神奈川县北高校的一年级学生翡川志緒年龄 16 岁，但身高仅 144 厘米，体重 30 公斤，面容稚嫩，常被误认为小学生。四年前，志緒的挚友秋浜希絵在学校温室被少年道井蓮士残忍杀害。当时，志緒明明知道希絵要去见网友，却因为害怕而没有阻止。这份“见死不救”的巨大负罪感导致她的脑垂体机能受损，生长发育彻底停滞，时间仿佛在那一刻被强行冻结。

周一下午 4:05，翡川志緒因身体不适早退，刚刚扔完垃圾，走路返回第一校舍一楼升降口。头顶上方突然传来一声凄厉的尖叫，一个黑色的块状物重重地坠落在地。死者是同班女生共田，她因心理原因无法进入教室，长期在保健室度日。就在数小时前，一直在保健室休息的志緒还曾与她有过无言的眼神接触，在离开时挥手致意。根据翡川志緒向警方及养护教谕坂尾提供的陈述，她在下午 3:55 分离开职员室。警方勘查后断定，共田是从第一校舍三楼走廊北端尽头的“三年一班”窗口跳下的，当时教室内空无一人。吹奏乐部的成员也目击了坠落过程。遗体手中紧紧攥着一枚白色的“合格御守”，背面绣有当地著名的学问之神“鹊寺”的金字。警方推断，共田因无法适应重点高中的环境，深感辜负了御守所代表的期待，在强烈的挫折感下冲动自杀。然而，志緒在共田家吊唁时确认，共田对他人视线恐惧到极点。这样的人若真因绝望而死，怎么会特意握着象征“成功”的御守来向世人宣示自己的“失败”？

为了探寻真相，志緒找到了两名盟友。一位是初中时与共田同在“适应指导教室”学习的二年级剑道部女将西杵万里，另一位是志緒的同班男生位坂，他是警察厅高官之子，性格冷静理智，被戏称为“机器人”。位坂揭示，鹊寺的合格御守近年来统一为绿色，共田手中那枚白色的御守在当下极为罕见。志緒与西杵前往鹊寺求证，住持确认，白色的合格御守容易与祈求姻缘的白色“结缘御守”混淆，早在两年前就已永久停售，统一改版为绿色。这说明共田手中的御守是两年前的旧物。

三人锁定了传闻中的霸凌者——同班女生山下。西杵利用体育社团的前辈关系施压，山下终于承认，案发当日下午 4 点左右，她确实在保健室门口遇到了共田，对她进行了嘲讽，但山下证实，“那家伙在遇到我之前就已经在痛哭了。”这意味着真正击溃共田心理防线的事件发生在遭遇山下之前，即她离开保健室内部的那一刻。三人对坠楼现场进行了几何学验证。位坂指出，坠楼点“三年一班”位于第一校舍走廊的最北端，距离共田遭遇山下的楼梯口距离最远。如果共田是因遭到辱骂而冲动自杀，理应选择距离楼梯更近的三班或四班，为何要舍近求远特意跑向走廊尽头？三人站在三年一班的窗口向下俯瞰，发现那个位置的正下方恰好是保健室的窗户。周一放学后，三人突入保健室与养护教谕坂尾老师对质，坂尾老师坚称是在窗边一眼认出了死者。志緒指出，遗体是面部朝下坠落的，且受损严重，也没有穿标志性的年级拖鞋（共田是脱鞋跳楼），不可能瞬间认出死者身份。坂尾终于承认，她并非看清了脸，而是因为看到了掉落在遗体旁的那枚白色御守，才认出了是共田。

共田事件解决后，翡川志緒停止生长的身高突然增长了 3 厘米，女性的生理特征也开始出现。这标志着她内心时间的解冻，却也带来了现实的剧痛。志緒分别在不同场合向位坂和西杵坦白了自己身体停止发育的根源。位坂出身警察世家，虽然憎恨罪恶，但坚持认为应亲手逮捕道井，让他接受法律审判，期待其“更生”。西杵初中时因肥胖而自卑，曾受到道井的鼓励才开始改变，道井是她的初恋，她渴望了解恩人堕落为杀人魔的理由。对于志緒而言，这两人的态度无异于背叛，她最终愤而与两人断绝来往，孤立了自己。

就在此时，一场强台风笼罩城市，四年前的噩梦重演。新闻播报市内初三女生秋浜美璃遭到绑架失踪，她正是希絵的亲妹妹。警方在绑架现场遗留的一把乙烯基雨伞柄上，提取到了指名通缉犯道井蓮士清晰的指纹。志緒求助于主治医戸増。戸増现年 46 岁，却拥有 20 岁的容貌，自称是另一位“时间冻结者”。他冷静地分析，道井蓮士在长达四年的逃亡中表现出极高的反侦察能力，怎么会在雨伞上留下指纹？他推测道井背后必有熟悉地形的高智商“指导者”。戸増向志緒提供了一份自制的详细防犯地图，上面标注了所有摄像头的死角。志緒冒雨前往绑架案现场“鹊寺”附近，遇到了道井蓮士的亲妹妹来夏。来夏四年来作为“杀人魔的妹妹”，饱受社会的排斥与霸凌，她潜伏在此是打算亲手杀了哥哥，以终结家族的噩梦。来夏透露，哥哥并非天生恶魔，他背上有大量被烟头烫伤的痕迹，证明他也曾是霸凌的受害者。志緒在现场目击了一个穿着黑色连帽衫的逃跑人影，但未能当场确认其身份，后来在自家公寓楼下才确认那人是剑道部的前辈墨木。位坂查出，墨木是当年霸凌道井的主谋之一，现在担心警察介入调查，会挖掘出过去的霸凌事实，导致他即将到手的指定校推荐入学名额取消。他拼命寻找道井，只是为了封口。

戸増诊所后门的监控录像拍到了一名身穿连帽衫男子潜入，疑似道井蓮士。警方以涉嫌藏匿罪犯为由将戸増带去警局问话。志緒失去庇护，在母亲安排下，前往母亲的恋人、小学班主任芳岡老师居住的“东鞍寺”宅邸避难。晚餐后，志緒注视着自己手腕上那枚与希絵同款的白色硅胶手环，芳岡随口说道：“明明说过不行，还是戴去学校了吧。”志緒顿觉一阵战栗。

志緒趁芳岡不注意，潜入书房搜查，在书架上发现一个伪装成辞书的保险箱，里面有一个白色硅胶手环，正是四年前在案发现场离奇消失的希絵之物。大宮刑警来到芳岡家，准备带志緒去警局问话，志緒借机将手环作为关键证据，悄悄交给了大宮。去往警局之前，志緒在戸増小儿科诊所查看了戸増医生藏起来的后门监控录像。画面中，穿着道井卫衣的男子，在伸手开门的前一瞬，下意识地用左手做了一个轻轻摆动的动作，那是芳岡在放松状态下特有的习惯性小动作。监控里的人根本不是道井蓮士，而是乔装打扮的芳岡。

本作包含一起跳楼自杀和两起跨越四年的连环杀人，推理切入点是小物证和小口误，风格惊悚。犯人的物理诡计可行性存疑。