一个炎热的夏日清晨，結在 3-6 教室醒来，这里是校舍内的一间双层木构房。来到孤岛已是第三天，她走到黑板前，用粉笔画下“正”字的第三笔。窗外，水平线呈现出异样的浓黑，隐隐透着未知的危机。在这座庞大的校舍里，目前共有 7 名少女幸存。除了始终穿着体操服的新菜，其余人皆统一着黑白配色的水手服，每人独占一间三年级教室作为起居室。岛上水电与物资充沛，想要什么常规道具都能变出来，却唯独没有现代通讯信号。所有人的身体都沉重如铅，仿佛背负着某种“病休”的枷锁。結考虑到第七名同伴七瀬昨晚刚被救上岛，尚在 3-7 教室休养，决定先去隔壁的 3-5 教室拜访衣鈴。衣鈴正静静阅读一本没有封皮的日文本格推理小说，两人探讨起本格推理中“犯人猜测拼图”的逻辑，衣鈴强调核心原则在于“所有线索必须公平展示给读者”，承诺待世界末日降临时，会告诉結她对本格推理的最终定义。
走出教室，結顺着建筑外侧爬上 3-4 教室上方的瓦屋顶，找到了正对着大海唱歌的栞。热爱音乐的栞拿出一份流行歌曲简谱，指导結认读。栞希望能集合大家进行四部合唱，约定今晚先与結两人练习。告别栞后，結前往一楼寻找排行第三的実佳。她在空无一人的音乐室里发现了一幅尚未上色的精美木炭素描，画中是排行第二的新菜在奔跑。結循着脚步声来到烈日下的操场，在大树荫下找到了実佳，她正交替使用 8 支不同硬度的铅笔写生。実佳向結梳理了岛上 7 人的背景，大家在此坦诚相见，无法说谎。実佳与正在跑道上挥汗跨栏的新菜是同学兼好友，两人一同登岛。栞与衣鈴虽曾是邻居，化解矛盾后成了挚友，先后漂流至此。领导者初、新来的七瀬、結，均是孤身一人登岛。昨天傍晚新菜在海滩慢跑，実佳在散步，发现了溺水的七瀬。新菜跑来邀結运动，結婉拒后提议稍后玩抛接球，新菜欣然应允，顺口确认了結是右撇子。結得知初在灯塔，向二人告别。
結走出磨损了铭牌的校门，顺着右侧土路斜坡向上，穿过一片比人还高的向日葵田，爬上陡峭的混凝土阶梯，穿过铁门封死的通道，走进唯一可用的出口，在灯塔顶部的环形观景台上找到了惊人美貌的初。两人核对了登岛前的记忆：两周前的一个深夜，世界各地爆发了末日灾难，黑海与无数巨口怪物吞噬了一切。人们接触毒水后异变，因极度恐惧失去意识，赤身裸体漂流至此。在现实中坚持清醒的时间越短，被传送到岛上的时间就越早。最先昏倒的初抵达最早，坚持最久的結来得最晚。初详细说明了生存法则：岛上医疗匮乏，重伤极易致死。大家拥有一种魔法般的能力，只要理解构造，就能凭空变出简单的无生命日常物品，但损坏或弄脏的物品必须手工修理或清洗。初还确认了这座无名小岛面积仅约 0.5 平方公里。她预言孤岛正处于被吞噬的圆心，平静地宣告：当终结真正降临，为了不让同伴变成怪物或遭玷污，她会亲手终结所有人，再自我了断。
初移步到铁栅栏处俯瞰，震惊地发现海滩上竟有一具穿着制服的躯体，旁边还搁浅着一艘毫无涂装的木制手摇划艇——这与大家全裸漂流的先例截然不同。初和結立刻冲向海滩展开急救。少女穿着带有宽大“关西襟”和胸前丝带的水手服，与岛上统一的“关东襟”截然不同。在初的人工呼吸下，少女吐出海水苏醒。她自称未奈，透露自己来自另一座孤岛。因黑海侵蚀，她与同伴静夏乘船逃难，途中为求生存被迫厮杀，导致小船翻覆，不知静夏生死。面对情绪崩溃的未奈，新菜果断打断问询，将这第八位同伴安置在 3-8 教室休息。
登岛第三晚，幸存者齐聚讲堂。衣鈴提议设立夜间守卫，每 2 小时轮换一人，实则是为了防范极度危险的未奈。結抽中首班，于 10 点开始巡视。午夜 0 点，她行至 3-7 教室，意外发现此前获救昏睡的七瀬已经苏醒。两人初次交谈，七瀬对大家的“关东襟”制服颇感兴趣。結借着月光，见七瀬正凭记忆试图复刻制服，却错误地保留了“关西襟”的宽大领口、丝带、藏青色调。为了看清细节，七瀬脱下衣物，要求結背对她半蹲以比对裙摆。就在結毫无防备时，未奈披头散发地持巨大柴刀冲入，一刀劈中結的右肩，紧接着又抡起粗壮的铁撬棍击中結的头部侧面，险些造成致命伤。未奈随即转向逃避的七瀬，直呼其为“静夏”——原来第七名登岛者正是未奈的同伴。未奈用撬棍猛击静夏头部，将其重创。就在她准备彻底捣毁其头颅时，新菜等人冲入打断了她。众人惊恐地目睹濒死的静夏连同制服从正中裂开，化作恐怖的黑色粘液怪物。混战中，未奈捡起掉落的手斧，劈开怪物头颅，将其击杀，但她自己也受了致命重伤。临终前，未奈道出袭击結的原因：她深知静夏是怪物，见結在静夏面前脱衣，误以为結已被感染同化。交代完遗言，未奈气绝。
众人安葬未奈后召开紧急会议。実佳驳斥了岛上存在未知第三者的可能。既然同伴无法说谎，未奈那句“战胜你们之中的恶魔”便证明怪物已潜伏在眼前的六人之中。結抛出反证：根据遗言，怪物感染后会完美吸收受害者记忆，能像机器般精准再现其记忆中的物品。静夏变出的制服存在“关西襟”细节偏差，若她此前已感染任何拥有关东襟记忆的同伴，必然能变出完美的制服。既然变错了，说明結确实是静夏袭击的首个目标，当时她尚未感染任何拥有该记忆的同伴。混战中日光灯曾被切断，黑暗里衣鈴听到了两声绝望惨叫。実佳提出，怪物在混战末尾曾试图用触手袭击結和新菜，说明她们当时尚未被感染，理应安全。然而衣鈴抛出盲点：怪物袭击可能只是演戏，在场任何人都极有可能在黑暗中遭到了毒手。为防范拟态怪物，衣鈴提议六人搬入讲堂，进行全天候的集体生活与相互监视。初揭示了未奈留下的启示——“当红色的向日葵绽放，约定的阶梯将会降下”，作为大家活下去的希望。
次日上午，在压抑的监视氛围下，栞借口去 3-8 教室寻找重要乐谱，坚决要求单独前往。为保安全，結提议让拥有美声的栞在走廊一路唱歌，作为警报。歌声平稳远去，在经历一次短暂的换曲停顿后又稳定下来。然而，当歌声快要回到讲堂时，走廊拐角突然爆发极其凄惨的呼救。众人冲出，目睹一只散发恶臭、由黑色粘液构成的人形怪物，正用触手死死缠住栞赤裸的大腿企图侵犯。新菜和初疯狂劈砍触手，衣鈴用撬棍狠狠砸进怪物的巨嘴。怪物受创后重新凝聚，吐出强酸飞沫击中衣鈴和実佳的脸部，拖着沉重的身躯撞碎二楼玻璃窗，顺着通往向日葵田和灯塔的斜坡逃向操场。获救的栞极度恐惧，独自躲进讲堂旁的厕所隔间。新菜撞开隔间，找到瑟瑟发抖的栞，初仔细检查，确认她身上没有任何受侵犯的痕迹。新菜认为这只怪物是独立的虚弱个体，提议出击剿灭。実佳提议兵分两路：初、新菜、実佳组成先行班前往灯塔，衣鈴、栞、結作为后发班在讲堂休息。先行班出发后，結见衣鈴、栞亲密交流诗歌，感到自己犹如局外人，便借口去 3-8 教室给未奈献花，独自离开。
不久，海滩方向传来不属于任何同伴的惨叫。衣鈴和栞带着急救箱前往救援，結则跑向灯塔通知先行班。在灯塔入口阶梯，結发现新菜误认灯塔为巢穴，冲上楼梯时踩中极细钢丝陷阱，摔下导致脚踝扭伤，肋骨疑似骨折。実佳为新菜固定肋骨时，为防新菜因剧痛惨叫引起初的误会，結配合着上前紧紧捂住了她的嘴。初搜查灯塔，确认无果后返回，四人沿原路下坡。途经向日葵田一半位置时，走在前面的実佳突然双腿打结，连同背着的新菜重重摔倒。結上前接替実佳背起新菜，初不知何时从花田边缘走出，极其自然地接管了結腾出的所有武器。初根据观测推演，孤岛被彻底吞噬的时间已不足 0.5 天。四人赶到烈日下的海滩，发现衣鈴、栞正挥舞撬棍，护着担架上赤裸的第九名遇险者，与潜伏在沙中的黑色触手苦战。在初的指挥下，众人利用盾牌封锁空间，满腔怒火的栞挥动撬棍，将怪物巨嘴砸碎击杀。然而，担架上的第九名同伴已惨遭不测，头部完全捣烂，躯干胡乱切割，呈现面朝下的俯卧状态。
正午时分，远处的黑海已逼近到肉眼可见的距离。绝望中，一个神圣的声音在六人脑海中同时响彻：“当红色的向日葵绽放时，约定的阶梯将会降下。”众人将第九名遇险者的残破遗体安置在 3-9 教室，返回讲堂。下午 2 点前，伴随着結弹奏的钢琴声，初悄悄来到結身边展开私密交谈。在讲堂等待时，初向結展示了她在実佳摔倒时从花田边缘捡到的线索——一支被折断成 3 截的 3H 铅笔，首尾相连形成菱形，笔尖插着口红碎片。她与結展开推理博弈：她已盘问过五人，全员否认见过此物，这排除了怪物或岛外幸存者大费周章留下物品的可能，因为怪物不穿衣服不可能携带口红，而人类大可直接呼救。这件证物隐秘、仓促、难以一眼看穿，必然是某位察觉怪物真身却未被感染的同伴，在极度危急下拼死制作的求救暗号。結指出矛盾：未被感染的人类受制于无法说谎规则，理应坦白，为何跟着否认？初表示已有破解思路，反问为何挑选最硬的 3H 铅笔。結回忆実佳曾科普 3H 是最硬的铅笔，初认为这常识不足以直接锁定実佳。初要走了結从登岛第一天起记录至今的日记手稿，寻找盲点。不到 5 分钟后，黑海加速推进，初算出讲堂不到 2 小时就将被吞没。撤离前，初一反常态地向每个人分发了手工礼物，特意叮嘱結将礼物钢笔放在胸前口袋，而不是头上。六人踏上了前往向日葵田的最后撤离之路。
设定系推理与绝海孤岛生存模式相结合，构建了“身体如同病休般沉重”、“能变出简单物品”、“绝对无法说谎”等一系列严苛的物理与生理规则，在结局通过“天使与恶魔”的神学设定反转，赋予了这些规则深层逻辑。亮点在于安乐椅侦探式的逻辑推演：凭借微小的违和感破局，嵌入全知视角的叙述性诡计。