一位富态的男子在小棺材前双手合十。棺盖紧闭，即使打开，由于经过防腐处理且棺内填满了盐，也无法看到死者的脸。他决心不惜倾家荡产也要让孙女复活。
明智小五郎与安倍天晴乘火车抵达京一条车站，在车站偶遇旧识惜。惜是大师级魔术师，但如今以茶商身份效力織田家。惜向小五郎介绍了与他同行的养女ほまれ。小五郎和天晴前往皇宫觐见天皇，天皇命二人前往堺，调查堺代官所属上级阴阳师土御門正史失踪一案。刑部卿法水連太郎貞雄告知，近几日京中接连发生怪事：商家女儿和公家女儿的尸体在葬礼前后失踪，另有老人的尸体在守夜时失踪。
小五郎与天晴前往笔头侍从針千本的府邸。針千本告知，堺代官佐々成正通过电报报告，上级阴阳师土御門正史于前日下午称“有些在意的事”，离开代官所后至今未归。小五郎收到家老藤田伝衛門从堺发来的电报，称因当地治安不良，已召集远亲剑客藤田平四郎（虎之平）前来协助。藤田平四郎在熊野街道撞见流氓骚扰一对朝圣老少，出手相助，与另一名左撇子年轻人鈴木一朗合力击退流氓。
小五郎与天晴抵达堺，家老藤田伝衛門前来迎接。藤田带来一名十岁左右的男孩甚吾，其父为铁炮锻冶匠平吾。甚吾称今晨在开口神社看到土御門的内弟子弥一郎背着一个箱子进入神社后山。天晴看出甚吾有阴阳师的潜质，赠给他一个线会溶化的剑玉，并传授咒语，鼓励其修行。
次日清晨，小五郎一行前往纳屋众总领角紅屋忠兵衛的店中拜访，忠兵衛证实其末子弥一郎成为土御門内弟子已一年有余。石津川发现一具女尸，年约十四五岁，死于两日前，肺部有旧疾，并非溺死，而是死后被抛尸河中。盲眼的青物商人总管丸検校路过，称闻到“佛陀的味道”。小五郎向藤田伝衛門下令，电询京城，核实失踪尸体中是否有患肺病的商家之女。抵达代官所后，小五郎与佐々成正会面。弥一郎否认今晨去过神社，证实有武士和中年女子在市集上寻找上级阴阳师。京城法水卿回电，称桂川发现疑似公家女儿和守夜老人的尸体，其中少女尸体背部有灸痕，袖中藏有菊寿糖，与石津川女尸特征吻合。
小五郎与天晴在市集遇到丸検校，丸検校认出天晴是上级阴阳师。藤田伝衛門来报，おじぎ山的护城河中发现一具男尸，确认为土御門，右太阳穴有致命伤。甚吾称上午巳时在おじぎ山上曾发现弥一郎背过的箱子，但正午箱子已消失。銭形屋前掌柜喜兵卫证实，三日前申时曾在宿院渡口附近遇到土御門询问大老板悟朗所在。小五郎一行在唐料理店“香炉峰”用餐，店主透露揖斐茶通过角紅屋和丸検校两处渠道供应。
京城阴阳头安倍雷明（天晴之父）亲自前来处理土御門后事。港口调查发现，前日巳时左右，有渔船卸下一酒桶，由三名男子用车运走，酒桶铭牌为“白楽天”，后来有人在おじぎ山附近目击了空酒桶。土御門的内弟子弥一郎前来确认师父死讯，悲痛不已，报告师父的道具箱失踪。车夫藤吉被找到，称前晚受自称“河内屋手代”之人所托，将一沉重酒桶从渔船运至おじぎ山。小五郎推测酒桶内或为尸体，决定夜探おじぎ山，惜在途中加入。一行人行至茶室附近，遭遇埋伏，对方射来油矢和火矢，意图纵火烧山。天晴施展“大斜定石”之术使箭矢偏折，但对方继而使用铁炮，天晴欲施“一発消し”之术使铁炮弹丸无法直线飞行，但术法失效，伝衛門中弹受伤。惜称其家传秘术“揖斐茶穴熊”可使人假死，埋于土中可避火烧，两日后可复活。惜对伝衛門施术，将其埋入数寄屋前临时挖掘的土坑中，并以酒桶木板覆盖，浇水防火。众人沿小路撤退，甚吾与其父平吾前来接应。一行人返回代官所，佐々成正告知，傍晚起堺市流传谣言，说銭形屋将于明日在大山令死去的女儿复活，并已连夜搭建祈祷所。
佐々成正下令调查銭形屋。銭形屋女儿みくに十七年前嫁与根春国富商，生女やまと，此女即为将嫁与根春皇太子之人。皇太子因谣言起疑，欲亲见所谓“死人复活”仪式。小五郎将计就计，让皇太子观看，并派天晴与惜前往大山调查祈祷所。天晴报告大山的祈祷所与市集戏棚无异，纯属骗局。次日清晨，小五郎、天晴、虎之平、惜前往おじぎ山，将伝衛門从土中掘出，惜施术将伝衛門唤醒。小五郎指出惜在堺期间必然已施过此术，因为他身上带有施术所需的药粉。惜坦白，土御門正史找到他，称銭形屋大老板悟朗因孙女やまと意外身故而悲痛欲绝，受骗子阴阳师晋三蛊惑，欲使其复活。土御門计划利用惜的“揖斐茶穴熊”之术，让惜的养女ほまれ假扮やまと复活，以慰藉悟朗，助其接受现实。惜施术将ほまれ置于假死状态，设定于今日正午复苏，与棺中的やまと调换，但惜不知道やまと的遗体去了何处。
大山祈祷所前人山人海，骗子阴阳师晋三主持仪式，皇太子、丸検校等人均在场。正午时分，棺中女尸苏醒，銭形屋悟朗见状，激动地高呼孙女やまと复活。小五郎带人赶往おじぎ山，在茶室废墟附近的墓地掘出一具新的女尸，竟是蒲生邸事件中的なつめ。
本作延续前作的奇幻和风世界观，将阴阳术、异国魔术等超自然元素与经典的尸体失窃、身份替换、死人复活等推理谜面相结合，舞台拓展至更为复杂的商业都市堺。人物塑造方面，除了主角明智小五郎和安倍天晴外，新登场的丸検校、惜等角色也各具特色。结尾部分采用开放性收束，留给读者遐想空间。