男主人公A是学生。一天A的母亲B发现A写的一本《绝望日记》，里面详细记录了A在学校被C、D、E三个孩子欺负的事情。B去学校找到A的班主任F，但F说没有此事。A的父亲G是一个Beatles的狂热粉丝，尤其崇拜John Lennon，没有正经职业。B虽然独自养家十分辛苦，但还是花了二十万请私家侦探调查此事。

E扔东西打人的时候突然摔倒骨折。A捡到一块人头大小的石头，状似人脸，因而奉为神明。A向石头“神”祈祷处死欺负他的CDE。A被C逼着在一家模型店和一家书店偷取现金，又被D逼着在漫画店偷漫画，结果被漫画店的店员捉现行。A趁机逃跑，但把伞落在了漫画店。第二天漫画店的店员投诉，老师F让大家坦白是谁偷了漫画。A不得已交代自己和D偷东西的事实，但D却称自己只是恰好路过，否认逼迫A犯案。因为漫画店方面称小偷只有一个，A不得已背下黑锅。A愤然祈祷“神”处死D。

A的母亲B是第二次婚姻，婚后因为G不工作而感到很不幸福，准备离婚。D被人从背后推倒，险些丧命。B去医院探望D，谴责D欺负A的行径，但是D莫名其妙。

A帮女孩H补习日文。C一日告诉A学校的秘密网站上有关于A的录像。A没有可以上网的电脑或手机，网吧又不让未成年人进入，无奈之下找到副班主任I帮忙。在I家的电脑上A看到自己给H补习日文的偷拍录像。A气愤之下找到H，H说是受C的逼迫所以才偷拍A的录像，C打算在来年的文化节上公映该录像。A于是再次祈祷“神”处死C。A去I家的时候被一众女生看到，因此被坏女生押入女厕所受欺。C从学校楼顶跌落死亡。

H在A家补习的时候偷看了A的日记，并用手机拍了照片。H因此怀疑是A杀死了C，并威胁要报警。A无奈向“神”祈祷将H封口。结果H的尸体在河里出现。警方怀疑B，调查B的不在场证明。班主任F自杀，F家中搜出猥亵女生的照片，H的指甲里也查出F的皮肤残片。

A继续在学校被欺负，这次是男生J。F死后副班主任I升任班主任，对A家访。父亲G不在。A觉得G一直不在乎自己，祈祷“神”杀死G。G酒后驾车死于交通事故，A和母亲B因此从保险金获益。

在小说最后，A被J欺负。

故事基调相当黑暗，叙事十分老练。结尾最后一页揭晓叙述性诡计，有一定的冲击性。确实给出了Death Note的一个合理解释。