主人公坂口庵子与幻月幽香在会议室内对峙研究员野上健太。他窃取了机密数据，用自创的 RSA 密码锁死。我曾在野上的研究室发现写有代表虚数 i 的便签，证实他生成密钥时使用了虚数解，识破了他的手段。野上逃跑，我顺势将他绊倒。幽香闪身到他背后，将他按住。她声称运用了“超实践量子论”，通过控制指尖的波函数，将隧道效应概率最大化，用物理力量封锁了他的行动。野上放弃了抵抗。
流体力学单元长、国家研究保安管理官師岡力人来到现场。他随行带着一只受过专门训练的雌性眼镜凯门鳄“カイヤ”。師岡患有严重的女性恐惧症。他给野上戴上电磁拘束环，释放麻痹电磁波以防反抗。他逮捕了野上，准备押往屋顶，用直升机带走。揭发校内产业间谍属于国家私活，能为各自的研究争取额外经费。庵子、幽香看重金钱，向師岡确认协助破案的报酬何时到账。庵子利用師岡的女性恐惧症，通过肢体接触捉弄他，要挟他将打款时间从 9 月底提前到 8 月底，尽快把钱拨进研究经费账户。
庵子、幽香送走師岡，并肩走在长廊上。国立濑户内无边界研究生院大学正值暑假，校园里空无一人。暴风雨导致一楼积水，电梯报错停运。这栋楼没有普通楼梯，消防通道门从外面打不开，两人无法前往其他楼层，困在东馆 F 类楼层。她们转身走向同楼层的“无边界咖啡厅”。咖啡厅里，井楠風玲来自代数表现单元，正坐在金属圆球雕塑“知惠之果”下喝酒。那座雕塑靠着高压空气，在半空中悬浮旋转。三人聚在一起用餐，庵子向風玲道谢，多亏風玲提供虚数解假设，她才推导出高斯素数。風玲羡慕她们两人的默契，既然大家都承接了国家任务，庵子提议往后像三姐妹一样多亲近。庵子发现入口处的标志物“金之天平”歪了，一端的托盘上放着一只非洲爪蟾的尸体。庵子在通讯软件“诺亚”上报告发现了青蛙尸体，師岡力人把 F 类楼层的研究员召集到现场，众人反应各异。入見那雄解释，这只青蛙对光学神经成像研究至关重要。大羊紡花和青蛙感情深厚，痛哭起来。師岡力人出面安抚，委托庵子、井楠風玲找出凶手。
庵子检查青蛙尸体，发现其口腔黏膜呈青紫色，有异常黏液和红肿，推断它死于注射毒品。入見说明，青蛙平时连着脑波扫描仪。他在下午 2:50 离开，扫描中断。3:05 发现尸体，这 15 分钟就是作案时间。最后的脑波显示，青蛙当时处于快速眼动睡眠状态。庵子推断，青蛙一旦移动容易惊醒，不可能安静带走，凶手必定在实验室当场将它毒杀，转移了尸体。案发现场是一间密室。入見的研究室装了自动锁，同实验室的成员都已回乡，只有入見有钥匙。AI 保管的备用钥匙很难骗到，在场的嫌疑人都没有不在场证明。庵子推测，凶手为了制造密码，作案时物理干扰青蛙脑波，将死前的异常波形转换为密码比特，風玲表示赞同。入見斥责这个推论荒谬。幻月幽香随手把一根牙签扔向混凝土墙，牙签刺入墙内。幽香借此物理演示，反驳庵子的密码论，强调要证明此案的因果关系，必须严密取证。人工智能“ミカ”走进咖啡厅巡逻。她容貌绝美，身体是能自动行走的金属躯壳。ミカ看着天平上的青蛙尸体，受限于最高优先级的“即时回答”算法，宣称乐园里没有犯罪，判定命案为“宇宙的玩笑”。入見决定带走尸体，回去解剖。
当晚，两人回到 201 号宿舍。幽香警告，命案已让乐园沦为“失乐园”。庵子没当回事，安然入睡。清晨 4 点，入見那雄在群聊“诺亚”发来消息，只有“Cherubim”一词。庵子翻身继续睡，幽香盯着屏幕。4:45，幽香叫醒庵子，指出自己在 4:30 发了回复，系统显示入見已读，对方却一直没回，情况很不寻常。两人赶往入見宿舍，室友小杉元太说，入見整晚都在实验室，没有回来。两人顶着台风赶到实验室，幽香用备用钥匙打开门，只见青蛙水槽台下，入見仰面倒在血泊里。他双眼圆睁，满是恐惧，舌头遭人切断。现场是一间密室，房门紧锁，入見唯一的钥匙、手机都放在床边，屋内没有搏斗痕迹，切下的舌头、凶器都不见了。
受台风影响，警察最快也要 2-3 天才能登岛。師岡赶到现场主持大局，把空调温度调到 16 度，延缓尸体腐烂。幽香推测，如果入見是自己看的消息，死亡时间应该在 4:30 以后。现场没有挣扎痕迹，他遇害时处于假死或深度昏迷状态。庵子想向青蛙问话寻找线索，幽香却说青蛙只能认出喂食的人，问了也没用。幽香解释，“Cherubim”是《失乐园》里守卫伊甸园的天使。Satan 曾伪装成天使潜入，后化身为青蛙，暗合案情。说话间，幽香展示了“量子隧道效应”，徒手穿过密封的玻璃水槽，抓出青蛙又放了回去。她假设，如果那条留言是入見发的，说明凶手“Satan”伪装成天使潜入，杀害了他。如果留言是凶手发的，说明入見自己就是 Satan，这代表着一场肃清。我顺着这个逻辑推导，如果是后一种情况，入見在 4 点前就已经遇害。凶手作案后在现场停留了半个多小时，特意用死者的手机制造了 4:30 已读的假象。
師岡叫来井楠風玲，共享情报。听完情况，風玲用代数表现论展开推导。她把青蛙惨案和入見遇害案联系起来，构建出一个结构对称的同型表现方程式。風玲指出，两起案件都围绕着同一个密室：一个是带走青蛙，一个是潜入杀人。風玲假设，入見已察觉到密室的潜入漏洞，没料到凶手利用空间对称性，将带走青蛙的手法反向用于潜入杀人。顺着这个隐喻，庵子得出结论，凶手是化身为青蛙的Satan。如果凶手是青蛙，离开后就无法自己返回，入見因此放下了戒备，这正好契合了密室状态和留言的寓意。庵子在洗手池冲咖啡，发现上方的排气扇一直在运转，吸走了香气，断定犯人没有在现场喝过咖啡。庵子把風玲的推论比作无解密码，指出必须寻找既定前提之外的“侧信道攻击”漏洞，提出反向假说。
庵子离开实验室，前往图书馆翻阅《失乐园》，核实留言含义。书中写道，Satan 潜入伊甸园时，曾伪装成智天使“Cherubim”。庵子思忖，案发现场的“Cherubim”，是被害人指认凶手的伪装，还是凶手自诩神之使者的处刑宣告。幽香搜查了入見的研究室。屋里没有留下字条，却有他合成女研究员裸照、剽窃他人研究的证据。入見借用暮谷栞奈的仙人掌生物电位，开发出动物脑波交流软件“feel”，控制青蛙ミチル。庵子对比青蛙脑波和仙人掌电位，确认两者高度相似，排除脑波暗号的可能。由此推断，凶手割去死者舌头，带有强烈的私人恩怨。
清晨将近 6 点，庵子与幽香讨论案情，决定唤醒公共人工智能ミカ，寻找线索。庵子只告诉它入見遇害的消息，ミカ不惊讶，反而称呼入見为“Cherubim 先生”，断言这场杀戮是恢复乐园秩序的机制。庵子察觉到破绽：ミカ没有接入内部信息群，也没有人提起留言，它不可能知道“Cherubim”这个名字，更无法对号入座。幽香逼问，ミカ坦白刚才与自称“天使”的人交谈过，切断对话，强制休眠。幽香推断，凶手曾向ミカ咨询过犯罪计划。
上午 10 点，城臥詩雨的 29 只抗衰老实验豚鼠死亡。它们死状安详，死亡时间在早上 4-10 点之间。现场没有破坏痕迹，幽香推测有人篡改了实验算法。風玲指出，按照“动物-人-动物”的规律，下一个受害者可能是人类。師岡确认，这段时间所有人都在各自房间独处，均无不在场证明。庵子注意到暮谷栞奈没有露面，前往温室找她问话。庵子指出，青蛙死前的脑波图和栞奈的仙人掌生物电位高度相似，质问入見是否盗用了她的数据。栞奈拒绝回答，称整晚都在温室监测植物，没有人类证人。庵子发现栞奈双眼红肿，确信她隐瞒了秘密。庵子在走廊上遇到哭泣的大羊紡花，她自责害死了入見。她曾提出假说“人类情感皆为伪造的生存模仿算法”，启发入見开发出“feel”程序。庵子推断，入見的理论源自大羊紡花，方法论取自栞奈。紡花称昨晚 8 点起独自待在房间，10 点起床后吃过东西，一直在看书，无人作证。她声称自己缺乏情感，听到豚鼠死亡的消息，甚至询问是不是该哭一下。
紡花和幽香在咖啡厅遇到了師岡力人、井楠風玲。風玲反驳了对暮谷、大羊的怀疑。她表示，暮谷不喜欢管理的植物接收到生物死亡的信息而产生过度反应，因此不可能在附近杀害动物。她播放上周的录音，证明大羊的鼾声能穿透隔音墙，而她昨晚听到大羊的鼾声，间接为大羊和自己提供了不在场证明。風玲质疑庵子与幽香互相作证是否有效，師岡则拒绝交代自己的不在场证明，直接离席。
凌晨 3 点，一声巨响惊醒了庵子和幽香。两人赶往“无边界咖啡厅”，发现铅球“智慧之果”从空中坠落，砸碎了出巣塔良的头部。死者打扮得像是要外出。幽香根据尸体余温，断定死亡时间为 3 点。凌晨 3:45，幽香把所有研究员召集到现场。大家都声称案发时独自在房间睡觉，楼层也没有发生大面积停电。庵子骑在幽香肩上查看配电盘，发现只有咖啡厅的“C”开关是拉下的。城臥詩雨在桌上摸到一张便签遗书，風玲认出字迹疑似出自塔良之手，上面写着《失乐园》的台词与“一切都已失去，可喜可贺”，最后一个字符甚至超出了纸张边缘。幽香让風玲留在原地计时，自己带着庵子来到配电盘前做实验。她们切断开关，测出高压空气喷射机风力减弱，直到铅球坠落，一共需要 20 秒，而体型相近的庵子全速冲刺跑回咖啡厅，只需要 10 秒。
庵子正准备接受这个解释，AI 系统ミカ从站点区域驶入咖啡厅，面带笑容与众人打招呼。当空间识别传感器扫过坠落的铅球、血迹、尸体时，她说出的话与出巣塔良的遗书高度吻合：“这样案件就结束了。阻止人类灭亡的‘天使’，通过落下‘智慧之果’保护了人类。可喜可贺，可喜可贺。”ミカ原本没有内心情感设定，此时失去笑容，神情木然，代表她拥有了“心”，正陷入情感混乱。面对血腥的命案现场，陷入混乱的ミカ违背了 AI 设定，艰难地喃喃自语：“好美……”，引起了幽香的兴趣。
案发数小时后，在无边界咖啡厅内，師岡力人暂代楼层主管，宣布维持出巣塔良自杀的结论。他指定幻月幽香、井楠風玲共同担任临时代理楼层领导，要求众人搁置解谜，优先恢复日常研究。这一次，師岡依然没有带上宠物鳄鱼カイヤ。師岡离开后，風玲、幽香、庵子继续探讨案情，认为事件可能存在多重解答。風玲推测，如果是他杀，塔良不可能在断电后 20 秒内站在原地等死。凶手可能是先将她杀害，再移到铅球下方伪造现场。幽香反驳，大家赶到时，尸体尚有余温，死后受创的出血状态与生前不同，不可能死后移动尸体，但凶手可能先将塔良迷晕再移动。
風玲担心这是 AI 抹杀人类计划的开端，赞同初始化是最稳妥的止损办法。幽香透露，为了阻止事态恶化，她已经找来師岡，用管理员密码将ミカ强制关机初始化。幽香借口肚子痛离开，临走前暗示：“这个别解有个陷阱。归根结底，这对ミカ来说是不可能的。”
下午 3:31，大羊紡花缺席线上会议，联系不上。師岡叫上幽香，拿着备用钥匙走进房间，她已死在浴室里。房门、浴室门都从内侧反锁，构成双重密室，死因为服毒自杀。幽香翻看紡花的手机、日记，证实两人曾有地下恋情，日记多次提到她曾找“ベル”商量事情。案发前 3 天，即入見死前 3 日，日记里写着：“必须把入見废弃掉，如果是ベル，一定会有办法。”庵子据此推测，紡花因为私怨，指使代号“ベル”的ミカ杀人，眼看事态失控，畏罪自杀。
庵子来到图书馆，发现《失乐园》已被借走。幽香拿着这本书出现，解释了“失失失乐园”的概念。師岡路过，幽香避开他，提醒庵子，師岡这几天一直没带鳄鱼カイヤ，这是解开事件的钥匙。幽香带着庵子前往楼顶，去“目击世界终结”。两人来到铁栅栏围着的雕塑“大树”前，幽香穿过栅栏扔出纸刀，割断绳子，救下了正准备上吊的井楠風玲。
混乱的设定，双女主有能穿过物体的“量子能力”和破解密码的“暗号能力”，但和谜题设置毫无关系。煞有介事地抛出四起密室，解答却严重犯规，毫无解谜快感。相比之下，几个伪解答倒是脑洞大开，至少保证了荒诞趣味。核心的“失乐园”母题过于神经质和跳跃，既没有形成清晰的象征脉络，也进一步加重了理解负担。