故事的设定是世界上存在魔女，具有三种特异功能：骑扫帚飞行、变身成黑猫、通过心灵感应操控他人情绪。魔女如果犯罪要遭受“火刑法庭”审判，如果被陪审团判定有罪便会立刻遭受火刑处死。
Merida Carson 与 Harold Venable 交往，但女儿 Ellis Carson 不喜欢 Harold。Ellis 暗中收留了魔女 Acton Bell Color。某日 Harold 乔迁新居，搬家工人 Patrick Wilson 看到 Color 一人站在空屋，通往阳台的门打开，Harold 在阳台下方摔死。清洁工 Gladys Middleton 在小巷里被 Color 撞倒。公寓正门和阳台门都上了锁，只能从里面打开，所以凶手只能是从窗户侵入。因为空屋里发现扫帚，所以 Color 飞入窗户的嫌疑最大。魔女审问官 Opera Gastor 负责此案，律师毒羊辩护。
Harold 家住三楼，毒羊询问 Color 会不会是从屋顶或者四楼用绳子爬下，但屋顶积雪没有遭到破坏，四楼住户也证实没有外人侵入。毒羊质疑 Wilson 锁上阳台门的时候也许有人已经藏在空屋的桌子下面，Wilson 不能排除这种可能性。毒羊叫来证人 Dareka de Balzac，她承认自己闯入 Harold 家空屋行窃，但没有找到机会下手，于是打开阳台门逃走。在空房间的扫帚上找到女仆 Annette Smith 的指纹，如果 Color 骑扫帚飞进屋，则上面不应该有女仆的指纹。Opera 指出 Color 在小巷撞倒 Middleton 后，骑着 Middleton 的扫帚飞走，所以扫帚上的指纹属于 Middleton。毒羊取走布告栏上沾有 Middleton 指纹的玻璃板（伏线：布告栏的玻璃打碎），在背面“采集”了 Annette 的指纹，伪造指纹相符。
当晚四楼的小男孩 Robert Carey 离家出走，把一条绳子绑在窗框上垂至一楼，然后沿着绳子爬下。Andersen Stanislaw 参加二楼年轻人 P. D. Joyce 的聚会，一直在窗边聊天，20:45 看到 Carey 顺着绳子爬下，在那以后直到 21:10 Harold 坠落，绳子再也没有动过，这证明 Color 没有从窗户飞入。Opera 怀疑 Wilson 目击的不是 Color 从空屋出来的样子，而是进去的样子，因为 Wilson 看到的扫帚“尖端”不是扫帚柄，而是扫地的部分。Opera 因此怀疑 Color 从客厅的窗户潜入，然后悬浮在走廊天花板的梁上，趁机进入空屋。酒吧男子 Guy Harding 证实当晚看到 Dareka 独自喝酒，所以她不可能去 Harold 家行窃。Ellis 承认自己躲在空屋桌子下方，等 Wilson 走后打开阳台门的锁，穿过阳台回到了自己的房间，并且 Opera 提出的入侵路径不成立，因为工人们将钢琴挡在了客厅窗户前。陪审团认定 Color 不是女巫。
Dareka 告诉 Ellis 自己是魔女。知名歌手 Chenonceau de Victogo 昵称 Cheno，是这个国家唯一公开宣称是魔女的人。当地报纸认为 Ellis 是魔女，所以才会在法庭上帮助 Color 脱罪。Ellis 被妈妈无端怀疑，离家出走，又被记者追逐，在 Andersen Stanislaw 的帮助下得救，开始学习魔法。Color 的真名叫做 Charlotte Reeds，原本是 Witchford 村 Reeds 家的独生女，因为魔女身份被村民排挤，父母将她藏在地下室，对外谎称她得病去世。家中男仆 Acton Bell 因为庇护 Color 而被视为异教徒，被迫与未婚妻分手，含恨自杀。Ellis、Color、Dareka 来到 Cheno 乘坐的火车上请她加入魔女同盟，但有人在车上安放炸弹，所幸魔女 Badma Stendhal 及时发现示警，众人骑扫帚逃出。
市议员 Cecily Armagnac 是 Dereka 的姑妈，二人在市政厅会面讨论收养事宜，突然有人向办公室丢入烟雾弹，Dareka 失去意识，醒来发现 Cecily 趴在办公桌上，背上刺着一把刀。门把手上缠着一条铁链，上面锁着一把南京锁，窗户也从内侧拉上了挂钩。Dareka 情急之下变身黑猫，从天花板逃跑。晚宴上多人目击一只黑猫冲向钟楼，警长的儿子 Roger Toddhunter 停车时不小心撞到墙，梁上的大钟坠落，砸到地下室的木地板上，将 Dareka 扣在底下。秘书 Lina Drayton 在办公室发现 Cecily 的尸体，过道里散落着清洁用具，架子上的绿色油漆飞溅一地，地上延伸着绿色的猫脚印。Dareka 记得穿过天花板时碰到蜘蛛网，所以即使真凶是魔女，也不可能变成猫从天花板逃离。
火刑法庭开庭审判 Dareka 嫌疑杀人案。Lina 证实从塔到侧廊的门后放了一个盆栽，一直没有移动过，所以犯人没有通过那扇门。毒羊指出如果魔女变成的猫脚上沾了油漆涂料，那么在变回魔女之后，手脚上也会残留涂料，但 Dareka 身上没有涂料，所以众人看到的黑猫是误入礼堂的野猫，在钟掉下来之前从墙上的破洞逃到了室外。毒羊说 Dareka 作案后藏在储物柜里，趁 Lina 发现尸体的时间差跑出，但 Lina 说储物柜应该上了锁，密码只告诉了市议员一人。毒羊说 Dareka 冒充市议员的声音打电话骗取了密码，但 Dareka 在法庭上表演的声音完全不像，毒羊又改口说是真凶打电话骗取了密码。Lina 在开庭前收到一封匿名信，让她作伪证没有把锁的密码告诉别人。
毒羊提出 Cecily 和 Dareka 进入侧廊后立刻从后门进入小巷，再从另一个后门下到了地下，然后在管理人室进行了会谈。会谈结束后 Cecily 原路返回塔楼，在门后放下盆栽，然后前往办公室，在那里被真凶杀害，真凶杀人后藏在储物柜里。按照毒羊的理论，移动的是受害者而不是凶手，因此讨论 Dareka 从办公室到钟楼的路线毫无意义。Opera 提出黑猫在礼堂狂奔时，正好 Roger 带着女朋友 Badma 进入大厅，Badma 也是魔女，趁机变成黑猫和 Dareka 交换身份，从钟楼墙上的洞逃跑（Roger 撞车时 Badma 就坐在车里，所以知道钟楼的墙上有个洞），而 Dareka 则变回人形，跑入管理人室后被大钟困住，这样一切就都能说通。
毒羊提出 Dareka 看到的 Cecily 尸体其实是凶手假扮，插在背上的刀是玩具。凶手的诡计是逼 Dareka 用魔法变成黑猫逃跑，从而将她送入火刑法庭。参加宴会的老绅士 Gaston Blake 当晚遇到 Color，认出她是 Charlotte Reeds，Color 匆忙逃跑，Blake 在后面追赶，却只遇到迎面而来的 Andersen，Color 凭空消失。Opera 根据各人证词判断 Color 为了摆脱 Blake，只能是跳上了紧贴着墙壁的卡车，但那样一来卡车就会挡住后门，市议员也就不可能如毒羊所说从地下移动到塔楼。
当晚 Color 逃跑时遇到变成黑猫却无法变回人形的 Ellis，将她装入背包，然后又遇到 Anderson，被误认为是 Ellis。Merida Carson 说 Harold 原为报社记者，死前获得了“Witchford 魔女”的相关情报。Merida 当庭指认 Color 就是 Charlotte。毒羊指出就算后门被卡车堵住，Cecily 还是有可能用梯子爬上平台回到办公室。Merida 在一架纸飞机的提示下指出 Cecily 如果使用了梯子，必然会踏入未铺设的路面，但她的鞋子上没有沾泥。Color 承认自己是魔女，被当庭烧死，Ellis 冲过去抢救时也被严重烧伤，送入医院救治。
Opera 因为无辜的 Color 被火刑烧死而感到负疚。上司 Henry 局长告诉她魔女本存在于另一个世界，火刑只是将她们送回原本的世界。Opera 决定担任 Ellis 的监护人。
Opera 整理案件真相
真凶在办公室用烟雾弹使 Dareka 和 Cecily 陷入昏睡，将 Cecily 拖到走廊杀害，借用斗篷扮成 Cecily，用锁链将办公室的门锁住。Dareka 苏醒后看到凶手假扮的尸体陷入恐慌，变身黑猫从天花板的空隙中逃脱，并在逃跑过程中与同伴 Badma 成功地交换了身份。Dareka 前往地下的管理人室报警，最终被困在掉下的大钟下面。
ミチル・トリノザカ访问 Opera，其姐姐是一名犯下杀人罪的魔女。ミチル对 Opera 的工作表示敬意，成为她的助手。Crosspatrick 夫人约定和 Cheno 在疗养院二楼的会客室见面。Andersen 提出接管 Badma 的魔女身份，让 Badma 变成猫，潜入疗养院偷走 Crosspatrick 夫人的名贵手包，然后从通风管道逃入隔壁空家的书房，把包从管道的洞中丢给自己，逃之夭夭。Andersen 会故意拿着手包站在窗边让人看到，这样大家都会相信 Andersen 是魔女，Badma 是被诬陷的。
Badma 执行计划，变身黑猫在天花板里看到 Crosspatrick 夫人进入会客室，打开手包时脸色大变。Crosspatrick 夫人在走廊拐角处被一蒙面歹徒袭击，短暂失去意识，醒来发现头部受伤，手包打开掉在一旁，但里面没有丢失任何东西。医生让 Crosspatrick 夫人坐在沙发上休息，Badma 趁机冲出夺走手包，沿着通风管跑到隔壁空家书房丢下手包，Andersen 在下方拾起。Badma 转身从通风管逃跑，却发现出口被堵住。
古董书商在空家书房里发现ミチル的尸体，喉咙流出大量血液，血泊中有一把银色的手枪，Andersen 失去意识倒在一旁。警方在河下游发现蒙面歹徒的服装和棍棒，怀疑黑猫是歹徒的变身。死者ミチル身中两枪，一枪射中肩膀留在体内，另一枪贯穿颈部射入书架，两颗子弹从同一把手枪发射。三天前有人闯入 Crosspatrick 夫人家中偷走一把镀金古董枪，因为被盗的是违法品，所以她没有报警。案发当日，Crosspatrick 夫人发现金色手枪离奇地出现在了手包里，并附带一张纸条，让她于 14:58 去疗养院一楼。她在楼梯拐角处被歹徒打倒却没有报警，是因为害怕非法枪支被曝光。金色手枪随着手包被黑猫丢入空家书房，后来又被嫌犯丢到窗外，正好掉在一辆经过的货运列车上。货车在下一站停靠时，站员发现了车上的金色手枪。经检测两颗子弹均从金色手枪射出，而不是从书房里的银色手枪射出。货车在 15:00 左右经过疗养院，15:30 到达下一站，从时间上吻合。警方推测 Anderson 抢走手包后在书房变回人形，用手包里的金色手枪袭击ミチル，ミチル拔出随身的银色手枪还击，Anderson 在枪战中受伤，晕倒前把金色手枪丢到了窗外。记者 Michael Havoc 在会客室拍下了两张照片，一张照片里窗外的大钟指向 14:59，另一张是黑猫跳跃的瞬间，窗外的大钟指向 15:09。
Opera 访问疗养院前台 Mordna Curtis，他在 14:55 吃完午饭回到岗位，而 Crosspatrick 夫人在 14:59 被袭击，那样看来歹徒无法从疗养院逃脱。如果大钟快了五分钟，那么 Crosspatrick 夫人在 14:54 遇袭，15:04 被黑猫抢走手包，歹徒就有可能在 Curtis 回来之前逃离，勉强来得及丢弃手枪。大钟年久坍塌，无法验证快慢。
Anderson 告诉 Badma 她捡到的包里没有手枪。Badma 逃跑时发现通风管出口被一辆卡车挡住，只好一直躲在里面，直到警察进入书房。老太太 Eve Atwood 下午去疗养院探视，14:30 之后一直坐在空家的楼梯口等车，期间只看到ミチル上楼，没看到别人下楼。Andersen 在法庭上供述自己和某个魔女共谋偷走 Crosspatrick 夫人的手包，但否认开枪杀人。Andersen 指出开枪时间在 15:09 之后，可是货车在 15:05 经过，自己不可能把手枪扔进五分钟之前经过的货车里。Opera 认为大钟快了五分钟，实际的开枪时刻是在 15:04 之后，那样时间上就来得及。Andersen 认为ミチル为了陷害自己而自杀，Opera 反驳说如果ミチル是自杀，房间里没有别人能将手枪扔进货车。
警长证实一个月前 Cheno 乘坐的列车发生爆炸后，站台脚手架发生坍塌事故，当时大钟指向 21:00。车站员工 Bison 曾和站在站台脚手架上的 Ellis 等人交谈，记得月台报时 21:00，如果按 Opera 所说大钟快了五分钟，那么脚手架在 20:55 已经坍塌，明显产生矛盾。Opera 指出众魔女有可能骑在扫帚上悬浮半空，即使没有脚手架也可以和 Bison 交谈。Badma 指出如果 Opera 的推理正确，那么无辜的 Ellis、Color、Dareka、Badma 等人都会因为魔女身份遭受火刑， Opera 一时间陷入巨大的心理压力之中。
毒羊姗姗来迟，出庭辩护。Badma 认为大钟其实是慢了五分钟，而不是快了五分钟，脚手架在 21:05 才发生坍塌。ミチル事先偷走金色手枪，在书房对着书架开了一枪，然后把枪放回手包。ミチル在 15:04 蒙面袭击了 Crosspatrick 夫人，从病房的窗户爬到小巷，用金色手枪击中自己的肩膀，然后把它丢入 15:05-15:10 经过的货车。ミチル在 Atwood 面前走进书房，打晕房间里的 Andersen，让她手握银色手枪开枪，留下硝烟反应，又用银色手枪自杀，两发子弹均射到窗外。
毒羊拿出一封 Cherno 的自白信，她在 Crosspatrick 夫人遇袭后消失了一分钟，假装在找袭击者，但其实从洗手间的窗户向隔壁空房开枪，打死了ミチル。在毒羊的要求下，警察果然在手枪内侧查出了 Cherno 的指纹。Opera 突然意识到毒羊就是 Cherno 装扮，所以弹匣内侧才会留下她的指纹！
Opera 提出歹徒在 14:54 袭击了 Crosspatrick 夫人，前台 Curtis 却没有看到有人离开，结合 Badma 和 Bison 的证词，歹徒只能是从 Ellis 的病房窗户离开。病房里的摆钟每天三点播放提醒吃药的音乐，所以 Ellis 有可能给出歹徒何时离开的证言。Opera 要求把 Ellis 的病床搬到法庭上。毒羊请求 Dereka 把 Opera 的手表往后调一个小时。毒羊离开休息室的时候被门外的炸弹炸伤。Ellis 证实歹徒根本没有进入自己的病房。毒羊带伤出庭，指出真相。
毒羊整理案件真相
Andersen 刺杀了 Cecily，射杀了ミチル。大钟慢了五分钟，Andersen 在 15:04 袭击了 Crosspatrick 夫人，从 Ellis 的病房窗户逃走，从窗外射杀了书房内的ミチル，然后在 15:05 把金色手枪扔进货车。古董书商进入书房时 Atwood 已离开，Andersen 跟在书商后面，从书架后面跑进书房，假装晕倒，利用和尸体共处一室的状况，为自己制造出没有机会丢弃手枪的不在场证明。Andersen 事先 改变了管道的走向，让 Badma 以为包扔进了书房，但其实扔到了书房外面！
Color 被 Harold 识破魔女身份，骑扫帚逃往空中，Harold 伸手去够，结果意外摔下阳台。Ellis 身受重伤一心求死，Andersen 教唆她作伪证说没有人从病房离开，这样就可以证明大钟快了五分钟，做实她的魔女身份，达成被火刑处死的心愿。Color 死前对 Ellis 施加了共感魔法，让她不再有负罪感，所以 Ellis 不会因为害死三个朋友而感到内疚。
凶手结局
结尾 Andersen 指出 Crosspatrick 夫人遇袭后手包挡在 Ellis 的病房门前，自己不可能进入 Ellis 的病房，可是 Ellis 确实看到她进入病房，只能是因为自己变成黑猫，通过门上的开口进入。Andersen 成功证明了自己是魔女，被火刑当庭烧死。
关于魔女的设定系法庭推理，魔女可以骑扫帚飞行，变身黑猫，还可以操控他人情感，如果魔女在法庭上定罪便会被处以火刑。前后三起谋杀案，包括两起不可能犯罪。黑猫变身的设定为犯人移动提供了新的维度。控辩双方为了打赢官司不惜作伪证、收买证人，无所不用其极。作者为了增加逆转次数，有意控制了证据的释放节奏，多重推理设计极为复杂，翻转无数，以至于结尾脱力，没来得及概括中心思想就草草收尾，令人遗憾。五星打给最后的核心不在场证明诡计，双重大招惊艳。
