主要出场人物：
- Rosen：前大学法学部教授。
- Lily：与 Rosen 同行的神秘少女。
- Anne：被指控为魔女的美丽少女。
- Landsen Gran Einstein：Einstein 领地的领主。
- Abel：Einstein 领地的司法官。
- Benardus：村庄教堂的神父。
- Koppel：村庄的占卜师。
- Mogg：村长，魔女委员会代表。
- Dane 夫人：魔女委员会副代表。
- Sein：村庄的守墓人，以前开采矿石。
- Elena：Rosen 的学生，作为魔女被处死 。
- Eckhart：Rosen 的前上司，Ernst 大学校长。
【序章】广场上一名女性作为魔女被处以火刑。在火焰中，她注意到一个少女一直注视着自己，其脸上浮现出奇妙扭曲的表情。
Rosen 和 Lily 在旅途中来到了 Einstein 领地的村庄。村里正在进行魔女审判，Rosen 曾是 Ernst 大学法学部的教授，有过参与魔女审判的经验，主动提出协助。他们会见了村长 Mogg 和代理领主 Landsen。被告是一位名叫 Anne 的花季少女，被控杀害 Markam 夫妇和 Galgad，Anne 的母亲半年前也被当作魔女处以火刑。Anne 对着十字架发誓自己不是魔女，Rosen 决定替 Anne 辩护，提醒 Lily 注意言行，避免轻举妄动。Rosen 和司法官 Abel 展开调查，在酒馆向魔女委员会的成员们询问了情况。以 Dane 夫人为首的村民们坚信 Anne 是魔女，因为她时常对着空气发呆，能吸引鸟兽主动接近，看到母亲被处死没有流泪。Markam 夫妇死后，Dane 夫人曾向 Koppel 咨询，占卜结果说是魔法所为，Dane 夫人还曾在 Anne 注视下腿脚无法动弹。
Rosen 一行人前往教会会见神父 Benardus，与一个名叫 Sein 的男子擦肩而过。Sein 头部受伤留下后遗症，行为异常。村里流传守护圣人 Menininumus 具有治愈之力的传说，村民们对病人和残疾人十分宽容。Markam 夫妇的尸体没有烧伤痕迹，Galgad 的胸口有 Y 字形的烧伤痕迹，但死前两天还没有。Benardus 无法断定 Anne 是否是魔女，提议进行神明裁判。村民们普遍在木门内侧用葡萄酒画上圆圈十字的护符抵御魔女，Galgad 没有画，Dane 夫人认为这是导致他被害的原因。
【Anne】Anne 和母亲一起移居到村子，父亲不久病逝，母女俩常受孤立。Anne 和一个只有她能看见的少年 Zusha 关系亲密。Anne 七岁左右开始帮助母亲的药师工作，Zusha 后来消失。
Rosen 与 Landsen 共进晚餐。Landsen 在此地埋头进行矿石研究。Rosen 推测 Galgad 其实用了护符，是第三方消除了护符，杀死他之后为了嫁祸 Anne，又制造了烧伤痕迹，但 Landsen 认为不可能不留痕迹地清除画在木门上的葡萄酒十字。
【Anne】Anne 十四岁起便不断被人提亲，但由于遭受过男人袭击，她全都拒绝了。母亲教给她药物学知识。她面无表情地目睹了母亲作为魔女被处以火刑的场面。
【间章】Rosen 过去在 Ernst 大学任教时，他的学生兼恋人 Elena 被指控为魔女。Elena 的义妹 Lily 拉着 Rosen 参加了魔女审判。Rosen 试图为 Elena 辩护，但最终失败，Elena 被处死。
第二天早上，Rosen 得知村内有十户人家门外被施了半圆形的“灰隐”魔法，他们都曾在预审中声称被 Anne 偷窃过食物。Galgad 的小屋没有“灰隐”的痕迹，屋内陈设整齐，但地上有大片酒渍，墙边放了一个酒瓮，瓮内外布满了与地板上颜色相同的污渍，说明之前倒在地上。Abel 在小屋内感到莫名恐惧。Sein 在 Anne 的母亲受审前不久，曾在墓地见到 Anne 的身影，第二天早上便发现有坟墓被盗，尸体的头发和部分指甲被取走。
【Anne】母亲死后，Anne 被寄养在教会，过着受监视的生活。她在得知 Markam 夫妇的死讯和 Koppel 的预言后曾考虑过逃离村子，但不甘心无辜受冤，最终留下。三天后，村民发现了 Galgad 的尸体，Anne 随即被捕。
Koppel 在广场上焚烧了一座巨大的木制圆十字，用于净化“灰隐”邪气，还吟唱了一首预言诗 。Rosen 一行人拜访了 Koppel 的家，Koppel 怀疑 Menininumus 预言诗中的一句“新月悬挂屋檐”有可能跟半圆形“灰隐”相关。他坚称自己的预言来自 Menininumus 的神谕，再次吟唱预言诗，陷入恍惚。有人在 Landsen 的府邸旁设置了“驱逐人形”的魔法，目标可能是 Anne。Landsen 暗示民众可能因不满审判而暴动。Rosen 在与 Lily 的交谈中，从 Abel 那句“寻求，就寻见”的话中似乎领悟到了什么。
【Benardus】Benardus 天生关节作响，深受其扰。在一次主持守夜的失败经历后，他领悟到神的伟大和人的渺小，从而达到了对神的绝对皈依。
夜晚，教会前的广场上开庭审理食物盗窃案，Rosen 担任检察官，论证“灰隐”之所以呈现半圆形，是因为 Sein 头部受伤导致的“左半侧空间忽略症”，无法感知左半边，从而在堆灰时形成了半圆形。Sein 认罪，被判处一百下鞭刑。Rosen 以此案的昭雪为契机，暗示对 Anne 的其他指控也可能是冤案，警告伪证和诬告将受到惩罚。他提出“也许从一开始就没有魔女”，暗中敦促村民撤回指控。第三天早上，村民们控告 Rosen 是协助魔女的堕落学者，要求 Rosen 和 Lily 在第二天中午前离开村庄。Rosen 恳求再给一天时间，承诺会完美证明 Anne 的清白，Landsen 同意了请求。Lily 探望了 Anne。
Rosen 为之前的失败向 Lily 道歉。他请求 Abel 协助，但 Abel 害怕再次被牵连，拒绝了他。Abel 透露在管理小屋感到恐惧是因为“魔女的诅咒”。Rosen 发现村民家屋檐下都堆了圆形的“灰隐”，意识到村民害怕因伪证受罚，不约而同地求助于 Menininumus 的庇护。Rosen请求魔女委员会的 Mogg 和 Dane 夫人撤销驱逐令，但因言语失当，指责 Dane 夫人嫉妒 Anne，导致谈判破裂。失意的 Rosen 在教堂遇到了 Mogg 的孙子 Teg。Teg 相信 Anne 的清白，还说 Galgad 直到死前一直坚信 Anne 是无辜的。Benardus 神父说 Galgad 可能知道 Anne 无辜的证据。
【Abel】Abel 过去任司法官时，被一名即将被处以火刑的老妇诬指为魔女同伙，被捕入狱五日，后虽在朋友的帮助下获释，却因此丢了工作。她因被魔女用手指指向，患上了“尖端恐怖症”。Landsen 伯爵相信他的清白，派人邀请他到 Einstein 领地担任司法官。
Rosen 深夜造访 Landsen 的地下炼金研究室，作出推理，指控 Landsen。
Landsen 承认 Markam 夫妇的死是意外，但否认杀害 Galgad。他向 Rosen 展示了他的研究成果“火之石”，声称可以用来治愈身体残疾的仆人。Rosen 坚持认为 Galgad 死于毒杀，要求掘墓验尸。夜晚，Rosen 与 Lily 汇合，费力掘开 Galgad 的坟墓，开棺后发现尸体胸口确有 Y 字形烧伤痕迹。Mogg 带领大批村民出现，以盗墓罪将二人逮捕入狱。Landsen 探监时告诉 Rosen，Galgad 死前曾与一名村民共饮葡萄酒，但对方安然无恙，这证明了瓮中的葡萄酒无毒，否定了 Rosen 的毒杀说。Koppel 也来探视，作证在 Galgad 死亡当晚，曾在小屋附近看到了两次魔法杀人的“死神之火”，Rosen 推断那是凶手持灯接近的光和之后在灶台生火的光。Rosen 想起 Galgad 尸体胸前的 Y 字形烧伤下隐藏着致命的刺伤，意识到焚烧伤口是为了掩盖刺杀。Rosen 的前上司 Eckhart Kugelschein 来到村庄，表示愿意帮助 Rosen。
在 Eckhart 的斡旋下，最后的审判开庭。Rosen 在 Menininumus 的遗骸布前，将手按在一块“火之石”上，安然无恙，令村民相信神迹，但其实他只在石头的一侧涂了“火之石”粉末，手却按在没有粉末的另一侧。Anne 在不了解“火之石”机理的情况下，也成功通过了神明裁判，证明了自己并非魔女。Rosen 指出 Menininumus 的预言诗准确地预言了此次骚乱，指控 Abel 为杀害 Galgad 的真凶。
Abel 精神崩溃，高喊“是魔女的诅咒”，癫痫发作身亡。Abel 的死被村民归为 Menininumus 的天罚。Eckhart 先行离开，Anne 感谢 Rosen 和 Lily，决定留在村里担任 Landsen 的助手。Anne 在母亲安息的大树前献花。
两年后，Rosen 和 Lily 回到了 Voransee 城。Rosen 在大学收到一封来自 Einstein 领地 Peter 神父的信，其中提及 Abel 患有“尖端恐怖症”，无法持有刀具，就算蒙住眼睛不看刀尖，也无法在黑暗中准确刺中 Galgad 的胸口，这推翻了 Rosen 关于 Abel 刺杀 Galgad 的推理。Rosen 来到悬崖边，Lily 随之出现。在 Lily 的言语和“智慧果实”糖果的力量下，他意识到真相。
魔女审判题材的法庭推理，案件本身非常简单，伏线不多，法庭戏也没有出现常见的逆转链条。大招是结尾的暗黑剧情逆转，但推理素材在结尾前已消耗殆尽，远不如去年同题材的 📖 南海遊『永劫館超連続殺人事件 魔女はＸと死ぬことにした』(2024) 和 📖 榊林銘『毒入り火刑法廷』(2024)。