出场人物：
- 未明：主人公，喜爱阅读禁书的 12 岁少女。
- 絹繭：未明最好的朋友。
- キフカ：未明在村外森林中发现的神秘少年。
- 一世：ドルノ村的初代村民与先知。
- 正夢：年轻有为的圣职者。
- 鵲：未明的前任老师。
- 陽刻：年轻激进的圣职者，对信仰极为虔诚。
- 楊柳：村里的医生。
- 鈴生、橄欖：村里的同性伴侣，育有一子。
- 丹朱、棚雲：未明的父母。
【序章】叙述者在教堂的大理石地板上发现了先知“一世”冰冷的尸体，死因是正面扼杀，脖子上留有小小的指印，但一世几乎没有抵抗，带着一丝微笑死去。叙述者知道一个名叫“未明”的少女正在寻找手或手臂上有抓痕的人。叙述者承认自己就是凶手，等待未明揭开这个世界的秘密。
十二岁的少女未明和她的朋友絹繭生活在与世隔绝的ドルノ村，一个被巨大的荆棘迷宫所环绕的“乐园”。村庄遵循宗教教义，由长寿的先知“一世”引领，实行自给自足的公社式生活。未明决定沿着从村庄中心泉水流出的小溪独自离开村庄，探索外部世界。一场持续七日的暴风雨来临，未明趁机潜入荆棘迷宫，在其中发现了一名身受重伤的外来少年，决定将他带回村庄。一世展示了圣职者的神通力，将自己的银色圣环变出又消失。圣环意外被尖石划出一道长长的彗星状伤痕，一世称下次再变出来时伤痕就会消失。
名叫キフカ的少年苏醒后，对村民充满警惕和敌意，甚至怀疑未明给他的食物有毒。一世声称已在“预见”中看到了キフカ的悲惨过去，接纳他成为村庄的一员，条件是キフカ必须发誓不向其他村民提及外界的事情。年轻的圣职者正夢审问未明私自出村一事，罚她打扫圣职者住所的玄关。
在一年一度的丰收节上，未明和絹繭带着キフカ参观了村庄。キフカ对村庄的富饶和完整的循环体系感到震惊。节日庆典中，一世突然宣布她即将“引退”，已选定一位普通村民作为继任者。她还预告，在不久后的交接仪式上，她将向所有村民揭示关于这个世界的一切，警告：“听完之后，我不允许你们寻死。” 这个消息让村民们感到困惑。
丰收节当晚，除了彻夜祈祷的先知一世之外，所有村民都在一种特制的“观梦凭证”熏香作用下，陷入了同一个由神明展示的集体梦境，在梦中一场毁灭性的大洪水淹没了村外最后的人类据点。次日清晨，村民们在恐惧中醒来，聚集到教堂，却发现一世已经死在教堂内。她被人扼杀，脸上却带着安详的微笑，脖子上有抓痕，指甲里却异常干净，没有任何泥土或皮屑，手指上的圣环不翼而飞，随后在远处的长椅下找到，之前那道彗星状的划痕已经消失了。
一世的遗体在荆棘迷宫火化。未明无意中在诊所听到医生楊柳与圣职者们的对话，尸僵状态证实一世的死亡时间在凌晨 3-4 点之间，而此刻所有村民都应在神的“奇迹”下沉睡，构成了一桩不可能犯罪。死者胸部和腋下有奇怪的线状痕迹，仿佛曾背负重物或遭受捆绑。一世的住处被已收拾干净，其个人笔记与信件都消失不见，有村民称最近见到她在屋外烧纸。村民中开始流传“恶魔”附身在某人身上行凶的谣言。
正夢的青梅竹马鵲回忆，八年前与年幼的正夢发现了一个巨大的“水母干尸”，被圣职者收走。正夢为了找回干尸私自离村，跟随圣职者的队伍见到了外界，因此被迫成为圣职者。正夢归来后性情大变，神秘地说教堂里也收藏着许多美丽的“水母”。キフカ向未明承认，他来自遥远的“灰之村”，那里等级森严，极其贫困，他的姐姐シネレア被高层带走后不明不白地死去，他因此逃离了家乡。第二天，未明在圣职者的住所打扫时，无意中在打开的仓库门后瞥见了那个巨大的、半透明的“水母干尸”。
村中谣传未明与キフカ共度一夜，村民们将キフカ视为带来灾祸的“恶魔”。在广场上，陽刻带领一群年轻人公开指责キフカ亵渎神明，煽动村民对他进行审判，在正夢和鵲的干预下，冲突暂时平息。未明的父母丹朱和棚雲也找到她，透露村民之前都相信橄欖和她的同性伴侣鈴生能生下孩子，是神所创造的“奇迹”，但橄欖其实被迫与教会指定的男人结合，才生下孩子。
深夜，以图书馆馆长为首的五名蒙面村民闯入キフカ的住所，将他绑架并施以酷刑，试图逼他承认是杀害一世的恶魔。未明试图阻止，却被轻易制服，被迫观看这残忍的一幕。キフカ在折磨下遍体鳞伤，最终昏死过去。酷刑过后，人们私下里认为“恶魔”已受到惩罚。未明向圣职者告发了以馆长为首的五名施暴者，但因证据不足而被驳回。医生楊柳根据尸斑分布，推断一世的尸体在死后曾被人移动。キフカ因伤痛开始依赖有致幻效果的“灵药”。未明在自己房中发现了一本陌生的禁书，书中描述了一个魔术师为了完美谋杀而将受害者的指甲和整个犯罪现场清理干净。未明带着キフカ逃离了村庄，来到荆棘迷宫的尽头，发现那里是俯瞰着荒凉大地和远方海洋的高耸悬崖，他们所在的ドルノ村其实位于一个巨大的盆地状地貌中，外界的世界早已化为废墟，只剩下道路、建筑遗迹和被キフカ称为“塑料瓶”和“塑料袋”的旧时代垃圾——未明曾将它们视为珍贵的“薄玻璃瓶”和“水母干尸”。最关键的发现是一本旧时代的杂志，用他们的语言（日语）揭露了ドルノ村是一个名为“诺亚之民”的新兴宗教团体，详细描述了其内部的“洗脑教育”和“乱伦祭祀”等情况。追捕他们的村民赶到，将二人抓获，关押在竹笼里。
未明根据之前发现的杂志和“凶手清理指甲”的行为，推断凶手是害怕外界“DNA 鉴定”的外部人士。前来提审的正夢承认了村庄是宗教团体，圣职者的神通力是戏法，而外界是他们无法生存的现代社会。他自称是一世的继任者，要求未明合作，以保护村民为由继续维持这个谎言。キフカ接受了这个说法，但未明却发现正夢在表演戏法时所用的圣环内侧带有彗星状的伤痕，正是属于一世的圣环。
未明与キフカ被迫成为见习圣职者，处于正夢的监视之下。キフカ对“灵药”产生了依赖。未明通过打破自家天窗，确认了它只是普通玻璃，从而推翻了“集体梦境是影像投射”的假说，让她意识到梦境是真正的超自然现象。未明推断出了这个世界的骇人真相，揭露了杀害一世的凶手。
故事描绘了一个被荆棘包围的封闭村庄，和平的日常生活因一个外来者的出现而瓦解。随着情节推进，世界观的真相层层揭开，带来了巨大的冲击和阅读快感，尤其是在中盘揭示村庄之外的景象时，让读者感到不寒而栗。结尾的真相和结局超越了一般同类作品的常见套路，读后余韵十足。