Teresa 在王都音乐厅主持发布会。她轻触封闭的玻璃球，右眼浮现“神印”，提炼出“以太石”，向世界宣告成功重现第五神秘“以太物质化”，全场轰动。Teresa 其实并非炼金术师。16 年前，她的妹妹 Maria 遇害，Teresa 移植了妹妹的右眼，仅获得以太识别力。助手 Emilia 在暗中施展炼金术，他本是男儿身，为继承秘传而使用女性名字，是真正的后天炼金术师。两人潜伏在军中，暗中追查 16 年前杀害亲人的仇人 Zosimos 和“异端狩猎”组织。
一名红发金瞳的少女找上门来，要求会见 Teresa。少女称自己是 Sephira 教会最高代表兼炼金术师 Theosebeia，拥有“无极转生”体质。16 年前，濒死的 Theosebeia 施展生体炼金术，将 Maria 的右眼移植给了 Teresa，两人自此定下重逢的约定。Theosebeia 说明来意。Yam 研究所所长在深海 2 千米的第七大圣地附近，发现了一片“海流归零”海域，里面有一座古老的箱型建筑。建筑内部寻获了第三神秘“贤者之石”，此处极可能就是第八圣地。这一发现的历史远超 2 千年，足以颠覆核心教义，所以教会百般阻挠调查。Theosebeia 提议雇佣 Alkahest 担任护卫，共同参与 Yam 的深海调查。
三人达成共识，启动深海调查。翌日清晨，Emilia 驾驶水上侦察机，载着恐高的 Teresa 飞往海上移动共和国 Yam，会合 Theosebeia。Yam 由无数船只连接而成，相传 2 千年前，“神之子”的弟子为了保护第七圣地“铁幕海峡”，建立了这一海上据点。在向导 Noah 的带领下，两人登上一艘银白色的研究主船，来到作战司令室，与 Theosebeia、圣骑士 Katrina 会合。Katrina 说明教会护卫无法同行，Teresa 借机宣誓要保护 Theosebeia。炼金术师 van Helmont 登场，招揽 Emilia，向 Teresa 求婚，两人皆拒绝。
van Helmont 带领众人前往第三实验室，介绍调查队的五名成员：工程学家 Roger、化学家 Lynette、建筑学家 Vincent、医学专家 Lizaia、变成术师 Tracy。Tracy 只能改变物质状态，是 van Helmont 的恩师。众人登上超深度潜水艇“Tiamat”，一路下潜，途经“铁幕海峡”。van Helmont 介绍在此处发现一片海流为零的异常海域，找到一座拥有 5 千年历史的古代建筑，他用炼金术在合金外壁上开凿出通道。他推测，遗迹能深海维持恒温和空气，能源必然是“贤者之石”。潜艇抵达 2 千米深海，探照灯照亮了一座长方体建筑“Marduk 灵庙”。潜艇对接遗迹顶部，众人鱼贯而入。遗迹内部整洁明亮，墙壁无需光源便自行发光，空调运转，空气燥热。整座遗迹全长 60 米，由上下两个边长 30 米的垂直立方体组成，上方是“肉之窑”，下方是“魂之窑”。众人从“肉之窑”第 3 层向下探索，来到 1 楼中央的大水池旁，乘坐反重力电梯，前往“魂之窑”。电梯门旁，van Helmont 翻转了一个密封着水银的时钟，水银向上汇聚。该区域的重力已由炼金术反转，人类无法察觉异样，感觉如履平地。水银不受该反重力影响，流向原本的“大地”，即如今头顶的“天空”。Theosebeia 用金耳环炼出水银，水银飞升，贴在 5 米高的天花板上，证实了重力已经颠倒。
众人沿楼梯下行，来到最深处的第 3 层大厅。大厅中央矗立着一台树状机械，天花板上垂下锁链，挂着金属钩。机械的玻璃管内悬浮着一块直径 3 厘米的“贤者之石”，散发着红光。为证明真伪，van Helmont 在玻璃管旁凭空炼出一块纯金。一具玻璃棺从“贤者之石”正下方升起。棺内的白色气体排净，露出一具 5 千年前的少女遗体，容貌与 Theosebeia 一样。
灯光闪烁，警报声响起。众人只觉一阵剧烈眩晕，瘫倒在地。Emilia 悠悠醒转，忽觉上方有鲜血滴落，抬头只见 van Helmont 惨死。天花板垂下锁链挂钩，从背后刺穿他的胸膛，将他悬吊在 3 米高的半空中。存放“原型”的玻璃棺碎裂一地，里面的遗体首级不翼而飞。地面上，Theosebeia 依然昏迷，旁边还躺着一具躯体，穿着扣得严严实实的黑色军服，正是 Emilia 原本的身体。他低头一看，发现自己身体显现出女性特征，他的灵魂已转移到 Teresa 的肉体中。Emilia 唤醒了“Teresa”，此时的“Teresa”正占据着他原本那具年轻军人的躯壳。两人合力唤醒了昏迷的 Theosebeia。经核对，众人失去意识已有大约 1 小时。Lizaia 跑了过来，Emilia 伪装成 Teresa，向她简要说明了情况。三人下楼遇到 Roger，Lizaia、Roger 刚才也突然眩晕昏迷。Theosebeia 谎称这是一起意外事故。
众人乘电梯返回“肉之窑”二楼，与 Noah、Vincent、Tracy 会合，却唯独不见 Lynette 的身影。众人前往 3 楼的潜水艇停泊口，发现舱门紧闭，原本架设的梯子也不见了。驾驶潜水艇至少需要 3 人，排除了有人独自驾艇逃跑的可能。遗迹轰鸣震动，灯光暗淡。Roger、Tracy 立刻赶往控制室，其余人循声找去，发现 Lynette 困在带玻璃窗的小房间里。由于电力系统故障，原本自动感应的金属门锁闭，Lynette 在里面疯狂砸门。小房间的外墙崩塌，深海水灌满房间。此时一旦开门，海水就会涌入整个遗迹。众人无能为力，只能眼睁睁看着 Lynette 溺水身亡。
Roger 告知，遗迹抗压能力下降，最多只能支撑 3-4 小时。Theosebeia 推测，遗迹内部应该配有紧急逃生舱。Teresa 分析，凶手目前似乎无意继续加害大家，建议搁置追查，优先寻找逃生设备。众人分为男女两组， 四名女性返回“魂之窑”展开搜寻。Theosebeia 带着 Emilia 重返案发现场，仔细勘查 van Helmont 的遗体，推断铁钩带有变形痕迹，是 van Helmont 最近自己装上去的，并非致命伤。凶手应该是先刺穿了他的心脏，然后用铁钩贯穿尸体，以此掩盖真正的凶器，或是为了模仿某种仪式。死者脸上残留着惊恐的表情，说明凶手曾特意唤醒他，逼他看清自己的面容，然后痛下杀手。Emilia 注意到死者手里攥着一支戴帽树脂钢笔，悄悄收了起来。她们接着检查了无头女尸胸口的“神印”，证实这具尸体就是“原型”，这座遗迹正是“Apse”。两人推论，先前的集体昏迷、灵魂互换都是凶手利用灵魂管理功能造成的，Lynette 的死也是谋杀。Emilia 发现中央机器里的“贤者之石”消失无踪。
Emilia、Theosebeia 离开现场，同 Teresa、Lizaia 汇合，告知“贤者之石”失窃。众人推测，凶手要么一心寻死，要么打算把石头装进潜艇送上水面，因为潜艇若载人，浮力会严重不足。Teresa 怀疑凶手是“异端狩猎”的成员，提议大家以寻找石头为名互相搜身，排查身上有没有该组织的海豚纹身。Theosebeia 带着 Lizaia 去隔壁房间互相检查。Emilia 和 Teresa 留在房内，以“没有必要”为由，免去了对彼此的搜身。Theosebeia 确认 Lizaia 身上没有纹身。四人返回控制室，同四名男性汇合，告知石头丢了。Roger 报告，备用电源消耗达平时 1.5 倍，抗压性能下降 30%，暗示有未知事物超常耗电。Teresa 搜查 4 名男性的身体，没有发现石头，也没看到海豚纹身。众人开始梳理集体昏迷那 1 小时里的行踪。Roger 醒来后，在前往“魂之窑”的路上救起了 Lizaia。Lizaia 自称原本和 Lynette 同在“魂之窑”，调查一楼时感到眩晕，跑到走廊后失去意识。Noah 在“肉之窑”一楼水池收集有机物残渣时昏迷，醒来后先叫醒了 Tracy，Tracy 提到 van Helmont 只要触碰就能炼成复制品。两人前往 2 楼，叫醒 Vincent。Roger 指出，Lynette 本在“魂之窑”2 楼工作，却死在“肉之窑”3 楼。
众人再次分头行动，搜查逃生设备。三名男性前往“魂之窑”，Emilia、Teresa、Theosebeia 前往“肉之窑”，Roger、Lizaia 留守控制室。半路上，Teresa 决定单独行动，Emilia 护送 Theosebeia 前往一楼。途中，两人聊起初次见面时的场景，当时 Theosebeia 手腕上还系着个氦气球。Theosebeia 提到，Teresa 小时候喜欢玩水银，后来改玩 30 度就会熔化的镓体温计。Teresa 曾因妹妹离世备受打击，深怕失去 Emilia。
一楼泳池区共有 12 个水池，四周温度在 30 度左右，毫无藏身之处。6 台仪器都显示“生成完毕”，Theosebeia 怀疑这里刚培育过某种生物。遗迹内警报大作，两人急忙赶往二楼与 Teresa 会合。Teresa 得知有人按下“魂之窑”3 楼的紧急开关，返回控制室，其余两人呼叫反重力通道，赶往现场。在等待通道降下的 3 分钟里，Emilia 随手倒转了通道前的液体时钟，水银在正常重力下滴落下来。两人抵达“魂之窑”3 楼祭坛，挂钩穿透 Vincent、Tracy 的左胸，将两人高高吊起。30 度的高温下，空气中弥漫着刺鼻的尸臭。Noah 失踪，Emilia 怀疑他就是凶手，担心他正赶往“肉之窑”寻找下一个目标，急忙跑下楼去召唤通道。Emilia 目前寄居 Teresa 的身体，这具肉身平日缺乏锻炼，让她精疲力竭。Theosebeia 握住她的手，施展生体炼金术，帮她恢复了体力。在反重力环境的作用下，液体时钟里的水银正逆流向上。通道门打开，Noah 瘫坐在里面，左胸深插着一把刀，伤口极深，绝非自杀。
两人返回，向众人通报了死讯。大家开始梳理时间线。余下的五名幸存者都有不在场证明，警报响起时，通道一直停在“魂之窑”那一侧，谁也无法借此移动。Roger 拿出立体图，证实两个区域之间填满了反重力装置，外墙承受着深海的巨大压力，不可能存在密道。至此，现场成了一个密室。Emilia 猜测，凶手或许在外墙上瞬间开了一个洞，潜入后，再赶在海水将自己压碎前将洞口闭合。Theosebeia 反驳，深海的超高压会将人体压碎。Emilia 检查死者 van Helmont 留下的钢笔，发现笔尖受热熔化变形，笔管灌满水银。她推测，这些水银是死者留下的死亡留言——在反重力环境下，水银会“向上（UP）”流动，暗指名字里带有“UP”的 Roger Appleton。两人返回控制室，Theosebeia 展示钢笔，以水银代表“女性原理”，指控在场唯一的女性嫌疑人 Lizaia。她推断，凶手制造爆炸，毁尸灭迹，是为了掩盖死者身上的“异端狩猎”海豚刺青。Emilia 指出，真 Lynette 的灵魂已进入 Lizaia 体内，为了销毁原本的肉体才出此下策。她公开了自己与 Teresa 互换灵魂的秘密，以此作证。Theosebeia 补充，“Lizaia”苏醒后步履蹒跚，是灵魂尚未适应高跟鞋躯体的有力佐证。Lynette 承认了与 Lizaia 灵魂互换，坦白自己本是流浪炼金术师 Zosimos Oannes 创造的纯生物型人造人，如今作为“异端狩猎”特工潜伏于此，负责保护遗迹。
Lynette 透露，这座遗迹其实是管理人类灵魂的服务器网络“Apse”，而“原型”身首异处，是系统的最高权限管理者。如今头颅缺失，系统随之休眠，Theosebeia 无限转生的宿命也由此打破。Lynette 警告，若在休眠期间强制供电重启，会导致系统过载，格式化全人类的灵魂，覆灭人类文明。
交换情报时，Theosebeia 主动握住 Emilia 的手，这反常的举动令 Emilia 心生寒意。她意识到，在全员都拥有不在场证明的困境下，若想行凶，必须通过通道往返，只有刚刚去过“魂之窑”的自己和 Theosebeia 有机会作案。对方既有终结无限转生宿命的动机，又是场上唯一的炼金术师，可能掌握着某种未知的作案手段。“Teresa”寄宿于 Emilia 体内，众人跟随她重返“魂之窑”3 楼祭坛。装置前躺着 van Helmont、Vincent、Tracy 的遗体，还有无头的“原型”。Teresa 指认真凶。
众人陷入绝望，Theosebeia 紧握着 Emilia 的手，夺过钢笔，用 Teresa 的口吻打断。她指出，钢笔是在重力反转的“魂之窑”中发现的。如果把墨水换成不受反重力影响的水银，向上浮力就会抵消重量，使钢笔变轻约 13.6 克。钢笔重量未变，说明其中的液体是另一种液态金属——镓。这种金属熔点在 30 度左右，同样受反重力影响。
设定推理的又一野心之作，将炼金术、灵魂互换、太空科幻等元素熔于一炉，把“重力反转”等物理设定压榨到极致，构筑出精妙的心理密室诡计。作品以灵魂互换规则为逻辑支点，不断推翻既有认知，在层层反转与多重解答中持续刷新读者的推理预期，最终更以冰冷的计算伏线一举颠覆整个世界观。结尾揭晓真凶的终极夙愿，将诡计、设定、情感完美收束，兼具气魄与余韵。