
- 江南孝明：《CHAOS》的新手编辑。
- 内海篤志：稀谭社照片部摄影师。
- 光明寺美琴：灵媒。
- 瓜生民佐男：Ｗ 大学超常现象研究会的会长。
- 樫早紀子：会员。
- 河原崎潤一：会员。
- 新見こずえ：会员。
- 渡辺涼介：会员。
- 福西涼太：会员。
- 鹿谷門実：笔名，本名島田潔，初出茅庐的推理作家。
1989 年 7 月 16 日，江南孝明拜访了多年未见的推理作家朋友鹿谷門実，透露自己所在的《CHAOS》杂志将组织一次“挑战时计馆幽灵”的特别企划。时计馆位于镰仓，是已故建筑师中村青司的作品，传说有少女的幽灵出没。企划邀请了著名灵能者光明寺美琴及几位 Ｗ 大学超常现象研究会的学生参加，他们将于 7 月 30 日傍晚开始，在馆内封闭三天。江南惊讶地发现光明寺美琴就住在鹿谷隔壁的 408 号房。
7 月 30 日下午 4 点多，江南一行九人（江南、小早川、内海、光明寺美琴、五名大学生）抵达镰仓的时计馆。时计馆由“新馆”和“旧馆”组成，中间由一座巨大的钟塔连接。现任馆主是古峨倫典 16 岁的儿子由季弥，长相俊美。宅邸的管理员伊波紗世子接待了他们，提出几点要求：绝对不能触碰“旧馆”内的钟表，也绝不能进入已故少女永遠的房间“钟摆间”。一行人按光明寺美琴的要求换上了特制的黑色“灵衣”，交出了包括手表在内的所有私人物品。下午 5:20，众人在“新馆”客厅集合，由季弥突然出现，号称要寻找已故的“姐姐”，还说“要把所有欺负姐姐的人都杀掉”。傍晚 6 点，大家前往“旧馆”，在走廊尽头被占卜师野之宮泰斉拦住，他发出“毁灭”的警告。一行人进入“旧馆”，身后的大门锁上，馆内所有钟表齐声鸣响。
7 月 30 日下午 5:50，因亲戚葬礼未能参加企划的 Ｗ 大学学生福西涼太独自前往时计馆，半道遇到了汽车抛锚的鹿谷門実。福西帮鹿谷发动了汽车，二人一同前往时计馆。
【旧馆】“旧馆”内部收藏着 108 座古董钟的仿制品，所有钟表都精准地走动着，每隔 15 分钟报时一次。大厅中央是一张巨大的圆桌，桌面下就是一个大钟。瓜生凭借记忆绘制了旧馆的平面图，九人商议分配了各自的寝室。晚上 9 点，在烛光下的圆形大厅里，光明寺美琴主持了第一次降灵会，成功“召唤”了古峨永遠的灵魂。亡灵透露自己并非病死或事故死，还提到了“16 岁”和“漆黑的洞”。蜡烛熄灭，亡灵通过敲击声与众人沟通。美琴根据亡灵指示，在装饰柜后面找到了一把钥匙。降灵会后，瓜生和河原崎对通灵现象的真实性表示怀疑，众人展开激烈争论。早紀子回忆起 10 年前，她与瓜生、河原崎等人曾在这片森林里见过永遠和由季弥。午夜 12 点，众人各自回房休息。凌晨 3 点，江南被馆内钟声吵醒，起身上厕所，回房时在走廊里看到了美琴的背影，出于好奇尾随其后，看到她用白天找到的钥匙进入了严禁入内的“钟摆间”。凌晨 3:30，江南听到屋内传来模糊的说话声，接着传来重物打碎和有人倒地的声音。江南在门外大声呼喊美琴，但无人应答，他在困惑之下逃回了自己的房间。
【外部】7 月 30 日傍晚 7 点，鹿谷与福西被拒绝入馆，只好驾车离开，福西临走前在宅邸大门处看到了一个身穿白衣的模糊人影。二人共进晚餐，鹿谷告诉福西，他调查到过去十年间，与时计馆相关的死亡事件共有七起，包括病故、事故、自杀。福西也坦白自己 10 年前可能见过永遠。31 日凌晨 3:00，鹿谷接到伊波紗世子的电话，她读了鹿谷的小说后大加赞赏，邀请他当晚 9 点来访，商谈一桩与已故馆主古峨倫典相关的谜团。
【旧馆】7 月 31 日下午，众人醒来后发现美琴失踪。江南讲述了前一晚的经历，他和小早川茂郎一同前往“钟摆间”，发现门锁已开，屋内七零八落地散落着被砸坏的钟表，指针都停在凌晨 3:45-3:50 之间。寝室的地毯上有血迹，旁边倒着一个法式枕形座钟，其金色的底座一角黏附着血块，衣橱里找到一件撕碎的婚纱，胸口有大片血污。众人搜遍“旧馆”也找不到美琴的踪影，由于小早川已将通往外界的钥匙交给了美琴，大家被完全困住。
【外部】当晚，鹿谷和福西应邀再访时计馆，发现墙上挂着的面具少了一个。紗世子详细讲述了古峨家的悲惨往事。占卜师野之宮泰斉曾准确预言倫典的妻子時代和女儿永遠的死期。倫典在临终前，在棺盖上留下了一首名为《沉默的女神》的神秘诗篇，预言了 1992 年将发生某事。
【旧馆】8 月 1 日凌晨，旧馆内接连发生惨剧。早紀子在自己房间的床上被人用青铜座钟重击头部杀害，凶手戴着一张苍白笑脸的诡异面具。不久，渡辺涼介也在圆形大厅被同一个戴面具的凶手用大理石座钟杀害。幸存的六人试图破坏大门逃脱，但坚固的铁门纹丝不动。凌晨 0:30，新見こずえ在自己房门前见到了一个戴着奇怪白色面具的黑衣凶手，那人身上有美琴的香水味。
【外部】伊波紗世子向鹿谷和福西讲述了永遠死亡的完整真相：永遠与馬淵智订婚，却在 15 岁生日前夕意外落入森林中的陷阱，导致脸上留疤。她因此精神崩溃，撕碎了作为传家宝的婚纱，用剪刀自杀身亡。由季弥发现姐姐尸体后精神失常。鹿谷确认了光明寺美琴的真名是寺井光江，其姐姐寺井明江是永遠的护士，在永遠自杀后不久也跟着在树林里上吊自杀。当他们准备离开时，外面下起暴雨，鹿谷的车胎爆了，两人被迫在“新馆”留宿。
【旧馆】小早川茂郎在众人的逼问下，承认了与光明寺美琴（寺井光江）的情人关系，此次企划是两人为提升美琴名气而共同策划的一场骗局。瓜生民佐男随即揭穿了降灵会中使用的所有诡计。内海篤志精神崩溃，将自己反锁在房间里。江南、瓜生、河原崎在“钟摆间”的婚纱中发现了一张纸条，用红色墨水写着：“是你们杀了她！”，瓜生因此回忆起十年前他和福西为了恶作剧，在森林里挖了一个陷阱。内海在房间里看到墙壁上的一面装饰性大钟后面竟出现一扇暗门，一个戴着面具的人从中走出，用座钟将他杀害，时间为 12:28。
【外部】8 月 1 日下午 1 点，鹿谷与福西由伊波紗世子带领，参观了宅邸北侧的骨灰堂。该骨灰堂位于一个由庭院植被构成的巨大日晷的“正午”位置，堂内有三口石棺，分别是古峨倫典、時代、永遠。倫典的石棺盖上刻着一首关于“沉默的女神”将在 1992 年 8 月 5 日“受刑”的谜之诗。鹿谷在堂内地板上发现了一个紗世子也未曾注意到的类似钥匙孔的小洞。下午 2 点，佣人田所嘉明修好车胎，鹿谷和福西前往养老院“绿园”探望了倫典的老友馬淵長平。馬淵已患上阿尔茨海默病，言语混乱，说“倫典为了实现女儿的愿望，竟然建了那种怪建筑，简直是疯了”。傍晚在一家咖啡馆里，福西向鹿谷坦白，隐约记得 10 年前挖了一个陷阱，担心这与永遠的死有关，可能使旧馆内的朋友成为美琴的复仇目标。咖啡馆的老店主是一位古董钟收藏家，无意中听到他们的对话，提及“时计馆”的钟塔曾被当地人称为“任性时钟”，因为它指示的时间总是随心所欲，最近其指针已被拆除。
【旧馆】江南和瓜生听到内海的求救声，赶到其房间发现内部上锁。江南在磨砂玻璃后看到一个晃动的人影，瓜生用时钟砸开玻璃，发现内海已死，额头被座钟砸碎，他拍摄过的胶卷全部抽出，散落在尸体上。房间内空无一人，为密室，且内海的相机不翼而飞。与此同时，河原崎在自己的房间里被一名身着黑袍、头戴面具的凶手袭击。河原崎在反击中短暂揭开了凶手的面具，随即被凶手用座钟的指针刺中颈部杀害。瓜生和江南在河原崎的房门外发现了一张用指针钉着的纸条，上面写着“是你们杀的”，随后在房内发现了他的尸体。江南整理之前事件的时间线。
- 7 月 30 日（星期日）
- 下午 4:00 到达钟表馆，美琴已提前到达。
- 下午 5:00 由季弥出现。
- 下午 6:00 前，走廊墙上的面具少了一个。
- 下午 6:00 进入旧馆。
- 晚上 9:00 降灵会。
- 晚上 12:00 解散。
- 7 月 31 日（星期一）
- 凌晨 3:00 江南去厕所，看到美琴，尾随其后，美琴进入“钟摆间”。
- 凌晨 3:30 江南听到说话声和响声。
- 下午 2:00 江南起床。
- 下午 3:00 江南与小早川去“钟摆间”，发现摔坏的钟与类似血迹的痕迹，寻找美琴但没找到。
- 下午 5:00 在大厅里商谈。
- 晚上 7:00 学生们开始在大厅里玩游戏，小早川回到 VII 号房间，早紀子回寝室。
- 晚上 10:00 解散。
- 8 月 1 日 （星期二）
- 午夜 0:00 早紀子、渡辺被杀。
- 午夜 0:30 こずえ目击蒙面人，发现了早紀子、渡辺的尸体。
- 午夜 0:40 こずえ通知瓜生。
- 午夜 0:55 江南被河原崎叫醒。
- 凌晨 1:30 试图打破玄关大门。
- 凌晨 3:00 在大厅里商谈。
- 凌晨 5:30 内海把自己关在 IX 号房间。
- 凌晨 6:00 こずえ回寝室。
- 清晨 8:00 江南、瓜生、河原崎去“钟摆间”，在大壁橱里发现告发纸条。
- 上午 9:15 江南、瓜生、河原崎回到大厅，小早川回到 VII 号房间。
- 上午 9:30 河原崎回到 III 号房间。
- 中午 12:30 江南和瓜生在大厅里听到内海的呼叫声，跑向 IX 号房间，VIII 号房间的门半开着，江南看到 IX 号房里有人影，发现内海的尸体。
- 下午 1:10 河原崎被杀。
- 下午 1:20 江南和瓜生进入 IX 号房间。
- 下午 1:50 在走廊里与小早川会合。
- 下午 2:00 叫醒こずえ，在 III 号房间里发现河原崎的尸体。
回到大厅，瓜生坦白了 10 年前和福西为了捉弄河原崎而挖了陷阱。他推断凶手是光明寺美琴（寺井光江），动机是为姐姐明江复仇，渡辺涼介被杀是因为凶手将他误认为原姓渡辺的福西涼太，而内海被杀则是为了销毁他相机里可能拍到的不利画面。
【外部】8 月 1 日晚，鹿谷和福西在“新馆”与古峨由季弥共进晚餐。鹿谷用纸巾折出一个“摆钟”，由季弥情绪失控，称自己憎恨时钟，大喊：“大家都死掉就好了”。台风导致山路塌方，田所嘉明也被迫留宿。鹿谷、福西、紗世子一同进入钟塔。鹿谷在塔底大厅的墙壁上发现了嵌入的彩色玻璃，在四楼的机械室观察到三口从未敲响过的、未与时钟机械联动的钟。鹿谷推断，这三口钟就是诗中提到的“沉默的女神”。在倫典的书房里，鹿谷从一个相框背后找到了一张被烧过的日记残片，上面记载了倫典对十年前来访的四个孩子的憎恨，写下了瓜生民佐男、河原崎潤一、渡辺涼太、樫早紀子四人的全名。
【旧馆】小早川茂郎对瓜生的推理表示怀疑和愤怒，之后将自己锁在光明寺美琴曾住过的的房间里。江南和瓜生继续调查，江南提出了建筑师中村青司有设计秘密通道的癖好，推断馆内存在暗门。他们研究了墙上的马赛克大钟图案，成功以永遠的生日“8-5”为密码开启了秘密通道，在倫典的 I 号书房找到了内海被毁坏的相机。小早川精神崩溃，将馆内的钟一个个摔在地上砸烂。新見こずえ因口渴难耐离开房间，被行为异常的小早川吓到，一路逃至“钟摆间”，在衣帽间里发现了一个通往地下隧道的入口。隧道尽头是骨灰堂，她打开堂门看到了震惊的景象，随即被尾随而至的凶手杀害。瓜生在“钟摆间”思考永遠和由季弥的合影，被凶手用火钳杀害。江南发现瓜生紧握照片的尸体，查看照片时也被凶手从背后击昏。小早川在凌晨 2:30 醒来，试图砸开天窗向外界求救，无意间在圆桌下发现了一个四方形的盒子，随即也被杀害，时间为 2:40。
8 月 2 日凌晨，福西无法入眠，回顾 10 年前的记忆，发现了一处疑点。当天下午，鹿谷醒来后发现福西失踪，田所报告在旧馆入口发现了血迹。下午 2:30，紗世子用钥匙打开了旧馆的大门。江南在“钟摆间”的洗手间里醒来，发现自己被锁在黑暗中。鹿谷、紗世子、田所找到了他，告诉他旧馆内只发现了渡辺、早紀子的尸体，而河原崎、内海、小早川、瓜生的尸体都已消失。众人来到“钟摆间”的衣帽间，发现了通往地下隧道的入口，鹿谷推断开启暗道的钥匙就是由季弥保管的钟塔上弦钥匙。他们穿过隧道来到骨灰堂，在三口石棺中分别找到了新見こずえ、光明寺美琴、失踪的占卜师野之宮泰斉的尸体。田所从外面呼喊，在钟塔外的草坪上发现了昏迷不醒的福西涼太。正当鹿谷让田所去叫救护车时，钟塔三楼的窗户里出现了由季弥的身影。由季弥冲向塔顶，紗世子在后面紧追，由季弥从四楼机械室的开口处一跃而下，口中高喊着“姐姐！”，当场坠地身亡。
野之宮泰斉预言永遠会在 16 岁生日前死去，古峨倫典为了让女儿能“活到” 16 岁，将“旧馆”改造成了一个时间机器。从永遠 10 岁生日那日起，馆内所有 108 座钟（包括江南借走的怀表）的运转速度设定为外部世界的 1.2 倍，这样永遠就能在 15 岁过完 16 岁的生日。“旧馆”靠空调系统控温，没有窗户，天窗背后装有模拟昼夜交替的照明装置，只有当馆内外昼夜情况完全一致，气温、景色等方面不会出现明显季节差异之时，永遠才会被允许外出散步。院子里栽种的树木大部分为常绿树，周围的森林里也多为橡树、楠树这类常青树。（伏线：馬淵長平说“倫典为了实现女儿的愿望，建了那种怪建筑”。）
“旧馆”内的 1 小时只相当于外部的 50 分钟，3 天下来，内外时间差累计达到 12 小时。凶手伊波紗世子在这个时间差的掩护下，在“外部时间”与鹿谷、福西等人待在一起，利用暗门进入“旧馆”行凶，制造了不在场证明。她为了防止馆内的人察觉到时间异常，事先在饮用水中投入了安眠药，扰乱了大家体内的生物钟。她利用光明寺美琴让所有人换上“灵衣”，其实是为了让他们取下包括手表在内的一切随身饰品。她杀死美琴，夺走她手中的钥匙，将所有人封锁在“旧馆”内。她杀死早紀子、渡辺之后，故意去敲こずえ的房门，是为了让她能证实凶手出现的时刻，坐实自己在“新馆”的不在场证明。她在“新馆”大厅里跟鹿谷、福西谈话时，一直通过窃听器监听着“旧馆”内的动向（伏线：按着耳机）。她让福西的汽车爆胎。她杀死内海，销毁相机和胶卷，是因为内海的相机有时间戳功能，拍下的照片会暴露真实的时间。她把倫典的日记夹在相框里，作为由季弥犯罪动机的证据。她杀害こずえ，是因为こずえ在“旧馆”时间 8 月 1 日午夜推开骨灰堂大门，却发现外面是大白天（伏线：震惊的景象），暴露了时间差的秘密。她杀害瓜生之后把由季弥的照片塞进了尸体右手，伪装成死亡留言，暗示凶手是由季弥。她杀死小早川，是因为小早川试图打破天窗，一旦成功就会暴露后面的昼夜调节装置，还无意中发现了桌子下面的窃听器。她把江南打晕后关进盥洗室，弄坏屋里的电灯，是为了扰乱他的时间感，没有取其性命是因为需要他的证词。她杀死野之宮是因为从骨灰堂地板钻出时被撞见。她窃听了瓜生在“旧馆”大厅的谈话，得知福西凉太才是正确的目标，所以又试图杀死福西。她把最后杀死的四个人运出馆外，埋到森林里，是为了推迟尸体的发现时间，模糊死亡推定时间。她最后砸毁了所有钟表，是为了销毁证据，她用钟表当凶器是为了让砸坏时钟的举动不会显得不自然。她骗由季弥说永遠在塔顶等他，等他跑到机械室后将其推下。
“馆系列”最高作，展现了綾辻行人构建宏大而复杂诡计的卓越能力，对后续作家影响深远。作品巧妙地利用了馆内与馆外的双线叙事，伏线公平，但极难看破。凶手体力超常，是名副其实的时间管理大师，将浪漫本格发挥到极致。