警方判定智鶴的母亲実鳥死于自杀，但智鶴相信母亲被人用密室手法杀害。父亲霧島刑事部长以证据不足为由，要智鶴忘记此事。智鶴愤然离家。
第一章 ダイイングメッセージはいつの時代もＹ
智鶴与好友揚羽一同回家，途经一处空地，发现一具腹部被刺的中年男尸，身下形成血泊，旁边有可疑足迹。死者在不动产公司的招牌字母“Y”下方，用带血的手指留下了一道横线。年轻刑警熱海至认为“Y”字下的血痕是死者留下的死亡讯息，指向与死者同校的柳沢老师（其首字母为 Y）。智鶴推理，现场足迹双脚平行，说明凶手与死者正面相对，未有大幅动作。死者身高约 160 厘米，说明凶手身高应在 150-170 厘米之间，而柳沢老师身高超过 180 厘米，多半不是凶手。
死者是 50 岁的中学社会科教师近松耕市，死亡推定时间为下午 4:30-5:00，死因是锐器刺杀，凶器推测为水果刀。附近的水路中发现了凶手的 25 码运动鞋和风衣。近松下午 3:30 回家，4:00 左右出门，对邻居说“有同事约见”。监控录像显示他于下午 4:20 从汤本站出站，嫌疑人是 3:30-4:00 与他通过话的四名同事，包括学年主任柳沢久太郎、副主任佐竹緑郎、二年二班班主任桑畑奈々子、二年一班班主任柊亨。近松本人是二年三班班主任，最近班级发生了欺凌事件。熱海对佐竹、桑畑、柊进行了询问。
- 佐竹于 3:33 打电话给近松，转告欺凌事件加害者的家长找他。
- 桑畑于 3:45 打电话给近松，确认明日吹奏乐部外出比赛用车事宜。
- 柊于 3:55 打电话给近松，确认下周一能否使用学校的投影仪。
第二章 割に合わない壺のすり替え
高一学生月岡柚季委托智鶴调查家中发生的古董壶调包案。柚季的父母是古董商，目前旅居国外，家中只有柚季、哥哥柑介、家政妇若松。美术品修复师近藤文二定期上门保养藏品，一周前发现月岡家收藏的一件时价二百万日元的名贵瓷壶“白鱼”被人用四万日元的赝品调换。据近藤回忆，在一个月前的保养工作中，“白鱼”壶确为真品。月岡家的藏品库房钥匙仅一把，由哥哥柑介负责保管。过去一个月间，藏品库房的门仅在两周前开启过一次，当时美术馆学员牛島美保前来借用另一件瓷壶。牛島来访前约二十分钟，柑介为给库房换气而提前打开了库房门，期间库房无人看管，家政妇若松有机会进入作案。牛島抵达后独自在库房内鉴赏了约十分钟，柚季与柑介则在库房外等候。之后，牛島、柚季、柑介三人在客厅饮茶，月岡家的庭师佐々波栄太郎前往庭院修剪花木，亦有机会进入库房。牛島取走瓷壶时柚季与柑介全程在场，牛島没有作案可能。
智鶴向柚季提出六个关键问题以缩小排查范围：
- 牛島是否有携带可以藏匿调包瓷壶的容器？答：有，她为借走的壶准备了专业的铝合金箱。
- 库房内的瓷壶是否有独立的锁闭展柜保护？答：无，均为开放式陈列。
- 牛島是否知晓近藤会定期上门保养藏品？答：知道，柑介曾在电话中提及。
- 柚季的父母预计何时回国？答：至少一年之后。
- 此事家中相关人员（若松、佐々波、近藤）是否知情？答：均知情。
- 哥哥柑介是否有作案可能？答：绝无可能，缺乏动机。
庭院方向传来一声惨叫，庭师佐々波倒在血泊之中，头部严重受伤，身旁散落着一个破碎的瓷壶，后证实为赝品“海月”壶，而真品“海月”壶则从陈列架上移到了库房内的桌子上。警方询问相关人员的不在场证明：柑介称正与保险调查员倉賀野在会客室商谈，倉賀野后来前往卫生间，他便去资料室寻找牛島，但未遇见。牛島称在资料室参观藏品，之后也去了卫生间。倉賀野称与柑介谈话后去了卫生间。近藤称当时在客厅与柚季、智鶴谈话，之后一同前往会客室寻找柑介，但柑介不在。家政妇若松称正在主屋客厅内整理晾晒的衣物。鉴识科的白浜在库房外发现了佐々波的背包，背包拉链敞开，里面的物品散落在外。
第三章 限りなく無意味に近い誘拐
汤本音乐学院大学生空知葵整夜未归，次日清晨，葵的父亲空知喜助在自家邮箱中发现了勒索信，索要一千万日元赎金，并指定由喜助的“外甥”负责交付赎金，同时警告不得报警。喜助只有两位外甥，一位是身为警察的熱海，另一位则是正在国外出差的空知拓郎。正午时分，绑匪用变声器打来电话，先让葵与父亲通话以证实其安全，随后要求与“外甥”对话。熱海无奈接听电话，绑匪识破其警察身份后勃然大怒，立即挂断了电话。葵的阿姨百田亜衣恰巧来访，得知了绑架事件。亜衣是学院讲师，回忆葵在前一天晚上 8 点离开学院教学楼。下午 1 点左右，绑匪再次打来电话，宣称葵已死，尸体在音乐学院后山的树林里，并表示这是对报警的惩罚。警方在后山的一间废弃小屋内找到了不省人事的葵，她被灌食了大量安眠药，但因发现及时和无意识呕吐，侥幸保住了性命。小屋附近的树林中发现了一具年轻男子的尸体，死者是葵的同班同学村崎錦一郎，他在私家车内烧炭自杀身亡。车内散落着安眠药瓶、手机、变声器，手机上有向空知家拨打电话的记录，钱包内还藏有多张偷拍的葵的日常照片。指宿警部推断，村崎是因爱生恨的跟踪狂，绑架并试图杀害葵，以为成功后便畏罪自杀。亜衣也证实村崎是学院理事长的儿子，曾疯狂追求葵，遭到拒绝后便持续对葵进行骚扰。葵苏醒后陈述，昨晚 8 点离开学院，在停车场被人从身后迷晕，醒来发现被蒙上眼睛，捆住手脚，躺在一个冰冷的水泥地面上。她听到一个男人用变声器打电话，被迫与父亲通了简短的电话，然后被灌下了一些液体，彻底失去了意识。
第四章 どことなく無謀なハウダニット
智鶴、揚羽、柚季一同参加了一场名为“逃出黑暗房间”的沉浸式密室逃脱游戏。参加者共八人，还包括大学生情侣大宮新次郎、上野真北、女性网络新闻记者高崎衣吹、网络游戏制作人岡部庄作、密室逃生狂热粉丝尾久保。游戏分为多个关卡。智鶴迅速解谜，得出第一关的答案“Ellery Queen”和第二关的答案“铜像”。房间内有一尊亚瑟王造型的铜像，其手中的王者之剑正是开门的钥匙。第三关为个人战，需要根据自己手中的卡片提示，在显示屏上输入一个四字母的英文单词，房间内仅有黑光灯照明。尾久看着自己手中的卡片“鱒二・５”，只思索片刻便冲到门口输入答案，成功打开下一区的门，独自离开。尾久前进的通路方向突然传来巨大的爆炸声和火焰，尾久发出一声惨叫便没了声息。火灾警报响起，游戏被迫中止。消防队赶到，警方在爆炸通路内发现了尾久烧焦的尸体。现场有汽油泼洒的痕迹，通路拐角处的一个感应灯座内发现了一个点火装置，当尾久通过该区域时，感应灯自动亮起，瞬间产生的电火花引燃了预先泼洒的汽油，引发了爆炸和火灾。监控录像表明，在活动正式开始前，只有活动负责人宮原行夫和女性导航员深谷佐和子进入场地检查。作案嫌疑人锁定在七名幸存者和宮原、深谷两人，共九人。智鶴向警方解释，第三关谜题的答案是“JACK”，延续第一关的答案 QUEEN 和第二关的关键道具 KING（王者之剑）。每位参与者的卡片背面是天使骑自行车的图案，正是国际知名扑克牌品牌 Bicycle 的经典标志。
第五章 霧島智鶴のコールドケース
六月初，智鶴在母亲霧島実鳥的墓前祭拜，意外遇到了前县警刑事部长時雨沢信雄，信雄警告智鶴不要插手警方的案件。熱海警部补私自查阅了三年前実鳥自杀案的封存资料。资料显示実鳥是从自家公寓六楼坠亡，现场门窗紧锁，构成密室，時雨沢信雄碰巧出现在附近，参与了初步的现场指挥。実鳥当时正替“汤本南高校欺凌致死案”中的少年犯辩护，遭受到严重的舆论压力，最终不堪重负选择了自杀。実鳥坠楼时，右手紧握着一枝康乃馨干花，是智鶴送给她的母亲节礼物。
次日清晨，警方在汤本灵园内发现了時雨沢信雄的尸体。他身中数刀，右手也握着一枝鲜红的康乃馨，尸体恰好倒在霧島家的墓碑前，死亡时间为前一天晚上 8:00-10:30。负责此案的指宿警部告诉熱海，当年霸凌案的主犯之一正是信雄的儿子時雨沢忠，因为実鳥掌握了对忠不利的证据，所以信雄亲手杀害了実鳥，并将现场伪装成密室自杀。信雄的妻子证实，案发前一天下午，信雄曾接到一个少年打来的电话，通话后神色有异，开始翻阅三年前実鳥案的相关资料，当晚 8 点左右出门。警方将智鶴列为杀害信雄的重要嫌疑人，带回警局询问。智鶴承认当天下午确与時雨沢在墓地发生过争执，但坚决否认杀人。月岡柚季和別府揚羽赶到警察署，柚季向警方证实智鶴当晚一直在他家中为其补习数学，拥有完整的不在场证明。
智鶴怀疑凶手是当年霸凌案的三名未成年加害者風見義輝、九十九孝太、下谷礼一郎其中一人，动机是被時雨沢父子联手嫁祸。智鶴查阅了当年的卷宗，得知被害学生高住悌司的所有校服纽扣上都留有下谷礼一郎的清晰指纹。智鶴指出，如果是暴力撕扯脱掉衣物，不可能在每一颗纽扣上都留下如此完整的指纹，这说明下谷并非脱掉死者的衣物，而是在高住悌司遇害后，出于某种情感，为其重新扣上了纽扣。智鶴猜测下谷与高住原本是亲密的友人，因受到時雨沢忠等人的胁迫，被迫参与了对高住的欺凌，后被信雄威胁替忠顶罪。警方接到紧急报案，下谷礼一郎劫持了時雨沢忠，在市中心的一家大型购物中心内与警方对峙。智鶴前往现场，巧妙地劝导下谷放弃了抵抗，束手就擒。案件结束后，霧島官九郎向智鶴坦陈，三年前時雨沢曾以智鶴的人身安全相威胁，使他不得已放弃了彻查案件。父子二人冰释前嫌。
番外編 答えのない日常の謎
智鶴的阿姨鳴門ひばり是一名轻小说作家，请智鶴和揚羽帮忙构思日常之谜。智鶴当场编造了一个故事：他收到一封没有署名的情书，邀请他放学后在中庭喷泉旁见面，然而写信人却未出现。
本作包括五个独立短篇和一个番外篇，内容分别为：死亡留言、古董调包、绑架撕票、密室逃脱、密室自杀、日常推理。推理部分中规中矩，密室一带而过。