夏末傍晚，珂允独自走在通往乡村的土路上。天空中骤然降下无数乌鸦，眼中满是狂热杀意，向他俯冲而来。珂允逃命时跌入洼地，身上被啄得伤痕累累。意识模糊之际，他深感此劫与往昔的因果难脱干系。次日，珂允在村落西区千本家的和风房间内醒来，救他的是男主人千本頭儀。珂允谎称自己是迷路的旅人，内心却确信这座名为“埜戸”的封闭村庄，正是他在现代地图上遍寻不到的地方。
他凭借弟弟襾鈴（村里称其为“庚”）遗留的地图找寻至此。襾鈴比他小一岁，长相酷似双胞胎，珂允从小便对这位优秀的弟弟怀有强烈的嫉妒与自卑，加之与前妻茅子的情感纠葛，内心备受煎熬。半年前，弟弟失踪后归来，变得郁郁寡欢，3 个月前更惨遭杀害。珂允此行最隐秘的目的，是查清弟弟失踪那半年究竟遭遇了什么。
村子极其封闭，以鏡川为界分为东西两区，统治核心是住在北山神宫的“大鏡神”。大鏡神严禁常人踏入环绕村子的四座圣山，村民无法外出。千本家的女儿蟬子向珂允透露，1 年前大鏡神破例提拔外乡人庚为神宫近衛，但他却在半年前突然离村失踪。
【橘花】11 岁的橘花渴望看看大山外的世界。
半年前的一个雪晨，村里的怪人野長瀬死在破旧屋内。他生前痴迷炼金，妄图求得长生，死时腹部中刀，屋内积灰，屋外雪地却无半点脚印，成了一桩完美的密室命案。村民们认定他触犯禁忌，遭了神罚，又或是畏罪自杀，案子便草草了结。橘花不信，向哥哥櫻花道出疑点：小屋少了实验器具，好友啄也曾说，死者指甲缝里残留血迹，刀柄却干干净净。凶手显然带走了器具，还清洗了死者的手，伪装成自杀。橘花的推论只换来哥哥的一顿斥责。
【櫻花】同日午后，13 岁的櫻花早早撑起家计，包揽了所有农活。母亲偏袒溺爱弟弟，櫻花为了维持“勤劳长子”的形象，只能将满腔怨气压在心底。他默默戴上草帽，孤身走向农田，除草劳作。
珂允在村中四处打探，处处碰壁。东区的人偶师乙骨对他冷眼相待，敌意十足。メルカトル身穿黑燕尾服，拄着钢杖，一语道破他弟弟已死的事实。メルカトル暗示，若想寻得答案，不妨直奔神宫。珂允前往神宫，却被近衛拦下，无功而返。3 天后，他在頭儀陪同下，再次前往神宫，观看祈求丰收的“薪能”祭祀。神宫深处的能舞台上，悬挂着巨大的大鏡神纹章，它由 5 个四色菱形组成，象征四元素循环与彼岸法理。祭祀中途，铺天盖地的乌鸦发了疯般地猛烈袭击人群。现场陷入恐慌，却无人敢逃入神圣的本殿避难。珂允不知为何，靠在树旁一动不动，之后才察觉，乌鸦似乎专门袭击那些惊惶逃窜的人，他因此侥幸躲过一劫。当晚深夜，珂允在客房被一阵凄凉的女人啜泣声惊醒。他循声潜入后院，来到废弃枯井对面的土藏，在二楼阁楼惊骇地发现了一具等身大的女性人偶，做工极其逼真，肌肤由精细织布制成，身着红白梅花纹样的若竹色振袖和服。这般清雅脱俗的配色，与村中那些红黄蓝交织的俗气风格迥异，令珂允在人偶身上生出一丝宛如面对同乡的亲切感。
次日清晨，村里突发命案。狂热的大鏡神信徒、西区首领次子菅平遠臣死在鷺ケ池畔的树林入口。他后脑遭钝器重击，被绳索勒毙。现场未见凶器与绳索，衣物沾染晨露，推测死于夜间。村中流传着一条铁律：杀人者必遭大鏡神天罚，手上会长出丑陋的黑绿色瘀斑。遠臣生前因落选近衛对庚怀恨在心，常以暴力威逼野長瀬放弃炼金术。
珂允前往现场查看，偶遇メルカトル。メルカトル直言不讳，揭穿大鏡神不过是利用廉价电子时钟，精准操控村里的报时钟，借此装神弄鬼，维持其独裁统治。朝萩综合各方情报，推断案发当晚有人目击，遠臣身着神圣直垂出现在本寮附近。他认为，遠臣仪式后断不会穿着直垂招摇过市，当晚现身的遠臣极有可能是凶手套着乙骨制作的替身人偶，意在将众人的视线从第一案发现场本寮，引向鷺ケ池。
几天后的深夜，珂允收到一封署名“乙骨”的信，循迹赶往东区工作室。屋内门扉半掩，借着微光，他发现乙骨倒在血泊中，已然气绝。惊恐的橘花正欲逃离，在木门处与他撞个正着，而朝萩与啄两个孩子早已逃远。次日，西区长老菅平芹槻暗中找上珂允，揭露那封信所用的高级和纸，唯有长官及以上级别（包括大鏡宫）才有资格使用。芹槻断定这是藤ノ宮家设下的陷阱，意在借遠臣之死，吞并南部的涉农利益。芹槻叮嘱珂允暂且隐忍，暗中调查。
珂允只身前往村南的野長瀬废屋，探查半年前的案发现场。屋内天花板、墙壁、地板分别涂成红、青、绿三色，色彩诡异刺眼。珂允联想到外界传统的五行思想，而大鏡教信仰中，火、木、土、水四元素对应绿、白、黑、黄四色，唯独缺失了“金”。厨房内，除了炉灶，还有一座裂痕遍布的废弃土窑，以及一口盛满腐臭死水的大缸。屋外明明有水井，室内却特意安置这些设备。珂允推测，野長瀬正是为了补全教义中缺失的“金”，才执着于人工炼金。他在案发房间的角落仔细观察半年前野長瀬留下的血手印，发现手印的中指与小指间留有一片空白，由此断定死者生前缺失了右手的无名指。
退休人偶师簑緒屋告诉珂允，土藏里那具绘有红白梅花的人偶，是蟬子的亲姐姐松虫为自己的春日婚礼亲手缝制，而乙骨死前刚完成一具受托定制的无脸等身人偶，同样缺失右手无名指。松虫因制作那具红白梅花替身人偶，被村人认为是能窥见“妄界”的“鬼子”，遭到强制服毒处决。这具人偶在珂允逃离千本家时依然完好，后来暴徒洗劫千本家，将其无情损毁。頭儀夫妇哀痛之余，冒死将本该焚毁的人偶藏入土藏。珂允回想起在龍樹家废墟寻获メルカトル时，对方揭露的残酷往事：在这个扭曲的信仰中，打着神明旗号处决“鬼子”是合法的神罚，杀人者手上不会长出代表天罚的黑绿色瘀斑。信仰，不过是统治者清除异己，掠夺土地的合法杀人工具。
【橘花】几天后，朝萩与橘花潜入遠臣生前最后的停留地——翼賛会本寮。调查中，两人发现有人将壁龛里那枚神圣的四色菱形纹章强行翻转，背面朝外。命案持续发酵，失踪一晚的啄也惨遭灭口，勒死后弃尸于鏡川。朝萩推理，乙骨遇害当晚，啄在灌木丛解手，必定偶然目击了凶手。他未曾呼救，说明凶手是东区熟人。前两天明明是晴天，啄回家时衣服下摆却满是泥巴，说明他为寻找证据，独自顺着无路的鏡川北岸涉水，偷窥临河人家的后院，最终被凶手发现灭口。凶手将尸体抛入河中，正是为了洗去泥迹，掩盖案发地点。
村中死伤不断，翼賛会的暴徒认定外来者珂允就是连环杀手，聚众在千本家门外叫骂。珂允冒险溜出大门，搜寻线索，迎面撞上几名暴徒。前一日下山时，他曾抵御乌鸦袭击，右手缠满绷带。暴徒们见到绷带，立刻将其视为掩盖黑绿色瘀斑的铁证。珂允拼死冲出包围，逃回千本家。当晚，在頭儀递上饭团的掩护下，他孤身隐入夜色，逃往野長瀬的废屋躲藏。メルカトル突然造访，留下一句玄机：“离开村子的路，大鏡神其实早就明示过了。”橘花溜进屋打扫，与珂允谈起向往外界的梦想。珂允郑重承诺，定会向他讲述外面的世界。
【橘花】橘花满心欢喜地跑回家，准备帮哥哥干农活。
【櫻花】傍晚，櫻花在门前见到满脸幸福的弟弟，心中对受宠弟弟的嫉妒与恨意达到顶点。为了独占母爱，櫻花谎称母亲外出，诱骗橘花去森林深处的隐秘河边钓鱼。河水湍急，偏僻无人。櫻花冷冷宣告：“我的梦想，就是变成你。”猛地伸出双手，死死掐住橘花的脖子。濒死之际，橘花痛苦挣扎，却露出一抹悲伤而释然的微笑，用尽最后力气问道：“你真的……那么讨厌我吗？”面对绝望的质问，櫻花毫不留情地给出了肯定的答复。櫻花确认了弟弟断气，将冰冷的尸体推入湍急的河流，若无其事地回了家。
次日清晨，珂允走出废屋。他回想起メルカトル的提示，远眺西侧的菅山，满眼苍翠中，一排红透的枫树连成笔直的一字长线。他如遭雷击，这条红叶铺就的逃生路，从半山腰直抵他初入村庄的坠落点。
当天下午，秋雨冰冷。一个浑身湿透的橘花男孩满脸惊恐地冲进废屋，焦急告知珂允，翼賛会的暴徒正在搜捕他，已持镰刀锄头冲向千本家。珂允大惊，冲入暴雨，狂奔回宅邸，却见宅邸已遭洗劫，冬日惨死，頭儀与葛身受重伤，倒在血泊中。男工篤郎为护蟬子战死，濒死的蟬子胸口流血，手里死死抓着亡姐松虫制作的小人偶。她将一把沉重的金属钥匙塞给珂允，哀求他救救姐姐，话音未落便咽了气。珂允强忍悲愤，来到土藏一楼，见幸存的白兔てぃが正对着行李箱下方的地板拼命叫唤。他推开行李箱，用钥匙打开地板上满是灰尘的隐蔽锁孔，掀起沉重的木板，在干枯的深井底找到了尚存一息的松虫。原来頭儀暗中违抗教义，将她藏在井底，每逢月夜打开井盖透气，这正是珂允深夜听见泣声的缘由。珂允承诺带松虫离开，顺着北部的鏡川溯流而上，直奔大鏡神宫。神宫正殿的木门上刻有四色菱形纹章，上方绿色菱形处残留一滴微小血迹，证明了这里是菅平遠臣遇害的第一现场。珂允闯入正殿，无视持統院阻拦，当场指认御帘后的“神明”就是连环杀人案的真凶。他抛出推理，指控大鏡神为维护教义，在半年前的雪晨残杀野長瀬，揭穿了村庄隐藏的终极秘密。
珂允箭步上前，用力扯下遮挡神明的御帘，震惊地僵在原地。端坐在四色御座上的并非大鏡神，而是那个穿着黑色燕尾服，头戴丝质大礼帽，正从容搭话的外乡人——メルカトル！メルカトル微笑着点燃御帘，使神圣宫殿吞没在火海中。他拉着珂允逃离火场，来到鏡川河滩的杂木林中，向他揭开了一切的真相。
珂允悲愤交加，绝望地追问究竟是谁在村外杀死了弟弟襾鈴（庚）。メルカトル起初顺着他的话，解释说庚是丧失求生欲后，引导哥哥杀死了自己。珂允陷入深深的自责，メルカトル的声音却骤然转冷，无情地击碎了他的整个认知世界。
本作大胆地将某古典物理设定与充满争议的双重叙述性诡计相嵌套，挑战本格推理的崩坏底线。前半部分通过细致的民俗恐怖与封闭村落的权力斗争，构建出严密的悬疑迷宫，结尾却用冷酷的全景式揭露，将主角的认知连同读者建立的逻辑基石一并粉碎。安乐椅侦探メルカトル犹如嘲弄凡人的神明，揭示出信仰不过是统治的工具，探寻真相的侦探本身即是原罪。这种将世界观彻底解构的双重崩坏，带来了无与伦比的绝望感与心理冲击，是反逻辑与反叙事完美结合的教科书级经典。
