某商店发生小孩A失踪事件，警察在一家玩具店的黑猫毛绒玩具内部发现小孩尸体。小孩窒息而死，死后脸上露出诡异的笑容，并从眼角流出血痕。警方在小孩的左右眼视网膜上发现奇怪的类似数字7的图案，是犯人用激光照射留下的。通过查看现场监视录像，可知凶手为男人，并且知道大概的身高体重范围。

接下来插入大量关于密码破译的炫学，包括江户川乱步的六点密码、现代公开密钥原理等等。警视厅科学搜查班的班长的电脑被人侵入，并留下尸体照片。尸体是大学教授B的妻子，副教授C，死在“暗号俱乐部”的房间里。C的脸上也露出诡异笑容，视网膜上也留下刻印。C的手指上留下毒蛇咬伤，但是血液里并没有查到毒。

警方再次收到杀人预告，这次死的是赛马俱乐部的理事长D。D的死因是失血过多，犯人用吸尘器把她全身的血抽干，并一如既往地在视网膜留下记号。现场的镜子打碎。犯人自称为Zarathustra二世（Thus Spoke Zarathustra: A Book for All and None (1883)是Friedrich Nietzsche的一本著名哲学著作）。D的住处装有严密的人体确认保安系统，但是该系统出现七分钟的开放空白。

第四起案件尤为离奇。一群人在金库里，突然灯光熄灭，大家看到白色的爪从空中掠过消失在墙里，然后灯光恢复，身份认证研究所的所长E断头而亡！现场没有找到任何凶器。

主角侦探，大学讲师湯川幸四郎在C的衣服磨损方面看出疑点，通过给C衣服上的三颗纽扣称重，发现有一颗比其余两颗重，进而找到藏于其中的电脑芯片，并借此成功制造出了样子像双筒望远镜，但实为量子计算机的“量子眼镜”。女刑事被绑架下落不明。

湯川幸四郎把大家召集在一起，通过排除法将嫌疑人缩小到三人XYZ。为了找出女刑事的拘禁地点，湯川幸四郎把自己和XYZ锁在金库里并重设密码，打算和犯人一起随着氧气减少同归于尽。在巨大的压力下X招供自己从D的死亡现场偷了量子眼镜，把它交给E打算做一笔生意，但是自己并没有杀人。Y成功破解密码，四人从金库逃生，女刑事得救。

异想天开的诡计。书中插入大量物理学、密码学炫学，从内容来说还算过硬，但最大的问题是诡计属于科幻系，偏偏又没有交代清楚设定，所以毫无公平性可言。死亡留言比起『翼ある闇』里的狂气伪解答有过之而无不及。布局因几个不必要的红鲱鱼而稍显凌乱。