本小说在过去和现在之间穿插叙述，为了讲话方便起见，我用小写字母abc代表过去的人名，大写字母ABC代表现在的人名。
引言发生在昭和十二年十二月，地点为佛教寺庙“宿命城”，始建于唐朝，后来重建。满洲国在宿命城上演一个叫做《魔笛》的舞台剧，宪兵队怀疑剧团混入抗日组织，所以暗中搜查。一夜之间，包括声乐家、京剧演员在内的三十多名演员神秘消失。
宿命城本殿第一层“护法神堂”分为前殿和后殿，后殿由十三间小房组成一个迷宫回路，自第一间小房到第十三间小房顺时针形成一个圈，第一间和第十三间相邻，但彼此之间不连通。第十三间连接“主尊堂”。三名宪兵追赶一男一女，从第一间房间入口一路追到第十三间房间，发现死者中枪倒地，凶手凶器均消失，主尊堂一侧上锁。这是迷宫、监视、城外包围军队的三重密室。
现代，在“检阅图书馆”中，女子a陷入沉思，她本该于五十年前死去。
小说引言结束，进入正文，时间为现代。女子A和丈夫B结婚五年，B在公司跳楼身亡，家中桌上留下十六张扑克牌，红桃Q撕成两半。B的大衣口袋里残留半张黑桃Q。A从B的遗言怀疑B有一个情人“叶子”。
故事切换到过去。推理小说家b于昭和十三年写了一部小说《宿命城杀人事件》，b后来死亡不详。昭和九年，建筑师c在黑龙江玄圃沟的瑶湖附近重建宿命城，毗邻西侧的秦始皇侧陵。宿命城的护法神堂中央有一个二阶天井构造的主尊堂，主尊堂屋顶上有一座四层构造的多层塔，只有一个出入口。女子a和情人d追赶c的阿妈e，却只看到e在密室中被杀，现场地下滚落一个叫做“八大吉祥文”的佛教法器，是堂外壁的装饰金物，长六十厘米，伞盖形状，疑为凶器。e腹部被打烂，流出很多血，右手握着一张红桃Q，地下留有“y”字死亡留言，扑克牌和y疑似模仿Ellery Queen的作品。
A的祖父是著名的古书修复专家，A继承了祖父的衣钵，在东方文化研究所工作，所长C是A祖父的生前好友。A收到“检阅图书馆”打来的电话，说A的祖父留下一部古人d的手记。
伪满洲国欲将“宿命城”设为“建国神庙”。有人在附近的顾乡屯挖出兵马俑和很长的人胫骨，人称“巨人化石骨”。装载巨人化石骨的货车在严密看守之下神奇消失。b写的小说里面记录了南京大屠杀的皇军残暴罪行，b因此违反了新闻法，而被判监禁四月。A怀疑b和d是一个人。
A收到疑似死去丈夫打来的电话，并由此产生出“平行世界”的幻觉。b在过大连税关的时候遇到一名可疑女子，就在可疑女子被盘查的当口，附近发生纵火事件，警察赶去灭火，女子从而逃过调查。b在监禁的时候遇到一名神秘男子f，以后会变为书中的主要侦探。
d和一众人排演舞台剧《魔笛》。b写剧本，g策划，h舞台监督，d自己负责舞台指挥。d在电话室看到g和一女子相会，想过去却开不开门，后来才发现门从另一侧被一个四五十岁的侏儒i趴在地上顶住了。d追踪神秘女子来到一处墓地，女子遇到背镜子的男人停下来，d意识到该女子不知何故刻意躲避镜子。
警察调查B跳楼的事件，请A辨认尸体，A确认尸体为B。B跳楼前公司六楼的复印机坏了，B从八楼直接上了房顶，通往房顶的门自房顶侧上了月牙锁。B衬衫外没穿西服直接穿了外套，西服留在椅子上，西服口袋里有烟。B的外套口袋里有半张黑桃Q的复印件，还有半张电影票。有人从对面玻璃建筑的反光看到B跳楼，但是从目击跳楼时间起，过了三十分钟后尸体才掉到地上，这期间B一直悬在空中！
A收到“自由正论社”的女子D打来的电话，得知丈夫B生前一直在调查南京大屠杀的相关事件。B跳楼当日，D听到不明男子拖着脚走路的声音。A去看了B遗留电影票上面的电影《公寓的钥匙借给我》，得知B生前同样的电影看了两三遍，每次都在结束前的几分钟出来。这个电影本来结尾处有个转折是喜剧，但是如果提前几分钟出来会把开香槟的声音理解为枪声，喜剧解读为悲剧。A看到疑似B的男人，追到家中消失不见。警察打电话来，说B的尸体消失不见！
A去疗养院看母亲，得到解读B遗言的提示，原来扑克牌可以对应数字和假名。B留下七行遗书，每行十三个字，A仍然无法解读遗书。A失去意识，仿佛听见a的声音。
B生前托古董店“三乐堂”寻找一架能放《魔笛》的蓄音机，传说中的“鸟风琴”。古董店老板告诉A，B自己也是受人所托，但不知B的委托人是谁。d的手记中，警察秘密潜伏在剧院，等待表演结束逮捕一对恋人间谍。演出过程中舞台旋转，两年轻恋人在众目睽睽之下自舞台消失！d因为负责舞台指挥而被怀疑协助间谍逃跑，遭到逮捕。d看到鸟风琴，并再次遇到侏儒i。d在大连图书馆追赶外国人j进入一间屋子，该屋子有两个口，另一口通向里屋有g监视。d和g听到里屋传来鸟风琴的异响，二人进里屋发现j中枪死，现场却找不到凶手凶器。里屋除了门以外只有唯一的一扇铁窗，上面的格子小人i可以通过，附近亦留有小人足迹。一个花瓶打翻，水洒在j的身上。
A在屋顶遇到女子E，即当时从反光中看到B飘在空中的女子。B生前企画南京大屠杀的书，发生重大疏忽。B曾给东京的八十岁老人F发信询问昭和十三年的杀人事件，F当年是奉天的警察。A收到无言电话。
建筑师c戴着面具出场。关东军参谋相k认为挖出来的巨人化石骨是天照大神盘古，并歪曲解读人骨上的甲骨文，欲将宿命城当作建国神庙迎接天照大神，但这一说法遭到在场的f的否定。c的佣人阿妈e发现c死在自家的地下宝藏库，死因是被一辆古代战车撞裂内脏。现场门闩自内闩住，门外有士兵监视。宝库高处有一扇天窗，能够勉强伸入头。一根用来开关窗的长竿掉落在一旁，其上一头沾血。大家除下c的面具，却只看到一张普通的人脸。一根三千年前的化石人骨上面刻着“做王事的时候胤被杀”，而c的名字里正有一个“胤”字，应验了三千年前的预言！化石人骨消失。
b写了一部以南京陷落为背景的小说《宿命城杀人事件》，讲一个看不见的巨人杀人的不可能犯罪，连载了一回便被禁。A查出E曾和B相会。所谓的情人“叶子”其实是中国古牌“ヤンズ”。b在新京车站再次遇到大连税关的少女a，b帮助a脱逃，并结识了抗日剧团。满洲电影制片厂改编《魔笛》的故事影射南京。A再次看到疑似B的男人。a和d相爱并发生关系。a装死逃过南京屠杀，和i等人因为羞耻而回避镜子，不敢正视自己的脸。
b被枪杀，右手被暖炉烤焦，左手握半张黑桃Q，天井打开排风扇，现场没有遗留手枪，再次为印证巨人化石甲骨文的模仿杀人。d指出i不可能杀死外国人，因为自己看到外国人坐着轮椅从左往右进入走廊，而i则是自右往左从走廊出来。g提出i从走廊出来之后冒充外国人骑着轮椅进入走廊，开枪杀人后从窗户逃跑。i说“多层塔浮在空中”。i吊死在七米高的鸟居，现场再次为模仿杀人。军队炮击宿命城。
平成元年十月，A胸部中刀，手腕受伤，无头全裸死去，尸体身旁无刀。E第一个发现尸体，当时尸体的脖子还在流血，说明凶手刚刚行凶，但是现场没有凶手身影。凶手没有从E进入的门逃跑，也不可能从四楼阳台逃跑，所以这是密室杀人。整个房间很奇怪地找不到任何指纹。尸体旁塑料袋上面有一张沾血的红桃Q。古董店“三乐堂”发生着火事件。
轰轰烈烈的解谜开始。
文库版超过一千一百页，十余个不可能犯罪谜题，结尾解谜超过两百多页，气势如虹。过去和现在梦幻交织，虽非神作，但无愧奇书。