在熊本县深山中，有一座名为“暗黑馆”的奇特宅邸。它建于一个“影见湖”的岛上，第一代主人浦登玄遙古怪而富有权势。宅邸因其外墙、屋顶、门窗全被涂成无光泽的暗黑色而得名。
故事的主人公江南孝明驾车前往暗黑馆。他的母亲最近去世，在今年的愚人节那天曾提及他是养子，与哥哥并非亲兄弟，随后又称这只是个玩笑。山道被倒下的树木堵死，他向一家杂货店“波贺商店”的主人问路，改走另一条岔路。半路突发地震，他驾驶的车辆失控，撞上一棵大树报废。他只好步行前往暗黑馆求助，抵达湖边后，他乘坐一艘小船划向湖心岛。登岛后，他被一股神秘的力量吸引，走向一座独立的十角形塔楼，登上塔顶的阳台，看到了主屋“东馆”二楼一扇亮灯的窗户里有人影。第二次地震来袭，他失去平衡，从阳台上坠落。
叙事视角切换至一位被称为“中也”的青年“我”，他与浦登玄児一同待在暗黑馆的“东馆”二楼的一个房间里。中也注意到远处的“十角塔”阳台上有一个白色人影，他刚向玄児提及此事，强烈的地震便发生了，那人从塔上坠落。两人立刻冲出房间，途中遇到了宅邸的佣人小田切鶴子。他们一同冲到塔下，在另一位佣人羽取しのぶ的儿子慎太的指引下，发现了坠落的男子。玄児检查后确认男子尚有呼吸，并非致命伤，于是指示鶴子先回屋里准备房间，并立刻去请宅邸的主治医生野口前来诊治，随后与中也一起将该男子抬回屋中。五个月前，中也在东京因一场交通事故失忆，被玄児收留，因为他长得像诗人中原中也，便开始称呼他为“中也”。坠落男子身上发现任何能证明身份的物品。中也和玄児一同前往“十角塔”调查，在男子坠落的阳台上找到了一块怀表，指针停在地震发生的时刻 6:30，背面刻有“T・E”的字样。野口医生报告，该青年性命无碍，但因休克失忆，无法言语。野口医生透露自己的本名是村野英世。中也注意到会客室墙上挂着一幅署名为“Issei”的油画，玄児介绍是画家藤沼一成的作品，题为《绯红庆典》。玄児向中也详细解释了浦登家的家族构成：他的外祖母桜是浦登家的独生女，入赘的外祖父名叫卓蔵，二人育有三女，分别是长女カンナ、次女美惟、小女望和，其中カンナ和入赘的柳士郎生下了玄児。カンナ去世后，柳士郎与美惟再婚。宅邸曾数次遭遇火灾，其中“北馆”完全烧毁后重建。外祖父卓蔵的外甥首藤利吉目前正外出未归。
【間奏曲 一】一个名叫市朗的十三岁少年，独自一人前往传说中的暗黑馆。他在森林中发现了一辆撞毁的汽车，捡起了一个火柴盒，在车旁不远处发现了一具头部被砸烂的男性尸体。“视点”飞到天上。9 月 24 日凌晨 4:20，“他”在睡梦中苏醒，“视点”滑入“他”的体内，发现自己身处某处人家。
9 月 24 日清晨，中也（“我”）被神秘的笑声惊醒，循声追去，发现了一处隐藏在走廊尽头的旋转暗门。他穿过密道和隐藏的楼梯，来到了一个宽阔的旧舞厅，见到一对美丽的连体双胞胎美鳥和美魚。她们的身体从侧腹到腰部完全连接在一起，拥有八个“手足”，自称“螃蟹”。姐妹俩离开舞厅，中也似乎听到哪里传来男人说话的声音。
中也从中庭观察暗黒館的整体布局，注意到了位于庭院中央的一个祠堂般的神秘小建筑。他进入“东馆”，意外地发现了一处通往上方但最终被天花板堵死的死胡同楼梯。他在二楼的居室里遇到了玄児的表兄弟“自称艺术家”首藤伊佐夫，回到中庭，见到一个身穿黑袍、戴着兜帽的神秘人影从那个祠堂般的建筑里出来。他进入该建筑调查，发现里面有一扇带铁栏杆的门，通往地下的阶梯，并似乎听到了从地下传来的微弱呻吟声。返回途中，他遇到了宅邸的另一位核心成员浦登征順，得知那个祠堂是浦登家的墓地，也被称为“迷惑的牢笼”。佣人羽取しのぶ报告坠塔的青年已经恢复了意识。青年尚未恢复说话能力，但在玄児的引导下，用笔写下了自己的姓氏“江南”。
【间奏曲 二】十三岁少年市朗为了在同伴面前证明自己的勇气，独自一人前往传说中的暗黑探险，途中发现了江南撞毁的汽车和附近一具头部被砸烂的男性尸体。极度惊恐的他逃至湖边，从一座石屋的窗缝偷看到一个驼背的男人正在磨刀。一场地震导致石屋部分坍塌，将该男子压在了下面。市朗再次逃离，躲进了湖边停车场的一辆吉普车的帆布篷下，在恐惧中等待天明。“视点”滑入江南体内，他无法记起自己的名字，脑海中只闪过母亲临终前的痛苦画面。
中也与玄児前往“十角塔”调查，看到了佣人之子慎太的身影。玄児向中也透露，童年时他曾被父亲柳士郎下令囚禁在这座塔的囚禁室中。岛屿西北角连接对岸的浮桥已经断裂，这意味着暗黑馆所在的岛屿已彻底与外界隔绝。湖水的一部分变成了不祥的红褐色，玄児解释说，这与当地一个关于“人鱼之血”的传说相符，宅邸内收藏的一幅藤沼一成的画《预兆》描绘的正是这一景象。在浦登家的传说中，湖水变红是吉兆。玄児提到カンナ和美惟之间还有一个叫麻那的女孩，五岁就和清得了同样的病，还证实中也看到的黑衣怪人是负责守墓的鬼丸老人。玄児还说起第一代馆主夫人ダリア住在“西馆”，今天是她的生日和忌日，也被称作“ダリア之日”。宅邸的船夫兼管理员蛭山驾驶的船只猛烈撞岸，身负致命重伤，导致所有人被困在岛上。野口医生在进行紧急处理后，判断其伤势过重，有些伤口似乎是在撞船之前就有了，已无生还可能。中也遇见了患有早衰症的男孩清，并首次见到了威严但近乎失明的大家长浦登柳士郎。柳士郎无视这起死亡事故，坚持“ダリア之日”的仪式必须照常举行。玄児透露他小时候曾被父亲柳士郎囚禁在塔顶的房间里。中也回房途中遇到了望和，她正在疯狂寻找儿子清。中也在音乐室再次见到了弹琴的双胞胎姐妹美鳥和美魚，她们透露母亲美惟自从生下她们后，就一直处于精神恍惚的状态。中也在隔壁的游戏室看到了一座奇特的机关钟，每到整点就会有木偶出来伴随着音乐跳舞。
9 月 24 日晚，中也被邀请参加在“西館”（又称“ダリア之馆”）举办的晚宴。浦登柳士郎主持了这场气氛诡异的仪式，席间，中也被迫吃下味道奇怪的红酒、面包、浓汤，所有人都叫他“把那个肉吃下去”。中也出去上厕所，回来时走错楼层，来到书房门口。鬼丸透露 18 年前的同一个晚上，第一代主人浦登玄遙在这座书房内被谋杀，而他的女婿卓蔵也在当晚自杀，从此房间便被封锁。
【间奏曲 三】市朗目睹异形男子从倒塌的大架子下挣脱，驾驶摩托艇向小岛开去，猛地撞在石墙上。市朗跑进一间废屋，遇到了一个名叫慎太的男孩，自称母亲叫羽取しのぶ。慎太为他提供了食物和一盏提灯，留下市朗一人独自在小屋过夜。市朗发现书桌抽屉里装满了慎太收集的“宝物”，包括一个装有潮湿照片的旧钱包，还有底层抽屉里的一具人类头骨。江南在暗黑馆内疗伤，目睹野口医生带人用担架将一个重伤号抬进馆内。他在馆内漫无目的地游荡，从镜中看到陌生的面孔，想不起来自己是谁。
中也被浦登玄児叫醒，得知前一天重伤的蛭山丈男在“南馆”房间内被人用他自己的皮带勒死，野口医生证实死亡时间在凌晨 2-4 点。宅邸主人浦登柳士郎为了避免外界干预，命令众人掩盖谋杀案的真相，要求野口医生出具一份意外死亡的虚假诊断书。鬼丸告诉中也，大家早知道 18 年前杀死浦登玄遙的凶手是谁，却没有抓他。玄児和中也询问了相关人员在凌晨 2-4 点的不在场证明：小田切鶴子声称在自己的房间休息，野口医生则说他与首藤伊佐夫一同饮酒至深夜后便醉倒了。第一发现人羽取しのぶ声称为了防止儿子慎太进入，在通往案发卧室的储藏室暗门上贴了一张红色的彩纸作为封条，这张彩纸在前一晚还完好无损，但在案发后发现从中间撕裂了，这说明凶手利用暗门绕过了睡在客厅的しのぶ，直接进入卧室行凶。只有熟悉宅邸结构的内部人员才可能知道这扇暗门的存在，厨师宍戸要作证实，馆内的居住者和老员工基本都知道这扇暗门。
中也与玄児在馆内遇到了正在疯狂寻找儿子清的浦登望和，玄児解释了清患有早老症，望和因此精神失常。中也在舞厅见到了一脸茫然的江南，觉得他的脸似曾相识。中也与浦登征順在沙龙交谈，征順讲述了自己来到浦登家的经历，提及了仿佛被束缚在暗黑馆的宿命感。电视上播放了一个关于濑户内海上的“时岛”的节目，岛上有一座奇妙的西洋宅邸，屋顶漆成铜绿色，是建筑师中村青司的作品。首藤茅子因丈夫首藤利吉逾期未归而情绪崩溃，大喊大叫。馆内对外联络的电话线路也已中断，暗黑馆已陷入完全的孤立状态。之后，双胞胎姐妹美鳥美魚带中也参观了“红色大厅”，目睹了她们精神失常的母亲美惟在一张空桌前“无声演奏”。据说那里原本是旧馆的音乐室，摆放着她钟爱的管风琴。
美鳥、美魚带着中也参观了她们“二合一”的房间。美鳥认为杀害蛭山的凶手是しのぶ，美魚觉得是清。她们向中也展示了她们心爱的宠物猫“チェシャ”，但这只猫其实是一具标本。姐妹俩突然提出了希望能成为中也的新娘，玄児及时出现，化解了中也的尴尬。玄児推测凶手之所以要杀死一个濒死之人，是因为他不了解医生诊断，不知道蛭山的伤势致命。中也则认为蛭山掌握了与 18 年前旧案相关的某个秘密，所以被人灭口。玄児透露 18 年前的凶手是卓蔵，他在杀人后畏罪自杀，而且在凶案现场发生过一次“密室消失”，唯一的目击者正是玄児自己，但他已不记得当时经过。玄児的失忆源于 18 年前冬天烧毁旧“北馆”的一场大火。
【间奏曲 四】9 月 25 日，市朗做噩梦醒来。下午 1 点，慎太给市朗带来面包，证实蛭山死了。市朗问起抽屉里的白骨来历，慎太说是在屋外捡的。慎太将一根带着银锁链的怀表放入抽屉，指针停在 6:30。中午 1:45，江南回到客厅，听到馆内有人说“蛭山死了”，又遇到了疯狂找孩子的望和。江南回想起母亲说“你不是我的孩子”，发现原本放在枕边的怀表不见了。市朗从后门进入岛上的建筑，遇到醉酒后行为怪异的首藤伊佐夫，吓得从后门逃出。晚上 6:45，市朗发现“红色大厅”的一扇窗户有裂纹，用手一推，玻璃碎裂。
中也偶然在图书馆发现一本宮垣杳太郎的推理小说《冥想诗人之家》。玄児闯入，带着中也和野口医生赶到浦登望和的工作室，发现门被一尊常人难以移动的青铜雕像堵住。三人合力移开雕像，进入室内，发现望和已经被人用她自己的丝巾勒死在画室地板上，旁边一只摔坏的时钟，时间定格在 6:35。征順证实见到望和 5:50 进入工作室。与工作室相邻的“红色大厅”有一面窗户玻璃碎裂，只剩一个窗洞，通向回廊的右侧楼梯口有新鲜的泥泞脚印。一场雷击导致全馆停电，在闪电的光亮中，他们看到了一个躲藏在黑暗中的少年人影。玄児和中也在暴风雨中追逐少年，在一处“人骨之沼”将他堵住。中也被泥沼中爬出蜈蚣蜇伤，在极度的疼痛之下当场昏厥。
中也做噩梦惊醒，发现自己躺在“北馆”二楼玄児的卧室里，玄児正从他手臂的静脉中拔出一根注射器。玄児告知中也已昏迷五个小时，左手被蜈蚣咬伤，已由野口医生处理。玄児透露，闯入“红色大厅”的少年名叫市朗，因山体滑坡而被困于此，如今正发着高烧。在中也的追问下，玄児承认刚刚给他注射了自己的血液，声称是初代玄遙与ダリア直系子孙的血。玄児解释，他的出生导致了母亲カンナ的死亡，父亲因此憎恨他，所以才会把他关进“十角塔”。中也提出晚宴上的肉是人鱼肉，但玄児说人鱼肉并不存在。两人前往望和的画室调查。玄児说柳士郎之所以拒绝报警，是因为暴雨冲出了埋有十三具人类骸骨的“人骨之沼”，传说这些人是ダリア所杀。玄児和中也讨论了各人在 5:50-6:35 的不在场证明。中也观看望和绘制的巨幅壁画，画中一个长着翅膀状突起、拥有三根脚趾的怪物正在侵犯一名女性，下方画着数朵美人蕉。玄児指出，花的名字“美人蕉”正与其亡母カンナ同名。
玄児将中也带到画室旁的休息室，启动壁炉内的机关，打开了一条通往“红色大厅”的秘道。玄児指出，凶手没有选择秘道逃脱，而是打碎玻璃窗，说明他不知道秘道的存在。这与第一起蛭山被杀案中，凶手必须知道“南馆”的密道才能作案的结论形成了悖论。二人逐一排查，发现满足条件的只有慎太和野口医生，但野口医生在第二起凶案中有不在场证明，而慎太在智力上不具备犯下如此复杂罪行的能力，推理因此陷入僵局。中也想到了某种遗漏的可能性，但决定暂时保密。玄児取出两把合配的钥匙，决定带中也前往馆内真正的禁地——位于“西馆”（又名“ダリア之馆”）的第二书斋，讲述 18 年前玄遙被杀的密室经过。
“视点”回溯至 18 年前的 9 月 24 日，“ダリア之日”的夜晚。年仅九岁的浦登玄児从长年被幽禁的十角塔中获释。他去探望乳母諸居静，但她却对他使用尊称，告诉他既已参加过宴会，便不能再像从前那样亲昵。玄児回想起与父亲浦登柳士郎、祖父浦登卓蔵、曾祖父浦登玄遙、两位姑姑浦登美惟、浦登望和共同参与的诡异宴会。他在走廊上无意间听见姑姑们的对话，得知自己被父亲憎恨，决心向曾祖父玄遙寻求真相。晚 11:45，“视点”移动到身处西馆第二書斎，一人询问玄遙为什么墙上会有一个空无一物的画框，他在背后悄悄握了一根烧火棍。玄児在老仆人鬼丸的带领下来到第二書斎门口，听见微弱声响，进屋发现玄遙倒在地上，房间深处有一名面目狰狞的陌生人。柳士郎从走廊尽头的黑门走出，而室内的人影在转瞬间消失无踪。柳士郎确认玄遙头部遭到重击致死，身旁掉落他的海泡石烟斗和一根烧火棍。浦登卓蔵在“北馆”自己的寝室里用和服腰带在门上上吊身亡，壁炉里少了一根烧火棍，书中留下一张暗示追随亡妻桜而去的字条，整起事件以“卓蔵杀害玄遙后自杀”结案。浦登家为避免丑闻外扬，勾结了医师村野英世将事件隐瞒。两个月后，北馆发生大火，年幼的玄児没来得及逃生，据父亲说死过一回，后又复活，左手腕上留下了与曾祖母ダリア相同的“圣痕”。
讲完过去，玄児带中也进入“ダリア的房间”，阐述了浦登家的历史与信仰体系。他们据信是受迫害的切支丹后裔，因背弃信仰而转向“爱黑暗胜于爱光”的哲学。创始人浦登玄遙在欧洲遇见自称“魔女”的ダリア，依靠饮其血而获得了不死性。此不死性分为三阶段：第一阶段为“不死”，第二阶段为“再生复活”（玄児在火灾中所达成），第三阶段则是无人能及的“不老”。这个血脉的代价是后代中有机率患上如清一般的早衰症。ダリア年老色衰，玄遙与亲生女儿乱伦桜产下女儿カンナ。这项背叛使ダリア陷入疯狂，为了恢复青春，达成“不老”，她掳掠并折磨村民，吞食其血肉。实验失败后，她指示家人杀死自己，将自己的血肉腌渍保存，每逢其生日分发食用，以传承她的不死力量。医院记录表明，玄児的血型是 A 型，而柳士郎和カンナ都是 B 型，唯独卓蔵也是 A 型，这意味着玄児是外公卓蔵与カンナ生下的“罪恶之子”。柳士郎知道玄児并非自己亲生，所以从小将她囚禁在“十角塔”。玄児进一步指出，望和遗留的壁画描绘了一个白发恶魔侵犯カンナ的场景，这说明他真正的父亲其实是曾祖父（同时也是祖父）浦登玄遙！
【间奏曲 五】9 月 26 日凌晨 4 点，江南从梦中醒来，玄児告诉他望和的死讯。江南找不到钱包，回想起独自登塔的经过。美鳥和美魚问他是不是杀人狂。柳士郎问江南怀表在哪里，得知遗失后显得十分失望，离去时念叨着“利吉”的名字。市朗在“北馆”西侧醒来，被玄児问了许多问题。市朗回想起在“红色大厅”借着闪电的光芒，瞬间瞥见了犯人的脸，觉得似曾相识。
玄児带中也来到“ダリア的房间”下方的隐藏房间，那里挂着一幅由画家藤沼一成所绘的巨幅油画，画中描绘了一只困在蜘蛛网中的的怀表，时间停在 6:30，与江南遗失的怀表一致。玄児解释，宅邸中那些看似诡异的空画框，其实是无法映照出影像的镜子，而眼前的画框则隐藏了通往第二书房的机关，也就是一道旋转暗门。这解开了 18 年前凶手如何从密室消失的谜团。中也要求玄児出示“不死”存在的决定性证据。玄児揭露 18 年前被杀害的玄遙，在死后一天竟奇迹般地“复活”，但却成了失去心智的废人，被关入了家族墓地“迷失之笼”。仆人鬼丸老违背命令，18 年来持续秘密地喂养他。玄遙至今已 110 岁，如怪物般在地下墓穴中存活。
次日正午，中也在舞厅遇到美鳥和美魚。美魚说宅子里经常能听到“幽灵的声音”，其实是穿过天花板的传声筒。中也询问是否能通过外科手术分离身体，两人歇斯底里地拒绝，哭喊“宁死也不愿被分开”。中也推测凶手就是这对双胞胎，因为第二起命案的秘道狭窄，只有单人能通过，而连体双胞胎必须打破窗户逃走。中也与伊佐夫等人在玄关大厅汇合，突然再次发生地震，悬挂在天花板上的巨大吊灯坠落，砸向正走在楼梯平台上的双胞胎。两人虽然避开了直接撞击，却双双滚下楼梯，身体竟然完全分离。
野口医生证实双胞胎姐妹早已接受了分离手术，但在精神上拒绝分离，只有在没有第三者的时候才会分开。玄児指出，既然她们独处时可以分开行动，那么她们在作案时就没有必要破窗而逃，从而否定了犯人说。玄児提到市朗在闪电光芒中目击了犯人的脸，并觉得面熟，但与馆内居民对质却无人匹配。在市朗藏身之处发现了可能是被慎太偷走的江南的怀表和钱包，以及市朗自己黑色汽车旁捡到的火柴盒。中也想到了一个新的犯人可能：18 年前本应被杀害的初代馆主浦登玄遙。他和玄児一同前往中庭的“迷惑之笼”，确认南京锁没有撬动的痕迹。台阶前面发现了三趾脚印，与画中的怪物吻合。佣人鬼丸断言玄遙从未外出，且钥匙只有他一人持有。
市朗确认中也和慎太都不是他见到的犯人。野口医师赶到，宣布电话已恢复，已为美魚向熊本的医院请求了救护车。众人就是否报警展开了争论，但决定先与柳士郎商议。野口暗中调查了茅子的手记，发现其丈夫利吉去了一个名为“永风会”的地方。中也检查江南的钱包，发现了一张藏起来的黑白旧照片，上面是一个年幼江南和一位推测是其母亲的女性，背面有“……月 7 日……岁生日”的字样。玄児打电话查出“永风会”是大牟田的一家医院。市朗提到在森林中坠毁的汽车附近，看到了一具被自己裤子皮带勒死的中年男性尸体。中也推测死者是首藤利吉，在三天前便已遇害。中也揭示 18 年前的密室真相。
过去密室真相
18 年前，9 岁的玄児目击的侵入者，其实是隐藏门上的“ダリア之镜”里映出的他自己的身影。玄児说见到一张陌生的面孔，是因为他从小被囚禁在塔顶，没有见过镜子，不认识自己的相貌（伏线：暗黑馆没有玻璃窗，从窗户看不到影见湖的湖面）。玄遙临死前动了一下挡住翻转门的胳膊，门自动关上，镜子消失在墙壁的另一侧，看上去像是凶手消失。凶手是柳士郎，动机是报复玄遙强暴カンナ生下玄児。
叙述性诡计（一）
读者以为故事是跟随大学生中也（“我”）的视角，在“现在”的 1991 年进行的，但实际上中也经历的所有时间线（包括首藤利吉、蛭山丈男、浦登望和之死，以及少年市朗的经历）都发生在 33 年前的 1958 年。江南孝明在坠塔昏迷期间，意识与 1958 年的中也发生了同步，体验了 33 年前的旧案。伏线如下：
- 9 月 23 日，江南孝明看到“秋高气爽”，中也看到“阴云密布”。
- 江南孝明看到湖水变红，是地震迸出的大量红土造成（不是“人鱼之血”），中也却看到湖水深绿，第二天才发现部分湖面变成棕红色。
- 江南孝明看到湖边告示牌上的文字为暗红色，市朗看到的却是鲜红色。
- 市朗看到的五人座黑色轿车后座上有一条毛毯，江南孝明开的五人座黑色轿车后座上只有喝过矿泉水的塑料袋。
- 江南孝明下午 5 点看到湖畔建筑已部分崩塌，市朗下午 6 点看到建筑还没有崩塌（第二天地震才造成崩塌）。
- 蛭山在下午 4 点前用带引擎的船送中也等人上岛，最迟在 5 点左右应该已从岛上返回湖边。江南孝明 5:30 到达湖边，却只看到一条手划船。
- 两个“焦茶色的钱包”的形态和里面装的小额纸币都不一样。
- 江南孝明钱包里的照片是褪了色的彩色照片，背景是秋天的红叶，背面用铅笔写着“摄于 1975 年 11 月 7 日孝明 11 岁生日时”。市朗捡到的钱包里的照片是黑白照片，背景是冬天的枯树林，背面用钢笔写着“……月 7 日……岁生日”。
- 中也的记忆中，大学开学一周后的 4 月 22 日是星期二，这与 1958 年的日历相符，而 1991 年的这一天是星期一。
- 故事主体事件发生的 9 月 23 日和 26 日，在叙事中分别是星期二和星期五，这符合 1958 年的情况，而 1991 年的这两天分别是星期一和星期四。
- 书中提到 18 年前的案发日 9 月 24 日是星期二。如果从 1991 年倒推，1973 年 9 月 24 日是星期一，而从 1958 年倒推，1940 年 9 月 24 日正好是星期二。
- 电视报道苏联的“和平共存路线”和“中苏对立”等话题，都是 1950 年代末的国际热点，与 1991 年苏联即将解体的时代背景不符。
- 馆中人谈论“当代”推理作家时，提到了江戸川乱歩和横溝正史。这两位作家在 1991 年均已去世，但在 1958 年时仍然在世且声名显赫。
- 中也回忆“去年”发生了一场波及日本半数人口的流感大流行，指的是 1957-1958 年的“亚洲流感”，而非 1990年。
- 征順提到最近发生在大分县海域的货船沉没事故，与 1958 年 9 月 23 日发生的“津久见丸”沉没事件吻合。
- 电视新闻报道 9 月 24 日是当年富士山的初雪日，该日期与 1958 年的记录一致 。
- 书中人物将地震与 6 月份一次伤亡惨重的火山喷发联系起来。1991 年的大喷发是云仙普贤岳，而故事的描述更符合 1958 年 6 月造成重大灾难的阿苏山大喷发。
- 中也在高三暑假去过位于山形市七日町的旧济生馆本馆，该建筑已于 1969 年迁移至霞城公园，因此这段记忆只可能发生在 1969 年之前。
叙述性诡计（二）
1958 年从塔上坠落的“江南”是諸居静的儿子“江南忠教”，而不是“江南孝明”。伏线如下：
- 忠教抽的香烟牌子为“Peace”（无滤嘴）和“Hope”（有滤嘴），都是 1950 年代末流行的国产烟，孝明抽的是“Mild Seven”。
- 忠教抽烟用火柴（伏线：火柴盒），孝明抽烟用打火机。
- 忠教的妈妈諸居静临终前告诉他并非亲生，是真话。孝明的妈妈在愚人节告诉他并非亲生，是开玩笑。
- 忠教跑出病房时，综合问讯处前的长椅上坐着“穿蓝色衣服的男人”。孝明跑出医院时，长椅上坐着“穿黄色衣服的小女孩”。
- 怀表背面的字母 T.E. 是“江南忠教”（えなみただのり）的首字母，而不是“江南孝明”（かわみなみたかあき）的首字母 T.K.。
杀人动机
諸居静 1940 年离开暗黑馆之后改嫁，和儿子忠教一起改姓江南。忠教在医院杀死母亲諸居静，在车祸现场杀死首藤利吉，在暗黑馆杀死蛭山丈男、浦登望和，是因为相信他们吃过“ダリア的肉”而无法自行死亡，只有杀死他们，才能避免他们陷入永恒的痛苦。
身份真相（一）
浦登玄児的真实身份是柳士郎与女佣諸居静的儿子忠教（后改姓江南），血型是 A 型，脚上没有合趾症。从塔上坠落的江南忠教的真实身份是浦登玄遙强暴カンナ生下的浦登玄児，血型是 AB 型，继承了玄遙的合趾症（父子限性遗传病）。1940 年北馆发生火灾，玄児和忠教在火灾中受伤，完全丧失了记忆，柳士郎将二人调包，目的是驱逐真正的“浦登玄児”，让自己的儿子取而代之，完成复仇。他说服美惟、望和配合隐瞒。柳士郎将真正的“江南忠教”当作“浦登玄児”抚养，諸居静则带着真正的“浦登玄児”离开，同时带走了ダリア的遗物怀表（伏线：黑白照片是諸居静和真正的“浦登玄児”的母子合影，背后文字是“12 月 7 日”玄児的生日）。
结尾忠教（真正的玄児）杀死美魚之后继续追杀美鳥，想帮二人“解除痛苦”，美鳥逃生。柳士郎告诉玄児全部真相之后，在书房纵火自焚，玄児、忠教均与他一同葬身火海。一颗爆裂的火星射入市朗的左眼，致其左眼失明（伏线：“波贺商店”的店主脸上有陈年旧伤）。
身份真相（二）
浦登征順原名中村征順，入赘浦登家之后改姓（伏线：《冥想诗人之家》赠予中村）。征順鼓励中也学习建筑，重建暗黑馆。中也的真实身份为中村青司，后来与花房和枝结婚，修补重建了暗黑馆，又陆续设计了十角馆、黑猫馆、水车馆、迷宫馆、时计馆。征順后来将“ダリア的怀表”卖给了江南孝明外公遠藤敬輔开的古董店，孝明发现怀表首字母与自己相同，便留下自己使用。孝明为了追寻怀表来历，来到暗黑馆探访，穿越到 33 年前的中村青司（中也）身上，经历了 1958 年的事件。孝明登塔前在“东馆”看到的人影是征順。
“馆系列”集大成之作，主打两个叙述性诡计，鸿篇巨制，伏线众多，外加一起凑数的密室。多视点叙述将同一件事反复叙述，在一定程度上影响了阅读体验，但结尾反转还是十分过瘾。本作是“馆系列”的起点，放到最后读会有额外感触。抛开推理，“吸血鬼家族”的故事充满哥特式的阴冷氛围，扣人心弦。
