出场人物：
- 石岡和己：叙述者，作家。
- 藤浪麗羅 (Layla)：尼斯湖水怪研究会成员，前海上自卫队一佐的孙女。
- 御手洗潔：名侦探。
- 安子：麗羅在尼斯湖水怪研究会的朋友。
- 依田南吉：伊根的渔民，经营船屋民宿。前朝鲜特工。
- 依田嘉：南吉的妻子，与他共同经营民宿。
- マリ：南吉的第一任妻子。因病去世，曾酗酒。
- 遠山：制网业者，朝鲜特工联络员。
- 児玉正雄：南吉的长子，入赘到児玉家。
- 博田吉雄：南吉的次子，入赘到博田家。
- 三好半蔵：南吉的三子，入赘到三好家。
- 手塚：伊根慈眼寺的神主，同时是伊根中学的历史老师。
- 亀山：伊根“海鼠活鱼”餐馆的老板，养殖海参。
- 香田好子：南吉的“妹妹”，朝鲜女特工。
【《龙神》童话书】夜间，一艘乌贼渔船在海上作业时，被一个像抹香鲸的庞然大物袭击摧毁，幸存的渔民看到怪物向陆地移动。第二天早上，怪物在东海村核电站附近登陆，显现为拥有手脚的灰色鲶鱼状巨人。它轻易摧毁汽车，杀死工作人员，让尸体一瞬间变成木乃伊。怪物最终破坏了核反应堆建筑，引发大爆炸。
石岡和己与年轻女子藤浪麗羅讨论童话书《龙神》。麗羅是尼斯湖水怪爱好者，相信《龙神》具有预言性，且最近在京都伊根湾的船屋附近发生了真实的巨大水声事件，海上自卫队声纳探测到大型蛇形物体，她认为是龙神出现的证据。
韩国新锐潜艇“景福宫”号在处女航中神秘失踪，疑似被海怪袭击。麗羅将此事与伊根的“龙神”联系起来，认为它是守护日本海免受核威胁的守护神。麗羅开车强行将石岡带往伊根，在检查站被特警队拦下。麗羅联系了船屋主人依田南吉，偷偷乘坐渔船避开巡逻艇，进入耳鼻地区，抵达南吉的船屋。南吉的妻子嘉为他们准备了丰盛的晚餐。南吉提到龙神曾将一辆汽车搬上房顶，还提到在海湾看到奇怪的光。晚餐后，石岡无意中听到南吉与一个声音沙哑的神秘男子遠山对话。遠山催促南吉“做好该做的事”，涉及“人的情报”，并威胁南吉的家人。次日早晨嘉失踪。石岡得知南吉有三个儿子，分别入赘本地人家児玉、博田、三好。南吉自称来自小樽，但当地神主手塚却说是静冈。手塚解释寺内神社供奉的龙神与徐福在日本寻找长生不老药的传说有关，并提到南吉对药草有兴趣。餐馆老板亀山讲述了自己的船有一次在海上被怪物从船底抓住，无法动弹，引擎冒起白烟，后来他被开船经过的北山啓一救回陆地，但啓一的儿子却在第二天离奇溺水身亡。傍晚，他们再次听到遠山与南吉的三子半蔵交谈，强调完成“使命”的重要性，警告说“就在今晚”。
深夜，石岡目睹南吉在屋外被遠山猛烈殴打。遠山斥责南吉背叛任务，并提及杀害了南吉的妻子嘉。南吉虽受重伤，仍顽强反抗，誓言复仇。遠山准备下杀手时，石岡扔石头制造声响，遠山逃走。石岡搀扶重伤的南吉回家。南吉拒绝进一步帮助，称这是他过去的报应。第二天早上，南吉不顾伤势，仍给他们送来早餐，为自己过去的所作所为给大家带来的麻烦道歉，并隐晦地提到自己的“使命”和对朝鲜的复杂情感。石岡和麗羅讨论昨晚的事件，怀疑遠山杀害了嘉。他们去亀山的餐馆吃午饭，南吉冲进餐馆，向众人大声道歉，说给大家添了麻烦，但自己热爱日本，随后冲向大海。石岡、麗羅、手塚追赶，但南吉仍跳入波涛汹涌的大海。
【插叙】南吉（金明吉）和“妹妹”好子（张淑姬）作为朝鲜特工被派往日本。南吉与酗酒的第一任妻子マリ生下三个儿子，マリ随后病逝。党组织安排南吉带着孩子们和好子迁往伊根，南吉与嘉再婚。南吉被迫参与运送一名被绑架的日本小女孩，深感良心谴责，决心不再为朝鲜工作。他在后山的秘密洞穴与好子摊牌，好子斥责他叛国，试图用刀杀他，搏斗中好子意外被自己的刀刺死。南吉将好子的尸骨藏在洞穴深处，后被石岡和麗羅发现。
石岡、麗羅、手塚目睹一个巨大的黑色怪物从海面升起。怪物被直升机发射的导弹击中头部，剧烈爆炸后沉没。海湾中出现无数快速移动的红黄色光点，迅速向外海移动并消失。鴇田家的三兄弟驾驶渔船在海上作业，返航途中发现同伴的船“第二藏王丸”引擎关闭，漂浮在海上，但船上灯火通明，收音机还在播放歌谣。三人登船调查，闻到一股奇怪的类似芥末的气味，桌上摆放着热气腾腾的晚餐，本应在船上的四名船员却不见踪影。海面突然传来巨大异响，附近升起巨大的水柱，“龙神”从中浮现，水下有巨大的黄色眼睛快速游过。三人慌忙跳回自己的船，全速逃离。三兄弟都感到剧烈头痛和恶心，短暂失去了意识。恢复后，他们惊讶地看到“第二藏王丸”完好无损地驶入伊根湾，船长富田否认有任何异常，坚称一直在船上，没有看到任何怪物。
石岡和己卷入一场发生在偏远渔村伊根的国际间谍活动，接连遇到与“龙神”海怪相关的谜团，最终由御手洗潔解谜。作者试图将超自然现象与现实中的地缘政治、特工活动相融合，宏大诡计属于典型的“島田流”，解答脱力。
