神红大学推理爱好会会长葉村譲为了考验申请入会的小山明、矢口高志，将自己当天的午休行程出作谜题。当时午休仅剩 50 分钟，他接连碰壁，最后不得不赶回食堂草草应付。小山、矢口熟悉葉村的习惯，推断他本想去平价洋食屋“BLTQ”用餐，最终未能如愿。
葉村接到比留子的紧急电话，赶往卡拉 OK 包厢，成島 IMS 西日本公司社长成島陶次、秘书裏井也在场。集团曾资助过一个名为“班目机关”的组织，专门做违背伦理底线的实验。该机构解体后，流出的资料曾引发病毒恐袭。如今，成島查到有人暗中藏匿了另一项尚未完成的危险研究，决定亲自回收成果。他雇用了比留子随行，葉村则坚持一同前往。
当晚 7 点，四人在国道旁的便利店停车场集合，登上一辆伪装成物流车的厢式货车。车厢内，裏井向众人介绍六名全副武装的随行雇佣兵：前美军队长 Boss、前锋 Owl、医疗兵 Charlie、Ali、拉美裔女子 Maria、司机 Coachman。裏井说明了此行的目的地为马越市郊外的主题乐园“马越 Dream City”。乐园老板斉藤玄助 40 多年前是班目机关的研究员不木玄助。乐园流传都市传说，不木常在在满月前夕召人进入“凶人邸”，这些人随后便人间蒸发。货车停接上了前来告密的越南籍维修工阮文山。阮证实了失踪传闻，他昨天接到指示，要求今晚 11 点闭园后前往凶人邸。成島团队紧急调整计划，决定今晚发起突袭。
【追忆 Ⅰ】深山机构里，受试女孩 Kay 刚做完体能测试。她成绩垫底，负责实验的羽田医生温柔鼓励。不木医生得知羽田将接待班目机关高层视察，心生嫉妒。白天，男孩 Joji 嘲笑优等生 Kota，Kota 愤怒反抗，Joji 出手打断了他的鼻梁，受罚关了禁闭。夜里，Kay 在庭院看到不木正和个孩子暗中密谈。
晚上 10:50，佣兵小队、成島、葉村、比留子等人下车步行，逼近“凶人邸”。阮上前叫门，门刚打开，佣兵队长便顺势突入，制服了开门的不木玄助。不木放弃抵抗，答应带路，交出一把特制的银色钥匙，是操控侧门与一楼机关的唯一凭证。众人走进八角形大厅，中央的落地钟停在 4:30。五条通道呈放射状向外延伸：除入口和正门外，前方的走廊通向私室，沉重的金属升降栅栏封住两侧狭窄的通道。成島逼问实验体的下落，不木指向其中一条封死的通道，坦言“那个孩子”就在地下。Boss 命令 Coachman 用钥匙接通控制面板，升起左侧通往地下的金属栅栏。Coachman 拔下钥匙，从外面将通用口锁死，独自留在室外警戒。佣兵赶往前方走廊，制服两名年迈的仆人，留守看押。大部队下到地下环形迷宫。空气中混杂着腐尸臭气，葉村推测不木身上的麝香就是为了掩盖此味。Owl 发现陈旧血迹，不木称是老鼠互相残杀。众人步入“首塚”石室，上方嵌着磨砂毛玻璃天井，泥土堆上散落着十几个白骨头骨，顶端都有锐器劈砍裂痕。
自由撰稿人剛力京为调查黑工内幕，悄悄潜入宅内，警戒的“Coachman”将她当场抓获。成島下令将她带到一楼大厅待命。大部队押着不木，穿过右侧的旧铁门，继续寻找实验体。Coachman 用特制钥匙打开银色金属通用口，将剛力京推进一楼大厅，顺手锁上身后的大门。突然，一头异形怪物从黑暗中猛冲出来，扑向 Coachman。葉村等人听到头顶传来 Coachman 的惨叫。众人冲上楼梯，隔着栅栏发现大厅满地鲜血和一只断臂。对讲机传来 Coachman 的呼救，伴随一阵别馆的钟声，对讲机再无动静。众人退回首塚，别馆铁门洞开，有人扔进 Coachman 的头颅。一个身高逾 2 米的独臂巨人钻入石室，头上罩着破麻袋，身穿无左袖的灰色运动服，腰挂大柴刀。不木认出他就是实验体。Charlie 拔枪击中巨人腹部，巨人却毫无反应，凭借惊人速度和夜视能力跃出光照范围，将 Charlie 当场斩首。佣兵队伍溃散，不木趁乱逃走。混乱中，裏井将葉村拉进地下走廊。剛力京发现通用门内没有旋钮，钥匙已随 Coachman 遗失。她逃进不木的私室，屋内弥漫麝香气，窗台上摆着红眼黑猫摆件、玻璃烟灰缸、半兽人金饰，她藏进凸窗窗帘后。不木逃回房间，砸毁电话、监控，烧毁文件，伏案疾书。剛力京拉开窗帘，在密闭私室里勒死不木，唯一的“目击者”只有窗台上那只红眼黑猫摆件。
葉村捡起地上遗落的对讲机，在黑暗迷宫中盲目逃窜。对讲机里，Boss 确认 Coachman、Charlie 已死，不木逃跑，一个巨人正追杀 Ali。这巨人刀枪不入，还能在夜间视物。Boss 命令 Maria 死守仆人房。侧门钥匙随 Coachman 遗失，众人悉数困于宅邸。葉村恍然大悟，一楼那道坚固的金属升降栅栏，是为了防止地下怪物逃往地面。葉村绕回“首塚”门前，担心推开铁门会发出刺耳摩擦声，暴露行踪，便放弃进入，转而躲进附近空房的壁炉烟囱。没过多久便传来 Ali 的惨叫。沉重的脚步声响起，巨人走进这间屋子。葉村在烟囱里拼命撑住身体，巨人驻足片刻，转身离去，推开铁门，回了首塚。凌晨 2 点，葉村继续潜伏。
【追忆 Ⅱ】Kota 揭露大家都是强化实验体，拥有怪力与惊人恢复力，断言外界会把他们当成怪物。Joji 安慰 Kay 大家都是家人。傍晚，两人在中庭发现停用的焚烧炉冒出黑烟，炉内放着一颗烧焦的头颅。Kay 当场昏厥。
清晨将近 7 点，Maria 通过对讲机传来消息，惧怕紫外线的巨人已经返回别馆钟楼的寝室。葉村在地下主通道同 Boss 汇合，两人在清洁工具柜里找到了成島。三人一同返回一楼的八角形大厅，同 Maria、Owl、裏井、雑賀、阿波根汇合，比留子、不木、阮不知去向。剛力京从侧门现身。Owl 确认，想开侧门必须拿到 Coachman 身上的特制钥匙，雑賀也证实正门吊桥的卷扬机损坏，通往上层的楼梯也被水泥封死。众人陷入困境。Maria 报告不木死在一楼私室。众人赶到现场，只见装有门闩的厚重金属门大开，外侧留有巨人砸门的新鲜刮痕，室内弥漫着麝香。不木身穿粗布长袍，惨遭斩首。断颈处的血泊中留有极深砍痕，死状宛如遭到巨人袭击。Boss 根据尸体僵硬程度判断，他死于 3 小时以上。Owl 奇怪，外侧的砸痕证明门曾锁闭，不木为何会主动开门？成島下令以此处为据点。葉村、裏井在一楼金属栅栏内侧的高处墙壁上发现留有记录巨人身高的刻痕。地下搜查组带回阮、Ali 的无头尸。
雑賀透露，巨人的精神受月相影响，每逢满月便会狂暴。不木经常利用控制面板降下金属栅栏，断绝员工退路，将其祭献给巨人。葉村提议去别馆寻找比留子。雑賀指出，一楼走廊的墙壁其实是通往别馆的跳板吊桥，如果斩断受损的铁链，放下巨大桥板，就会遮挡正下方“首塚”的磨砂玻璃天井。一旦失去阳光阻挡，巨人白天也能侵入主屋，众人随即否决了这一提议。葉村回私室借文具绘图，撞见成島等三人神色紧张，Boss 还反常地盘问起他的昨晚行踪。葉村和 Maria 测绘地下区域，发现一扇用木板封死的门、一条不自然的死胡同、一扇拉门，拉门后是个带铁窗的小房间，透过铁窗，只能看到 3 米外的混凝土墙。葉村在阳光普照的“首塚”遇到剛力京，借来一部挂着螃蟹橡胶吊坠的袖珍数码相机，拍下周围的布局，前往副区划。葉村折返回来，说雑賀揽下了副区划的测绘工作，把他赶了出来。剛力京透露，男仆雑賀极像 8 年前抢劫杀害歌手名城ユリ的主犯九門俊信。三人惊觉，如果他们想脱困报警，这名在逃的佣人定会百般阻挠。阿波根突然冲进来宣布找到了比留子。
众人穿过不木私室角落的小木门，来到离屋，透过装有铁栅栏的小窗，看到比留子正平安待在对面别馆的房间里。比留子说起昨晚阴差阳错逃入此处的经历。上午 9:45，众人试图通过主区划通往别馆的铁门，利用旁边的送餐口观察巨人动向。Owl 刚用手电筒往里照，门后的巨人便猛地夺走手电筒，疯狂捶打沉重的铁门。葉村在停尸储物间观察遗体，发现死在地下迷宫的 Ali、阮身上沾着墙壁剥落的细白灰。不木的尸体除了颈部切口平整，再无其他致命伤，双脚脚底却布满割伤，还沾着大片干涸的茶色血迹。剛力猜测这是踩碎电话受的伤，葉村却注意到切下的头颅面部发紫，呈现出窒息绞杀的淤血状态。葉村将尸体和血迹一一拍照留存，接着又拍下室内各处物品。葉村指出，巨人单臂无法勒死人，现场血迹极少，说明不木是死于第三者绞杀，死后被人斩首。Owl 反驳，不木患有心脏病，面部淤血可能是逃跑时心力衰竭猝死。葉村在不木私室翻看日记，用铅笔在下一页的白纸上轻轻涂抹，显影出几行字：“他们之中有设施的孩子。竟然还有事故的幸存者。是羽田干的好事？”。他据此推断，不木在文件中看到当年的照片，认出了幸存者，幸存者勒死不木，在壁炉里烧毁了旧照片和日记残页。他向比留子说出自己的推理，比留子却认为找出凶手无助于解决危机，只会引发内讧。阿波根闯了进来，急切地寻找那尊丢失的黑猫摆件。葉村翻看相机确认，就在 30 分钟前，那尊摆件还完好地放在窗台上。
午饭后，剛力京与裏井在一楼厨房做饭团，葉村也来帮忙。葉村确认裏井的皮鞋上清晰地留着一个半月形灰尘鞋印，正是昨晚避开巨人时，葉村不小心踩上去的。葉村指出，不木身材矮小，被人勒颈提起时双脚悬空，他带伤的双脚在挣扎中踩踏凶手鞋面，试图寻找落脚点，这才导致脚底沾满大片血迹。因此，凶手的鞋面必然染了血，事后也定然擦拭过。裏井鞋面上的灰尘鞋印完好无损，足见他未擦拭过鞋子，就此洗清嫌疑。剛力京在旁附和，展示自己的黑色运动鞋，蒙混过关。剛力京暗自庆幸，多亏大家走过满是灰尘的地下通道，这才掩盖了自己鞋面异常干净的破绽。
第二天下午，剛力京发现随身携带的折叠小刀不见了，刀身刻着罗马字“GORIKI”。阿波根转告，比留子正在离屋等她。剛力京依约前往，比留子当场揭穿她是勒死不木的真凶。
剛力京承认勒死不木，但她因嗜睡症发作，一路昏睡至天亮，坚决否认斩首。她推测，真正的斩首者当时躲在隔壁停尸房，听到了案发经过。此人天亮后斩下首级，企图嫁祸巨人，掩盖人类行凶的真相。不料众人突然聚集，斩首者来不及转移，只得将头颅临时藏匿于一楼。大厅里立着一台停摆的老式落地钟，剛力在钟摆下方的空隙中发现大量未干血迹，证实了这一推测。
下午 3 点，众人齐聚私室。为防巨人逃离宅邸，成島主张必须找回钟楼死者身上的特制钥匙。他拿出旧图纸，证实钟楼内建有螺旋楼梯。裏井解释，巨人的听觉、嗅觉虽与常人无异，却十分怕光。Boss 定下声东击西的夜间诱饵计划：若一侧遭遇巨人，便敲击对讲机示警，另一侧趁机穿过“首塚”，潜入钟楼。雑賀用撬棍拆掉副区划的伪装墙，改造成两处三叠大小的安全藏身处。Boss 负责潜伏在主区划烟囱，Owl、Maria 藏身副区划，伺机潜入。葉村来到离屋铁窗前，将计划告知比留子。
下午 5:50，阿波根指控雑賀偷走黑猫摆件。Owl 报告雑賀失踪，剛力京、葉村前往铺满碎灯管的副区划寻找。剛力京发现伪装成墙壁的滑动暗门，进入泥土暗道，发现雑賀身亡。尸体散发怪异甜香，胸口插着刻有剛力京名字的折叠小刀。剛力京嗜睡症发作，向葉村求救后昏迷。下午 6:20，裏井背起昏迷不醒的剛力京。葉村宣布雑賀遇害，Maria 惊恐万分，摔碎对讲机，把自己反锁在雑賀房内，退出行动。葉村主动顶替 Maria 加入潜入小队。裏井、成島、阿波根退回私室，闩紧金属门。夜幕降临，葉村跟随 Owl 前往“首塚”。两人退至地下副区划，各自躲进相邻的隐秘小室。
【追忆 Ⅲ】Kay 在医务室醒来，听羽田解释，焚烧炉里残留的是实验猴的头颅。这些强化猴自愈力极强，即便刺穿心脏也不会死，唯有斩首方能消灭。Kay 透露曾目击不木深夜会见孩子。她偷听所长会议，得知有预言家预测，视察日当天将发生大屠杀。Joji 透露，发现猴头的前一晚，他曾目击优等生 Kota 潜入中庭，怀疑 Kota 就是虐杀动物的人。
晚上 9 点，铁门大开，巨人踩着荧光灯管碎片，一步步逼近转角。Owl 想把巨人引向深处，以便向 Boss 发出信号。他用硬物敲击墙壁，制造声响。不料巨人蛮力惊人，直接击碎厚重的混凝土墙，将他活埋在瓦砾之中。9:30，对讲机传来地下的轰鸣与葉村的求救。成島企图趁乱夺取钥匙，摔碎对讲机，抄起手电筒和中华菜刀冲出，裏井慌忙追赶。Boss 报告成島已闯入“首塚”，剛力京通知比留子撤离。葉村引开正攻击 Owl 的巨人，一路逃进“首塚”。千钧一发之际，他想到推理小说里经典的密室盲区诡计，瞬间熄灯，身体贴在墙上。副区划的铁门向内敞开，刚好挡住他的身形。巨人推门冲入的刹那，成島恰好从主区划跑出，一把推开别馆铁门。开门声惊动了巨人，它立刻转头，追着成島冲进别馆。葉村折返废墟，救出右腿骨折的 Owl。巨人闯入别馆，比留子只得退回安全房间。凌晨 1 点，对讲机电量耗尽，两人在黑暗中死守。清晨 5 点，巨人推门走进副区划，在藏有雑賀尸体的隐秘通道旁停留片刻，随后离去。
早上 7 点，葉村在“首塚”发现雑賀、成島的头颅。密道里弥漫着麝香香水味，雑賀倒在地上，仍保持着昨晚遇害的姿势，只是身首异处，切口平整。无头尸身旁多了一把带血的中华菜刀。这把刀正是成島昨晚从不木私室拿走的。刀柄上绑着不木的日记残页，写着：“他们之中有机构的孩子，也是当年事故的幸存者。”众人齐聚离屋，拼凑昨晚的时间线。裏井在地下追赶成島，两人推搡间，菜刀掉落在主区走廊。裏井没有光源，只得逃回一楼。躲在壁炉里的 Boss 未能出手阻拦。深夜 11 时许，巨人在主区游荡了约一个小时。Boss 宣布放弃夺取资料。上午 8 点，众人来到雑賀遇害的通道展开勘察。尸体胸口插着剛力京遗失的小刀，腹部另有一处刀伤，共中两刀。Boss 在雑賀口袋里发现一瓶摔碎的香水，通道内浓烈的麝香味正是由此而来。剛力京推测，这是雑賀生前从不木那里偷来的。Boss 仔细检查断头下方的血泊，指出地下环境阴冷潮湿，水土不佳，如此厚积的血泊要完全干涸发黑，起码需要 9 个小时。由此推算，斩首时间必定早于昨晚 11 点，而巨人清晨 5 点才进入该区，也不会使用成島掉落的菜刀。众人据此断定，斩首者另有其人，应该是潜伏在暗处的“幸存者”。众人继续查看昨晚 Owl 遇袭的隐秘隔间。巨人击碎的墙壁断面内竟然嵌着人类的无头白骨。众人恍然大悟，雑賀长期将无头尸体砌入两侧墙壁，毁尸灭迹。这条隐秘通道原本十分宽敞，只因两侧墙壁层层加厚，才变得如今这般逼仄。
众人回到不木私室商讨对策。阿波根提议，雑賀房里或许留有受害者的通讯工具。众人说服 Maria 开门，Owl 在地板暗格下发现一个遇害者的遗物箱，里面装有亚历山大石黑猫摆件和大量智能手机。剛力京在箱中看到一张署名“剛力智”的驾照，坦白智是自己失踪的哥哥，她潜入乐园其实是为了寻亲。她从中找出兄长的手机，上面系着天平挂绳。大家将手机充好电，确认信号畅通。比留子隔着栅栏联系上カイドウ。カイドウ计划以防爆为由疏散游客，派遣 NBC 部队救援，嘱咐众人固守一夜。葉村找到裏井询问实验细节。裏井透露，羽田曾给儿童注入特殊因子，提升体能，那些受试者据传已在事故中悉数丧生。不木主攻病毒与动物实验，可能窃取了研究成果来制造巨人。裏井推测，Owl 是借着砸墙声的掩护，在副区划斩首了雑賀。葉村当即反驳，作案用的中华菜刀是成島在 Owl 躲入副区划之后才掉落的，Owl 无从获取凶器。葉村与剛力京重返地下，测试了凶手隔着推拉门上的铁窗，从主区划跨区作案的可能性。铁窗栅栏间隙极窄，手臂无法触及尸体，如果拉起尸体斩首，血液势必会溅到墙面，然而现场血迹仅留在地面。这一切证明，凶手必然进入了隐秘通道。Maria 怀疑 Boss 是幸存者，趁巨人砸墙时同步潜入副区划，掩盖开锁的声音。葉村反驳，巨人砸墙时 Boss 正压低声音在对讲机里争吵，背景音里却毫无砸墙的巨响。
下午 2 点，比留子传来消息，上层意见分歧，救援无限期暂停。阿波根企图放下吊桥，遭人阻拦。Boss 的孙子身患罕见病，为了救治孙子，他企图独吞巨人血液样本和研究资料。他昨晚对成島见死不救，清晨又暗中收集沾血布片。最终，Boss 交出布片，独自离去，雇佣兵小队就此分崩离析。Owl 怀疑，Maria 傍晚杀害雑賀，将尸体留在原地，直到凌晨巨人才带走头颅。葉村指出，傍晚时菜刀仍在不木桌上，深夜取刀无法避开监视，血液干燥的时间也对不上。葉村回到离屋。比留子讨论“分割困难”说，凶手或许多人合谋，特意错开杀人与斩首时间，以此制造不在场证明，但这意味着半数以上的幸存者都参与了谋杀，难以解释动机。她又提出，剛力京自导自演，白天偷走菜刀，争执中刺死雑賀，将其斩首，傍晚假装发现尸体，顺势昏迷，制造不在场证明，巨人直到凌晨才带走头颅。
【追忆 Ⅳ】深夜，Kay 发现 Kota 的室内鞋不见，尾随黑影到二楼，目睹不木逃出第二实验室。Kay 推门进去，铁笼里关满变异猴子，而倒在地板上发生异变的是 Joji。Joji 坦白自己才是体能测试垫底者，因害怕淘汰而参与不木的实验。他承认把猴头扔进焚烧炉，栽赃 Kota。Kay 承诺救他，却被人从后面打晕。
下午 4:30，葉村提议把沉重的家具搬到地下主区划的狭窄楼梯口，筑起路障，大家都来帮忙搬运。阿波根留在私室清理灰尘，告诉剛力京，比留子正在离屋的小铁窗前等她。比留子叮嘱若有人放下正门吊桥，需要剛力京去钟楼拿钥匙，接着揭穿剛力京并非智的亲妹妹。剛力京坦白，自己本名前田圭子，借用智失踪妹妹的户籍潜入游乐园，寻找恩人智。
下午 5:20，众人发现阿波根将他们锁在私室外，地下的退路也被街垒封死。距离日落仅剩三四十分钟，Boss 决定不再等待救援，强行切断正门废弃吊桥的锁链逃生。众人赶往正门机械室，Boss 剪断两根粗大的铁链，Maria 现身加入，五人合力撞开生锈卡死的巨大桥板。吊桥轰然落下，Maria 率先冲出宅邸大门。众人疏散人群。葉村为了联系比留子，跑回货车取回手机，重返凶人邸。他来到一楼室内吊桥前，发现一名同伴正手持利刃逼近。比留子向剛力京揭开“幸存者”的真面目。
女孩 Kay 在起火的废墟中醒来，后脑勺剧痛，显然刚遭重击。实验猴已变异为畸形怪物。她拎起大柴刀，动身寻找同伴 Joji。怪物死死咬住她的左臂，Kay 凭着一身怪力，生生扯断左臂，挥刀斩下怪物首级，顺手扔出窗外，落入中庭。
系列第三部，设定是“无敌嗜血独臂巨人”，构建出一场压迫感十足的生存游戏。书中利用巨人的行动规律，设计出精妙的时间线，几处小伏线中规中矩。诡计不多，但主诡计惊艳，最后的逃亡作战想象力丰富。为了情节需要让某人物天生嗜睡，虽无关痛痒，但令人哑然。
