凌晨 2 点，男主角大学生相馬慎司在单身公寓中惊醒。自童年起，他便反复梦见已故的母亲相馬沙織浑身浴血，双手死死掐住他的脖子，口中凄厉地呼唤着他的名字。尽管朋友推测这是“灵障”，但慎司坚信这是 13 年前那场惨剧留下的深层精神创伤。13 年前，慎司的双亲卷入了被称为“预言馆杀人事件”的惨剧。身为画家的父亲相馬錐夜被人杀害，母亲沙織带着慎司驾车逃亡，却在深山的林道发生车祸，车辆起火。慎司因解离性健忘失去了当晚的记忆，脑海中只残存着母亲在烈火中试图掐死自己的恐怖画面。
如今的相馬慎司已是一名大二学生，专攻心理学专业。大学讲座结束后，一位身着华丽黑色哥特萝莉洋装的女性闯入了慎司的视线。她自称赤城花蓮，是著名本格推理作家赤城蘭堂的养女，她的生父正是 13 年前在预言馆事件中遇害的美术商加賀見浩二。花蓮透露，现归赤城蘭堂所有的“预言馆”近期频发灵异现象，当年的亡灵似乎正在徘徊。既然案发时的幸存者只有慎司一人，唯有通过让他重返现场聆听亡灵的“证言”，才能解开这起因嫌疑人死亡而终结的悬案。就在花蓮转身离去时，她身上飘散出的香水味让慎司忆起母亲生前爱用的独特香气，唤醒了一段尘封的记忆。在预言馆阳光斑驳的庭院里，处于“神灵附体”状态的母亲曾死死盯着一个与慎司玩耍的女孩背影，留下预言：“那个孩子，会成为你的死神。”慎司怀疑眼前的花蓮就是那个被预言为“死神”的女孩。为了寻回记忆并查明真相，他决定接受赤城蘭堂的邀请，重返那座宿命之馆。
周末，慎司抵达了隐藏在深山别墅区西洋建筑，迎接他的是曾经在相馬家工作多年的老佣人佐々木竜也。佐々木介绍，目前在馆内工作的女佣古澤乙香正是他的女儿。玄关大厅摆放着慎司父亲錐夜的遗作大理石像“Detritus”，意为生物残骸。乙香将慎司带往一楼西侧的 104 号客房，详细介绍了宅邸新安装的安保系统。花蓮带慎司参观宅邸，来到通往二楼的楼梯转角平台，花蓮掀开红地毯，展示了下方木地板上至今残留的暗黑色干涸血迹。13 年前，花蓮的生父加賀見浩二死于此处，警方认定他是不慎踩空跌落，头部撞击在青铜摆件“德尔斐神谕的三脚架”上致死。两人来到二楼大厅时，整栋房子发出了一声沉闷的轧响，伴随着一声清晰的关门声，花蓮称这是馆内司空见惯的灵异现象。他们接着参观了隔壁的书房，13 年前，相馬錐夜在此被刺伤腹部身亡，凶器至今下落不明。
晚餐时，馆内聚集了各路与学术研究格格不入的专家访客：自称能看见人体气场的冷艳女社长霧咲渚、据称拥有灵感的写真偶像大槻アンナ、热衷于追逐灵异现象的视频主播八嶋英夢、身着狩衣的现代阴阳师芦屋蒼龍。馆主赤城蘭堂异常衰老，他因严重的糖尿病不仅需要严格控制饮食，餐后还当众吞服了大量胶囊和药片。蘭堂宣布，将利用这四位“专家”的力量举行一场名为“推理剧”的降灵会，通过网络直播，向全世界揭露 13 年前的真相。
夜幕降临，馆内照明熄灭，八嶋英夢的频道“异界噪音”向全网直播名为“第一夜：灵视”的活动。慎司并未随队进入黑暗的展室，而是留在食堂，通过监视器观察众人的探索，同时监控着网络评论。赤城蘭堂揭露，当年曾有一名名为阿久津弘之的嫌疑人因证据不足被释放，仅仅数月后，他就在家中离奇地大量吐血身亡。当慎司作为“被害者遗孤”出现在画面中时，弹幕瞬间被恶意淹没。网友们指责他是为了逃避罪责而装失忆，甚至断言他就是真凶。赤城花蓮带领队伍穿过母亲的“预言之间”和“展示室”，那里陈列着名为“Maggie 的椅子”的诅咒家具。花蓮特别提到了案发当晚失踪的一件宝物——父亲錐夜制作的直径仅五厘米的眼球微雕“未来之眼”。队伍行进至通往二楼的楼梯，虽然现场人员只配备了微弱的手电筒，但留在食堂的慎司却通过监视器清晰地捕捉到，在二楼转角的阴影中，赫然出现了一双穿着灰色西裤和袜子的“男人的腿”以及一根手杖，与 13 年前被害者加賀見浩二死前的装束完全一致。画面转瞬即逝，走在前面的大槻アンナ发出一声凄厉的尖叫，跌倒在地。她声称肩膀被一股巨大的力量推倒，耳边还听到一个男人呵斥“喂！”但现场的录像设备没有录到任何声音。更为离奇的是，当阴阳师芦屋蒼龍提及“加賀見生前腿脚不便”，或者在书房宣称“相馬錐夜的亡灵正指着那个黑色的保险柜”，直播音频中就会爆发出一阵刺耳且规律的电子白噪音。芦屋蒼龍断言这是强烈的灵体干涉，将其解读为相馬錐夜的亡灵正在拼命暗示，保险柜里的东西是解开真相的关键。
众人随后来到二楼，先后视察了錐夜的画室和书房。在书房内，芦屋蒼龍声称看见了相馬錐夜的幽灵，那个灵体正用手指着房间内一个黑色的圆柱形保险柜。花蓮借此揭露，案发当晚原本是俱乐部聚会，保险柜内理应存有会员缴纳的两百万日元现金，但案发后保险柜却空空如也。当时的嫌疑人阿久津弘之被发现持有巨款，但他坚称那是相馬錐夜给他的封口费，因为所谓的预言只是骗局。
众人回到食堂。霧咲渚自称拥有观察“气场”的能力，当众断定大槻アンナ之前的惊恐并非演戏，又通过冷读术分析了八嶋英夢潜意识里的自卑与张扬，展现了压倒性的洞察力。大槻アンナ指认，她从刚抵达宅邸时就看到一名身穿藏青色连衣裙的女性幽灵（相馬沙織生前装束）如影随形地附在慎司的身后。芦屋蒼龍认为馆内存在着加賀見浩二、相馬錐夜两具地缚灵，且錐夜的灵体反复暗示保险柜才是解开真相的关键，其重要性甚至超过了失踪的凶器。就在此时，直播设备突然中断，伴随着一阵极强的电子噪音。直播恢复后，赤城蘭堂向全网展示了一首相馬沙織留下的“死亡预言”诗笺，其中警告“不要召集人，不要买下这栋馆邸，不要收养那个女儿”，预言女儿花蓮将是“死神”，若不揭开真相，蘭堂将招致毁灭。蘭堂还透露在 13 年前两名死者的尸体旁也发现了类似的预言纸片。
直播结束后，芦屋蒼龍叫住了慎司。他似乎看穿了慎司受恶梦折磨，为他进行了一场名为“九字护身法”的简易仪式，赠予他一枚人形纸片“形代”，嘱咐他将其压在枕下，以阻断恶灵的侵扰。赤城花蓮来到慎司房中，两人对今夜的现象进行了理性的复盘。慎司向花蓮坦白了母亲关于“死神”的预言，花蓮听后并未动怒，反而露出了如释重负的微笑。她承诺即便自己真是预言中的死神，此刻的目的也只是为了拯救被死亡阴影笼罩的养父蘭堂，彻底揭开真相。当晚，慎司将形代压在枕下，13 年来首次安宁入睡。
次日中午，慎司在食堂遇到古澤乙香，乙香提到儿时也曾随父母来过预言馆，曾在庭院中的白色秋千上玩耍。慎司意识到乙香也是“死神”候选人。下午，慎司在网络评论区发现一条前国土交通大臣大河原一誠的留言，声称“今日将讲述真相”。晚上，“第二夜：推理”如期举行，蘭堂现场开出了一百万日元的报酬。众人达成协议，由网络投票决定“真相”。花蓮公布了 13 年前案发当晚的详细时间线：
- 20:30：相馬沙織开始预言会，先后为美术商加賀見浩二和政治家大河原一誠进行预言。
- 22:30：加賀見浩二被发现头破血流倒在楼梯转角平台，虽随后送医但最终死亡。
- 23:00：大河原一誠声称有急事必须离开，佐々木驾驶相馬錐夜的汽车送其返回。
- 00:00：相馬沙織突然驾驶加賀見浩二留下的汽车，带着慎司深夜出逃。他们在数公里外的林道发生剧烈车祸，沙織当场身亡，慎司获救。
- 01:00：佐々木送完大河原后返回馆邸，发现加賀見的车不见了，以为是另一名客人阿久津弘之开去医院了，于是锁门睡觉。
- 03:00：警察因车祸案上门调查，佐々木带警察进入书房时，发现相馬錐夜腹部中刀，倒在血泊中身亡。现场未找到凶器。
现场遗留两张沙織亲笔写下的“死之预言”：
- 在加賀見尸体旁发现的纸片：警告“当恶行败露时，不可嫁祸于人，那将导致你的转落（坠落）”。
- 在錐夜书房抽屉里发现的纸片：警告“若被信奉者察觉，将被迫陷入长眠，死神将挥舞镰刀”。
主播八嶋英夢播放了前国土交通大臣大河原一誠发来的视频文件。他是当年的重要嫌疑人，在视频中证实，自己当年因畏惧沙織给出的“满月将人变狼”（暗示亲信背叛）的预言而提前离场，从而洗清了嫌疑。
尽管网络观众投票选出的是八嶋英夢，但在加上在场人员每人一票的权重后，芦屋蒼龍的推理最终胜出，被认定为“真相”。次日清晨，慎司与大槻アンナ一同坐着佐々木竜也驾驶的汽车离开。大槻アンナ无意间提到儿时曾随父母造访此地，在庭院那架白色秋千上与一个小男孩玩耍过。这意味着“死神”候选人除了花蓮、乙香之外又多了一人。仅仅数日后，赤城蘭堂突然暴毙。警方调查显示，蘭堂死于严重的低血糖性休克。案发当晚，他在晚餐后服用了过量的片剂降糖药，又在睡前误服了与其具有禁忌合用的市售头痛药，两者的相互作用极大地增强了降糖效果，导致他在睡梦中意识丧失，最终死亡。警方一度怀疑遗产继承人花蓮，但花蓮认为这是“死之预言”的必然应验。花蓮透露，蘭堂生前收到的沙織预言是：“若不向死神揭示惨剧真相，你必破灭。”蘭堂的死证明了第二夜得出的“沙織是诈欺师，预言是骗术”的结论是错误的。因为给出了“不合心意的答案”，蘭堂遭到了死神的制裁。为了探寻真相，花蓮和慎司决定再次召集所有相关人员重返预言馆，开启“第三夜”的对决。
“第三夜”在没有摄像头的封闭空间内进行。赤城花蓮建议抛弃之前的唯物论视角，假设超能力、亡灵、预言是真实存在的，以此重新审视所有线索。在这个“神秘学实存”的新设定下，之前被视为干扰的证据瞬间发生了质的逆转。大槻アンナ承认，在楼梯上的跌倒和尖叫是出于职业本能的演技，但自己确实在馆内感知到了三个真实的灵体——楼梯上的男人、书房的男人、一直附在慎司身后的女人。诡异的是，在阴阳师芦屋蒼龍举行驱魔仪式后，这些气息确实消失了。八嶋英夢在楼梯上拍到的“腿和手杖”被定性为“念写”或灵体干涉。芦屋蒼龍承认自己看不见灵体，所有情报都是通过事前调查（热读法）得来的，这恰恰证明了灵体的存在，因为每当蒼龍撒谎时，灵体便通过电子噪音进行激烈的否定。既然噪音否定了金库的重要性，那么此前关于“预言调包与金库现金之谜”的推理便彻底垮台。霧咲渚承认自己看不见气场，但她是顶尖的深层心理分析师和催眠治疗师。在花蓮的请求下，霧咲渚决定协助慎司，利用催眠术彻底找回那段被封印的记忆。在母亲香水味的感官诱导下，慎司的意识回到了 13 年前那个火焰之夜。他终于看清了恶梦的真相：在燃烧变形的车厢内，满身是血的母亲并非在掐他的脖子，而是在拼死解开卡住他脖子的安全带。她声嘶力竭喊出的不是诅咒，而是遗言“请相信我的预言！”母亲用尽最后力气将他推出火海，自己却被红莲吞噬。在意识模糊的边缘，慎司记起了母亲强行塞进他怀里的预言纸：“不要让信奉者察觉这是你的预言，否则会陷入长眠。”这证明，书房抽屉里那张关于“信奉者”的纸条，其实是写给慎司本人的、尚未应验的“死亡预言”。
本作前半部分从唯物论逻辑出发，排除一切超自然因素，构建出一套看似完美的解答。后半部分通过范式转移，在接受“超自然存在”的新设定下，对之前的干扰证据重新解读，完成逻辑翻转。推理本身中规中矩，无甚亮点。