クラン、カイ、イリヤ、シーナ、クロエ、マルコ六人从千年的冷眠舱“テグミネ”逐一苏醒，但シモン的冷眠舱未打开。大家检查发现冷眠舱已停止运行 153 年，打开后看到シモン已变成木乃伊。シモン背部插着一把刀，疑似死于他杀。由于冷眠舱所在的避难所从外部无法进入，大家怀疑凶手是研究所内部人员。众人尝试与研究所联络未能成功。クラン等人在避难所内探索，发现了谈话室、厨房、卫生间、寝室和仓库等区域，仓库中有大量储备食物。クラン回忆千年冷眠实验前各人的自我介绍：

• シモン：研发人员，热爱科幻，渴望见证未来。
• イリヤ：研究所的程序员，想在世界项目中留名。
• クロエ：来自富裕家庭，想为人类做贡献。
• クラン：前教师，因妻子离世，人生失去意义。
• シーナ：生物学研究者，希望亲眼见证生物进化。
• カイ：参与了冷眠舱本体开发。
• マルコ：医学部学生，不乐意交流。

清晨，クラン在冷冻库发现部分货架半空，不知道是否与シモン之死相关。イリヤ在电脑里找到记录千年间主要事件的文件，显示世界历经诸多变迁，如地震、战争、人口变化、技术发展等。クラン和シーナ去仓库拿午餐，シーナ在冷冻库发现一个放置杂乱的箱子，打开后竟发现一具被薄塑料包裹的尸体。死者为年轻男性，年龄约十几岁，身高约 140 厘米，被人从背后一刀致命，面部血肉模糊，明显被人为破坏，死亡时间可能在冷眠舱停止运行的 153 年前。大家继续查看资料，发现公元 2899 年后有 124 年的记录空白。

【断章】主人公裕哉在五年级时结识了大学的进化生物学老师倉石，从此常去老师家，学到了许多有趣的知识。中学时裕哉遭遇校园霸凌，从老师那里获得安慰。裕哉考入大学，学习生物学，与老师联系减少。

六人准备离开避难所探索外界，开门时一根枯树干掉落。クラン、シーナ、クロエ、カイ四人外出，イリヤ、マルコ留守。森林已很久没有人类活动痕迹。四人走出森林，看到城镇一片废墟，建筑物大多崩塌，车辆生锈报废。他们在废墟中探索，在疑似酒店的地方发现许多物品残骸，又在一间医院里发现更多白骨，推测这里可能发生过导致大量人员死亡的事件，但记录缺失，无法确定。四人返回避难所途中发生地震，クロエ被倒下的大树压住左脚，胫骨骨折。大家在仓库找到酒、烟草、植物种子等物资，并尝试种植部分种子。マルコ精神萎靡，自称是环境变化所致。 两个月后，クロエ的脚基本恢复，众人也把附近的城镇探索殆尽，却未收获有用信息。イリヤ排查系统数据，发现附近南边山脉靠近海的地方可能存在另一个与他们相同的冷眠避难所，预计建造于 2041 年，里面的人或许仍处于冷眠状态。

众人前往第二个避难所，中途发现一个金属门，费尽力气打开后，在里面发现了一家四口的白骨和一个金库，金库里有记忆卡、宝石、一本手账，手账中提到“避难所”。大家在河边露营，クラン、シーナ、イリヤ去森林收集物资，遭到一群巨大乌鸦的袭击，イリヤ失踪。次日清晨，众人在一处废墟中找到了イリヤ的遗体，她胸口中刀，被藏在混凝土块下，凶器是避难所同款匕首。マルコ判断イリヤ死亡时间不长，シーナ指出搬运混凝土块至少需要两人。イリヤ遇害时，クラン和シーナ一直在一起，カイ和マルコ一直在一起，クロエ脚伤未愈，各人均有不在场证明，大家怀疑是否有潜藏的杀人狂魔。

众人继续前行，某晚在垃圾场宿营。次日清晨マルコ失踪，留下一封遗书，自称在一千年前杀死了一个男人，因不堪罪疚离开。剩余四人无奈继续前行，终于发现第二避难所，大门紧闭，但地上有人类脚印。第二天，大家守在门前，不久大门打开，走出一对男女，长得极像シモン。男人让女人叫了更多人出来，他们都与シモン极为相似。长老アル命令众人进入避难所。

【断章】裕哉大学毕业后在生物系研究所工作，几年后母亲离世，返乡时得知倉石老师也已去世，这让他决心要留下自己的基因。返程电车上，他遭一女子诬陷为痴汉，遥花仗义执言帮他解围，他对遥花一见钟情。裕哉跟踪遥花，搬到她对面公寓，每日用望远镜观察。某日，他目睹遥花与一男子性爱，愤怒之下一夜未眠，砸坏了望远镜。

长老アル了解了クラン等人的来历，为他们提供了食物和住处。众人得知マクノアー族在此生活了数百年，与外界隔绝，将避难所中的一名沉睡少女视为神，其余九个冷眠舱中的人已成干尸。在墓地，メガ和イプシ称遭到イリヤ持刀袭击，反击中将イリヤ杀死。クラン等人虽难以置信，但决定不惩罚二人，而是请求マクノアー族唤醒沉睡少女。アル表示需要考虑，但第二天还是拒绝了请求。クラン进而提出查看避难所的计算机，得到许可。计算机内大部分数据缺失，仅 2041-2042 年有记录，显示当时 HEX 病毒肆虐，世界人口锐减，近乎灭绝，这与他们所知的历史大相径庭，众人深受打击。クラン和カイ借口上厕所离开房间，留下シーナ与负责看守的イプシ交谈，伺机潜入大厅，成功将少女冷眠舱的剩余时间调整为八小时。次日早晨，冷眠舱发出声响，アル等人赶来，众人取出少女身上的管子，少女苏醒过来，说自己叫アイナ，对母亲十分想念。クラン等人与アル协商，决定暂时留在这里，待アイナ恢复后，带大家一起返回物资丰富的第一避难所，アル同意。

アイナ恢复后讲述，她母亲是研究人员，因 HEX 病毒肆虐，父亲奔赴抗疫前线，她和母亲进入避难所进行冷眠。众人推测避难所是为躲避病毒而设，其他冷眠者可能因感染病毒在冷眠中死亡。クラン等人带了五名マクノアー族人回第一避难所。クラン从マルコ的遗书推理出シモン被杀的真相。

クラン和シーナ畅谈未来，一致决定承担起养育アイナ的责任。

【断章】子門裕哉偶然发现具有极大危害的 CB45-HX 病毒株。三个月后，他得知遥花所在的研究所开展千年冷眠计划，遥花将参与其中。他为了加入该计划，不惜借高利贷向相关职员行贿，还欺骗同事暁斗接手了病毒研究。经过封闭环境测试，裕哉和其他冷眠者一起进入避难所的冷眠装置。

マクノアー族吸收了クラン等人带来的技术和概念，生活大为改善。五年后的一天，两个小孩争抢一张纸，引起了クラン等人的关注，因为纸在マクノアー族中十分罕见。纸上记录着マクノアー族以“诺亚历”记载的历史，其中提到“诺亚历 858 年，神送来了少年救世主，若能接受他的精，将能再次诞生孩子”，这一描述与シモン极为相似。众人回到第一避难所寻找线索，期间讨论起此前发现的少年尸体身份。シーナ在计算机中发现了一份文件。

出场人物是从一千年前的冷冻舱苏醒过来的六名“冷眠者”，第七名“冷眠者”在舱中被人杀害，尸体风干成木乃伊，其冷冻舱在 153 年前便已停止运行，形成一起广义不可能犯罪。六人探索基地和外界的过程中，又陆续发生新的命案。本作设定壮大，立意深远，结尾动机阴鸷，真相豪迈，对“世界末日”这一恒久主题给出了新的探索。