5 年前，太阳黑子活动引发磁暴与气候异常，全球社会秩序濒临崩溃，现代文明摇摇欲坠，世界正滑向 1999 年 9 月的末日。1999 年 9 月 2 日，私家侦探南深騎身处一家废弃电影院，银幕上正播放着神秘少女的影像。深騎自幼能看见这些名为“格式塔碎片”的幻影。他举起十字弓，精准地将箭射入少女体内，通过干涉空间要素消灭了幻影。在末日世界，深騎以此能力专门承接退治幽灵的委托。身旁的少女志乃美菜美没有体温，亦无气味。两人交谈后，冒雨回到大楼三层的“南侦探社”。不久，一位浑身湿透的年轻女性造访。她自称黒鴣瑠華，是黒鴣博士的女儿。瑠華请求深騎前往“时钟城”退治名为“跳跃男”的幽灵。传说此幽灵能在时间中穿梭杀人，近期宅邸地下暗室的墙壁上，更反复浮现出无法擦除的人脸。深騎猛然惊觉，瑠華的长相竟与银幕上的幻影少女如出一辙，当即接下委托。深夜，民间武装安保组织“SEEM”乘坐迷彩卡车包围大楼。詩条第一中队长五月キキョウ带队强行突入，宣称瑠華是导致世界毁灭的“午夜之钥”。深騎迅速将瑠華藏入废旧沙发夹层，キキョウ用 M79 榴弹发射器轰碎外墙警告，深騎拔出十字弓对峙，最终瞒天过海，躲过搜查。
次日清晨，深騎驾车载着瑠華，接上撑伞出现的菜美，驶出市区前往时钟城。为避开 SEEM 追踪，深騎选择了一条昏暗的林间小路，不料右后轮脱落，车辆抛锚。三人弃车，在泥泞杂木林中艰难徒步。跋涉间，深騎突感眩晕恶寒，骇然发现树干上浮现出人脸。那棵“人面树”用空洞的眼神死死注视着他，试图将其吞噬。菜美一声呼唤，深騎猛然惊醒，在瑠華直觉指引下，三人抵达时钟城。这是一座从法国原样搬迁至日本的黑色长方体古堡，外墙横向镶嵌着三个两三层楼高的巨大时钟。中央时钟显示 12:05，左侧慢 10 分钟代表“过去”，右侧快 10 分钟代表“未来”。宅邸以中央大厅为界，划分为“过去之馆”、“现在之馆”、“未来之馆”，各馆穿行必须经由一楼大厅。受太阳黑子引发的磁场异常影响，除了深騎的防磁手表，外界手表全部在此失效。宅邸内除“现在之馆”的大门与黒鴣博士的一台时钟外，没有任何计时设备，住客作息全凭管家不规律的钟声调度。
进入宅邸，深騎清点常住人口：黒鴣心史博士与女儿瑠華、13 岁的弟弟黒鴣鈴、助手恋宮博士、管家天巳隆三、其子天巳護、叔父黒鴣修史、堂兄伶馬。此外，还有自称拯救世界的“十一人委员会”成员クロス及其助手御都りえ。饭后，深騎在走廊追逐人影，误入“现在之馆”四楼病房，发现沉睡的绝美女性未音。他被管家之子護驱赶，在退出房间时撞见了鈴。鈴抢走手提箱逃窜，被菜美擒获，挣扎中因嗜睡症陷入沉睡。護将鈴抱回房间，向深騎揭示，流淌法国ドール家族血液的人，皆受睡眠疾病诅咒。四楼的未音长眠不醒，鈴患有嗜睡症，瑠華则饱受失眠折磨。针对宅邸内的灵异现象，深騎与菜美展开物理勘查。傍晚，瑠華指着“现在之馆”二楼美术室母亲セティア的肖像画，声称画中人的眼睛会动。菜美划开墙纸，发现石壁布满人脸浮雕。深騎见刀刃吸附碎屑，联想森林之行，拉起菜美重返树林。深騎剥开“人面树”树干，抠出一枚人类头骨，推测这是セティア自杀后，头骨被生长的树木包裹所致，两人带回头骨确认身份。深騎带领众人前往地下室，循着深处的重低音呻吟找到大型发电机，在布满人脸的暗室抡起铁锤，砸碎石壁，墙内掉出另一块头骨。深騎给出解答：地下室墙内埋有数具尸体，石壁渗出的铁锈印出真实人脸，床垫上的面孔则是尸体面朝下放置留下的血印。至于画像眼睛转动，菜美解释称，地下室发电机运作产生的低频声波与金属画框固有频率产生共振，磁性墙壁放大了震动，基于人类防卫本能聚焦双眼的视觉习惯，产生了眼睛转动的错觉。晚上 8 点，外部大钟敲响。深騎倦意深重，回到“未来之馆”三楼客房沉睡。
助手御都りえ在一楼大厅，听着クロス与菜美探讨“十一人委员会”寻找“午夜之钥”的使命。クロス怀疑黒鴣博士正进行抗衰老基因研究，试图修复端粒。闲聊间，りえ去“过去之馆”一楼食堂取饮料，见助手恋宮独自坐在暗处，捧着厚重的专业书阅读。近 10:59，りえ出门查看，确认三座大钟的时间差如旧，泥泞地上也只有往返于大门与玄关的脚印。午夜 0 点，理应只在 8 点鸣响的大钟爆发出沉重的轰鸣。クロス、りえ、管家闻声冲上二楼机械室，一无所获，在一楼与菜美汇合。四人穿过恋宮所在的食堂，登上“过去之馆”四楼礼拜室，推开未锁的房门，只见黒鴣博士的无头尸体呈十字形倒在血泊中。
梦中的深騎回忆起与菜美的往事。幼年一场大火夺走双亲，他一度失语，邻居女孩菜美成了唯一的慰藉。初中一个雨天，痴迷“格式塔理论”的菜美向他表白后，当面跳楼自杀。两天后，毫发无损的菜美现身，自称已化作格式塔碎片。深騎在梦中痛苦地意识到，真正的菜美早已坠亡，眼前这个没有体温与气味的少女，不过是自己幻想出的幽灵。
第三天凌晨，深騎被唤醒，来到大厅。クロス向众人宣告黒鴣博士惨遭斩首。紧接着，管家报告在“未来之馆”四楼发现了修史的无头尸体。管家之子護惊恐地冲下楼，众人随他奔入“现在之馆”四楼未音的病房。沉睡的未音安然无恙，但黒鴣博士与修史的两颗头颅并排放置在医疗监视器上方。深騎与菜美展开勘查：黒鴣博士的礼拜室出血量极少，隔壁书库窗户未锁，正下方紧挨着慢 10 分钟的大钟，地板留有未干的雨水。修史的房间门窗内锁，周围不见水迹。深騎根据博士的作息，推断他死于晚 10 点后。クロス交给深騎一本恋宮赠予的《法医学基础》，翻阅后根据死后僵硬程度推断，修史死于晚 8 点。众人回到大厅集会，りえ梳理了物理空间的矛盾。左右两馆唯一的连接通道是大厅，8 点至午夜，りえ三人始终在此，恋宮留在食堂，凶手没有空间跨越三座馆连环杀人，运送头颅。クロス抛出“共时性”理论，怀疑深騎与恋宮在左右两馆同时独立作案，深騎对此嗤之以鼻。深騎提出“执事单独犯案说”，认为管家预先毒杀修史，再于午夜制造钟声运送头颅，但菜美反驳管家无法预知众人的行踪。りえ提出“模仿杀人”假说，指出五台仪器加两颗头颅凑齐了《白雪公主》的七个小矮人，怀疑是護为了保護未音而报复，但深騎以作案条件不足驳斥，瑠華则否定了毒杀动机。クロス进一步指出，在警察系统瘫痪的末世，凶手杀人后本可逃之夭夭，却刻意制造不可能犯罪，其目的是用谜题困住众人，为下一步杀人计划争取时间。
瑠華陷入绝望，撤回委托，哀求深騎带她逃离。深騎撇下赌气的菜美，带着瑠華冲入黑夜中泥泞的杂木林。途中，他惊觉瑠華胸口游移着狙击枪的红点，猛地将她扑入水坑，堪堪避开射击。两人狼狈逃回城内，锁死大门，确认时钟城已被 SEEM 彻底包围。
另一边，りえ与クロス将沉睡的鈴背至管家房，托付照料。两人在同层房间找到失踪的恋宮，询问详情。恋宮透露，博士的研究核心是控制生理节律的“时钟基因”，意在以此治愈ドール家族的遗传病。恋宮交出一把银色钥匙，供他们开启实验室。两人下楼时遭遇潜入的 SEEM 士兵，クロス施展体术，击倒三人，将他们拷住。クロス取出带有特殊芯片的小刀，在宅邸七处钉入，布下名为“Inside”的防御结界，将该区域置于委员会的潜意识监控下，以此震慑 SEEM。
深騎带瑠華去四楼查看未音，将一支十字弓箭交给门外守卫防身。回到大厅，他再次见到电影院里那个白衣幻影少女，恍然大悟：传说中的“跳跃男”不过是环境催生的无害“格式塔碎片”。深騎追踪幻影进入食堂，险遭 SEEM 士兵枪击，幸得菜美相救。りえ拿着缴获的步枪下楼，向众人说明了 クロス 布下结界的情况。深騎独自上到四楼礼拜室寻找幻影，却撞见 SEEM 中队长キキョウ。キキョウ透露未音也是“午夜之钥”的候选人之一，随后因忌惮结界撤离。深騎返回大厅，亲手掐散了那个容貌已化作幼年菜美的幻影。管家捂着后脑勺冲入大厅，惊呼遇袭，鈴已不见踪影。
众人用恋宮给的银色钥匙打开实验室。菜美在抽屉深处翻出一块显示 5:19 的手表，瞬间看破了外墙大钟隐藏的核心诡计。与此同时，宅邸外的深林中，キキョウ指挥王牌狙击手東錠，透过夜视望远镜瞄准中央大钟表盘上罗马数字“III”的中心交汇点。他准备用反坦克步枪射穿 17 厘米厚的外墙，击碎作为结界节点的小刀。
凌晨 5 点刚过，沉闷的钟声再次响起。众人推开“现在之馆”三楼伶馬未上锁的房门，只见他已遭斩首，腹部插着星纹短剑，头颅却不翼而飞。众人惊恐地奔向四楼未音的病房，发现伶馬的头颅正端放在病床的监视器上。未音病房的推拉窗从内部死死锁住，仅能开启极小缝隙，走廊又有深騎此前安排持十字弓防身的護卫把守，构成完美的密室。幸存者齐聚走廊，菜美当众宣告凶手无路可逃，给出连环密室的解答。
菜美引用“格式塔理论”的“图底反转”概念，指出众人受时钟的“时间”概念误导，若将其视为物理“空间”，跨越三座建筑的密道便浮现出来。在特定时间点，如 10:05、10:15、10:25，三个时钟的巨大长短针会连成一条可落脚的空中通路。为了跨越指针间 2 米的空隙，表盘上特定时间点对应的罗马数字，如“III”、“V”、“X”等，被刻意设计得更大或更易抓握，作为凶手攀爬时的落脚点。凶手从“未来之馆”四楼出发，踩着快 10 分钟的时钟分针，跨越中央大钟，跳至慢 10 分钟的“过去之馆”大钟指针，从四楼书库窗户潜入（伏线：书库窗户下发现未干雨水痕迹）。凶手杀害博士后原路返回，途中进入未音房间放置头颅。由于书库窗户只能开启微小缝隙，13 岁少年黒鴣鈴是真凶。关于伶馬密室，鈴杀人割头后，从玄关屋顶攀爬大钟指针潜入未音房间，锁死窗户。他行动仓促未穿雨衣，浑身湿透，只能躲进未音的被窝等待衣服变干，直到众人破门而入，将他困死在密室内。（深騎随后在鈴的床下发现沾血湿雨衣，那是鈴此前杀害博士和修史时，为防溅血所穿。）
躲在被子里的鈴暴起，夺走深騎装有十字弓的手提箱逃窜。深騎一路狂奔，追至礼拜室，骇然发现鈴已死亡。鈴的身体钉在十字架上，姿态凄惨，一把银色箭矢由口中刺入贯穿颈部，深深扎入背后的银色十字架中，深騎的十字弓则掉落在地。深騎判断鈴是用大拇指扣动扳机自尽。深騎将夺回的手提箱交由菜美保管。
清晨，在“未来之馆”一楼鈴的房间里，深騎从睡梦中惊醒，发现瑠華失踪，火灾已吞噬走廊。深騎接过菜美隔着火海扔回的手提箱，冒火冲向“现在之馆”二楼寻找瑠華，却发现其无窗的房门被无数钉子从外侧死死封住。与此同时，狙击手東錠扣动扳机，穿甲弹精准击碎罗马数字“III”，瓦解结界，SEEM 部队发起冲锋。深騎从手提箱取出铁锤，疯狂砸向石壁。在燃烧剥落的墙面上，他看见了扭曲的人脸，终于在坚固的木门上砸出一个破洞。瑠華隔着门洞恳求深騎独自逃生，她微笑着流泪道谢，退入房间深处。燃烧的天花板轰然坍塌，将她吞没。深騎独自走出废墟，10 架防磁直升机空降灭火，10 名白衣“天使”落地，与 SEEM 形成剑拔弩张之势。士兵抬出死于一氧化碳中毒的瑠華，深騎绝望急救，却无力回天。局势失控之际，沉睡 10 余年的未音毫发无损地现身。未音揭露自己是经基因筛选诞生的完美“设计婴儿”，能自由操纵生理节律，十几年来从未真正沉睡。她冷酷地推翻了菜美的推理。
未音反控深騎利用鈴的嗜睡发作，制造连环密室，杀人灭口，旨在逼迫幻影菜美逻辑崩坏。深騎濒临崩溃，举起十字弓对准伞下的菜美，キキョウ与委员会纷纷拔枪相向。在随时可能终结世界的僵局中，深騎冷笑着放下武器。菜美在伞下露出完美的微笑，揭开了时钟城最深沉的罪恶与真解答。
末日废土科幻与硬核本格推理结合的奇作。作者以宏大的末日危机（磁暴、武装组织、格式塔幻影）为背景，实则包裹着古典纯粹的建筑物理诡计与逻辑推演。最令人称道的是连环斩首狂气动机，与城堡设定严密咬合，呈现出极具压迫感的美学张力。