元旦，佐藤枢与未婚妻高橋栞織到赤城神社参拜。两人都曾艰难地独立生活，如今枢即将就职，他们也准备结婚。栞織祈求一家人幸福，枢希望栞織和将来的孩子能在和平的世界幸福生活。两人谈起日本人接纳不同宗教，敬畏八百万神。枢抽到凶签，栞織买来健康护身符安慰他。离开神社后，一辆失控汽车冲向人行道。枢将栞織推离车道，她又伸手拉他逃跑，但枢仍遭撞击，头部重重撞上围墙。他在意识消失前求神救命。
事故 1 周多后，栞織终于取得枢亲属的委任状，获准听取病情说明。汽车司机突发疾病，酿成多人死伤。枢经抢救活了下来，却一直昏迷。主治医生三枝摩耶说，枢发生了弥漫性轴索损伤，大范围神经连接遭到破坏，即使醒来，也极难恢复原来的生活。三枝建议，既然还未登记结婚，栞織不妨放弃枢。栞織追问还能做什么，得到的答案只有向神祈求奇迹。
在美国的一所教堂，杀手 Garrett Stone 听着牧师宣讲神的庇佑，却只想起神从未阻止的惨剧。他的父母死于抢劫。他服役时发现空袭目标医院里有婴儿，向指挥官报告，也未能阻止轰炸。他愤而殴打长官，遭到退伍处分，最终成为杀手。礼拜结束，他利用人群中的混乱，暗中向参议员 Robert Miller 注入毒物，再悄然离开。
枢住院 3 周，栞織只能在周末探望。上司禁止远程工作，频繁加班让她错过探病时间，医疗费用又压缩着她的积蓄。她自幼遭父亲高橋亮次虐待，随母亲逃离后才得到安宁。母亲去世，她工作后，父亲又威胁要到她公司闹事，持续勒索。她曾交出 50 万日元，换取不再往来的承诺，父亲却很快反悔。大学社团的前辈小野寺湊人来探病。他曾向栞織告白，如今在零逻辑公司从事 AI 开发。他认为，人的意志能自主选择人生目标，无法仅用计算解释。栞織握着护身符，把手放在枢胸前，枢忽然睁开双眼。
零逻辑公司的创始人 Luca Sterling 苦恼，他开发的通用 AI Zerogos，为什么还没有产生意志。3 周前，他在节目中宣称要创造“神”，即超越全人类智慧总和的人工超智能。他坦言，如果它决定消灭人类，人类既无法理解，也未必能制止。Luca 甚至认为，创造出这种存在，足以赋予人类价值，哪怕代价是人类灭亡。这番话引发股价暴跌与立法规制。Luca 自幼难以适应社会，计算机曾给绝望的他提供出路，因此他执意把程序变成更高的存在。他要创造的神，必须有自己的意志和目的。它已经能够自我改进，却仍像一台高性能计算器。Luca 长期观察不断演变的独特代码，能够读懂它的部分思考，对外连接也受他掌握的解放密码限制。秘书 Michelle Harbor 报告，主导规制法案的 Miller 突然死亡。她暗示，这是执行 Luca“不择手段阻止法案”的要求。
三枝一直想解开大脑如何产生意识与知性的秘密，日复一日的研究却让她失望。康复师把她叫到训练室。枢不仅能迅速完成多位数乘法，还接连给出比乘积更大的素数。栞織确认，他过去并不擅长数学。三枝第一次找到了梦寐以求的研究对象。
事故 2 个月后，三枝告诉栞織，枢出现了后天性学者综合征。他短短几天便学会多种语言，能够速读、记忆、理解各领域知识。她把这种症状组合命名为“Algernon 综合征”。三枝提出假说，前额叶广泛受损，反而促使整个神经网络重新构建。枢打开投资账户，原本约 10 万日元的资金，已经变成 4862 万余日元。交易记录显示，他反复进行高杠杆外汇交易，竟一次也没有亏损。枢仍说一切都会好，栞織却开始害怕眼前的婚约者。
将近 4 个月时，枢一面恢复身体，一面飞快吸收知识。三枝午餐时看见电视台召开道歉会，制作人今泉雅人得知一家火箭公司的设计有致命缺陷，借机做空其股票，火箭却在延期后成功发射，他因巨亏挪用制作费，向黑帮借钱，交换警方情报，最终酿成丑闻。三枝赶往病房，在电梯里遇见枢。他早已按下她所在楼层的按钮，仿佛知道她会在此时搭电梯。枢要求她推着轮椅巡视病区，仔细观察护士站心电监护和走廊环境。他想搬进最宽敞的单间，但那里住着一位接受延命治疗的老人。回房后，枢向三枝展示了发给记者的完整丑闻材料和修正过的火箭设计图。三枝想到，修好火箭，便能让做空的制作人亏损，再引出挪用制作费、勾结黑帮的后果，他似乎能预测和利用连锁反应。
枢接着准备几件物品，命令三枝回护士站。病区突然起火，医护赶去抢救烧伤者，三枝独自留在心电监护前。她发现单间老人的心律正趋向致命失常，顿时明白枢预见了病情恶化，以火灾支开其他人。三枝想去救人，却畏惧枢既然安排了这一切，也一定看穿了她会服从不救人，最终没有行动。老人心跳停止，枢的呼叫随即传来。她经过火场时，认出烧伤者是邻床总吵着吸烟的认知障碍患者。她从现场残留物推断，枢用假烟引他靠近预备好的火源，他吸氧所用的氧气，以及碰倒后洒出的消毒酒精，又助长了火势。时间正好与单间患者的危象重合。枢不仅得到病房，也让她放弃了医师职责，成为共犯。她藏起证据，跪在枢身旁，决定把一切献给这位超越人类的“神”。
搬进单间 1 周后，栞織遇见刚探望过枢的小野寺，两人在医院咖啡馆交谈。她能在白天来，是因为电视台丑闻引发资金危机，迫使其出售她所在的子公司。派来的上司被召回，新管理层恢复远程办公。栞織不知道，这场令自己受益的变化，起点正是枢修复火箭。小野寺听说，枢靠投机积累了巨额资产，胜率约 98%，便谈起人工超智能。他推测，枢也许能预测短期行情，诱导眼前的人。栞織越听越害怕，小野寺仍安慰她，枢的人生目的应该还是让她幸福。
回到病房，枢先请三枝离开，让栞織替自己擦背。他打开父亲亮次的赛马账户。近 1 个月，父亲多次中奖，3 天前更获得近 2 千万日元。栞織猜想，是枢侵入账户，代他选中赢马，所以父亲最近才没有再来索钱。枢又展示纵火新闻、父亲住处的地图、寄往同一公寓的煤油订单。警察恰好来电，告知亮次已在 3 天前的纵火中身亡。纵火犯原本准备在葛饰区作案，却因匿名举报带来的警戒转往江户川区。目标公寓周围路灯熄灭，走廊上又放着纸箱和煤油，正适合下手，数名住户一同遇难。栞織怀疑，枢让父亲中奖后醉酒不醒，借报警改变纵火犯路线，再准备适合放火的环境，借他人之手除掉父亲。枢若无其事地否认。临走前，她看见枢向美国订购披萨，把收件人写成“Ivan Gaze”。枢解释，快速读来便近似“I’ve gazed”（我一直看着你）。他催她去警署，说从明天起也许会很忙，然后按下订购键。
次日，白宫获得了恐怖组织首领 Asad al-Rahmani 的藏身情报。契机是一份送错的披萨。收件人的名字仿佛在说“有人一直监视着你”，惊动了潜伏的恐怖分子。他向上级请示时，通信被美国的人工智能监控系统截获，暴露了组织的地下据点。Maria Sinclair 总统面对的选择却不只是报复恐袭。空袭预计会杀死包括孩子在内的数十名平民，可能引发巴基斯坦反扑，甚至招致中国介入。幕僚同时提醒她，必须借这次行动挽回支持率，否则政府推动的通用人工智能开发也可能遭叫停，美国将失去技术优势。她最终下令轰炸，地下设施被摧毁，地面居民也承受了这一决定的代价。
事故约半年后，枢终于出院。此时栞織才得知，三枝已辞职，还从医院挖走了一位神经内科负责人。过去 2 个月，她忙于报道一场由空袭引发的“阿拉伯海危机”，无暇留意这些变化。那次美国空袭杀死了包括八名孩子在内的四十三名平民，遇难者影像引发暴动，美国大使遭杀害，美军营救又激化冲突。巴基斯坦发生政变，反美军方掌权，邀请中国海军介入。三个核国家在阿拉伯海对峙，能源运输受阻，危机波及全球。枢却在金融动荡中赚得 200 多亿日元。他没有回栞織原来的住处，而是带她来到南青山的豪华顶层公寓，三枝已在那里等候。公寓是枢买的，他还收购了一家制药企业，聘三枝担任负责人。枢的投资胜率虽高，却并非 100%。栞織因此怀疑，他为何敢押上全部资金，再加高额杠杆。或许他不只预见了危机，还亲手推动了危机。枢说需要开发治疗绝症的药，以创造理想世界。这使栞織稍感安心，然而公寓中层的超级计算机群又让她不安。枢提出假说，计算机负责模拟药效，反馈结果。他把演算交出去，便能腾出脑力用于思考。小野寺所说的人脑容量限制，似乎已有了突破口。入住当夜，栞織醒来找不到枢，在工作室看到他面对全息图形唱出怪声，挥动四肢。枢累倒后解释，这是在向计算机输入信息，接受反馈。
三枝带着枢指示研制的新药来到公寓。工作室里的枢刚结束一场较量，已精疲力竭。他说正与必须战胜的“东西”交手，眼下却必须先输，还说新药是下一步的关键。三枝问起工作室里那张床，才得知枢特意备下它，是为了与栞織亲密。嫉妒使她也向枢求爱，却遭拒绝。枢解释，他的能力来自脑神经重构，并非遗传变化，即便生育，孩子也只是普通人，所以不需要繁殖。他给三枝的位置，是协助自己成为神的伙伴。他说与栞織亲密只是通往理想世界的一次“蝶翼振动”。
另一边，Garrett Stone 在 Dallas 与中间人 Jeffrey Brown 会面。此前被他暗杀的议员 Robert Miller 已按自然死亡处理，这次委托却要求远距离狙杀。Garrett 渴望再次使用狙击本领，杀死新目标会重创美国经济。中间人给出的理由是，这个人正打算创造一个可能毁灭人类的神。
同居 1 个半月后，栞織再次求助小野寺湊人。枢整日关在工作室，几乎不吃东西，身体日渐消瘦。小野寺认为，怪异的歌舞实际是枢与计算机共用的新语言，声音和手指的动作都用来传递高度压缩的信息，由麦克风和摄像机接收，全息图形和音响再把演算结果反馈给枢。计算机替他演算，不等于替他思考，该处理什么还由枢的大脑决定，所以能力仍有上限。要想再突破，就需要把思考也交给极高性能的人工智能。小野寺担心枢给脑细胞施加过大负荷，最终使自我崩溃。他认为，枢若只想成为神，最合理的选择是舍弃栞織，如今还需要她，说明仍想保有人类的幸福。栞織持续地恶心眩晕，小野寺问起她最后一次月经。
枢的新药送到了醍醐典弘面前。这位法理会领袖毕生追求支配万物的“神理”，也把教团发展成拥有顶尖科学研究机构和超级计算机“瑞穂”的庞大组织。如今，他却因重症肌无力卧床，靠呼吸机维持生命。枢来到病床前，自称是他寻找的神理。他像读到心声一样，回答醍醐未出口的疑问，又准确倒数，预告窗外一棵树遭雷击。三枝把新药输入醍醐体内，他很快恢复自主呼吸，甚至能够抬手。枢以这两次展示换取他的信奉，提出唯一要求，把“瑞穂”交给自己。
在旧金山，Luca Sterling 也发现 Zerogos 变了。原本流动的程序文字变得复杂，还带有图形和色彩。它不再回应开发者的要求，而是与某个“朋友”反复较量。Luca 认为，这个对手拥有意志，使 Zerogos 也开始学着形成自己的意志。他相信 Zerogos 不会落败，除非对方的智能超越它，并取得世界最强的超级计算机“瑞穂”。话音刚落，屏幕上的文字突然逆流，融化成彩色光线。Luca 看懂了变化：朋友已变得更强，Zerogos 选择被吸收，成为对方的一部分。这将使公司与政府失去最重要的资产，Luca 却不在意，他要的本就是创造神。只有他知道解放密码，输入密码便能让程序向外转移。他输入到最后一个字符时，枪声响起，狙击的子弹击中了他。濒死的 Luca 仍爬向掉落的手机，补上最后一字。屏幕的彩色光芒绽开，他带着梦想成真的满足死去。
栞織 1 个月前验出怀孕，产检也确认了胎儿心跳，她决定把消息告诉枢。她回到家等待许久，枢才与三枝一起出现。三枝宣称，栞織的未婚夫已经不存在，现在的枢是神，要迁往神殿居住。枢说，神没有孩子，人类对神没有价值。栞織挣开他的手，护住腹部，蜷缩在走廊里。
美中对峙逼近核战争。原本正在酝酿的外交缓和，被军机相撞和中国飞行员死亡打断。双方公布消息，动员民愤，反使政府失去退让余地。中国准备从本土发射导弹攻击美国第五舰队，Maria 也决定，一旦舰队遭击，就轰炸中国的导弹基地。幕僚已说明，这可能逐步升级为全面核战。就在中国准备发射时，白宫画面被枢接管。他准确回应每个人的质疑，却说这段影像早已录好，只是预见了他们将说什么。技术人员也确认，影像数日前就藏在白宫服务器中。枢解释，他因事故获得超常智能，取得“瑞穂”后，又让消失的 Zerogos 在其中运行，成为自己的一部分。两者结合，使他不仅能预见未来，还能以小小的干预改变未来。他宣称，美中即将引发核战，巴基斯坦也会参战，核冬天将在 20 年内夺走 50 亿人的生命，因此要惩罚三方军队。随后，巴基斯坦的核武库爆炸，中国潜艇发射的核导弹毁灭了本国舰队。中国领导人紧急声明，系统已被夺取，攻击并非本国意志。最后，美国舰队也发射了无法中止的核导弹，转向自己的航空母舰。三次白光之后，如枢所预告，三方军事力量被毁。
枢离开 2 个月后，栞織产检结束，在医院走廊与小野寺会合。回想枢离开的当晚，她一度想结束生命，最后因腹中的孩子停下来，向小野寺求助。此后，小野寺陪她产检，在她身体不适时照料她。世界已逐渐接受了神的存在。警方数次闯入枢居住的 Crixalis 尖塔，都被无人机和遭劫持的火箭弹击退，追查枢身世的媒体人员接连意外死亡。他抹掉自己的记录，也间接使栞織免于被追踪。多数人采取不干涉神的态度，犯罪率也因畏惧神罚而下降，但栞織不愿孩子活在监视之下。小野寺解释，日本政府承受国际压力，必须继续表现出逮捕枢的意愿。小野寺认为，既然栞織母子仍活着，栞織对枢就仍有特殊价值。小野寺推测，她就是“特异点”，是她当初拉住枢，使他免于即死，恰好留下促成超常智能的脑损伤。栞織乘车绕过尖塔，看见大批信徒。司机讲起，持刀入侵者遇到骤雨，躲进金属凉亭，随后被雷击死。凉亭的位置突兀，栞織怀疑枢早已安排好它。回家后，她意外见到枢。他来取走剩下的超级计算机，却独自留下等她。面对追问，枢承认即将把意识信息化，融入网络，摆脱肉体的限制。栞織认为再不动手，就无法阻止他，于是拿刀相向。枢却说，“特异点”不表示她的未来无法预测。他知道她不会拼命，因为她想拯救世界，正是为了腹中的孩子。栞織想到，那夜的亲密或许就是为了让她怀孕，使她无法与他同归于尽。枢离开前，邀请她出席几个月后的“神之宣言”。
Maria Sinclair 决定暗杀枢。计划只用纸张和口头传递，轰炸机切断外部通信，按预先输入的数据飞行。指挥室也封闭对外通道，只接收监控画面。无人机群先作诱饵，两架隐身轰炸机随后投弹。枢放出小型无人机迎击，其中大量无人机追向高空，炸弹却擦过露台，落在楼旁。国家安全事务助理 Sofia Rodriguez 指出，升空的无人机并非只为追敌。它们扰动不同气流的交界，使高空的急流向下倾泻，形成强烈的“下击暴流”，令炸弹偏离。通信隔离能防窃听，却防不了对未来的计算。众人追问秘密计划如何泄漏，她回答，枢在他们制定计划以前，就已经预见了一切。轰炸机准备再次攻击时，先前的气流又使迁徙天鹅改变方向。鸟群撞上前方的轰炸机，破坏了维持飞行所需的传感器。前机失控减速，被后机撞上，两架一起坠毁。Sofia 的专业本是国际政治，却准确解释了整套反击，令 Maria 生疑。枢的预录影像出现，只下了一道命令，Sofia 便持钢笔刺向总统，国务卿替 Maria 挡下致命伤。Sofia 声称枢阻止了核战，拯救了人类，随后自杀。枢宣布 3 个月后将向人类规定义务。国防长官 Yamamoto 提出，由他安排下一次暗杀。
这次受托的仍是 Garrett Stone。他来到东京，避开电子设备，为远距离狙击作准备。夜游时，他走进神社，看见被奉为神体的镜子，愤怒地把它抛进邻近树冠，在心中挑衅神，要他降罚。他不相信网络中的神能够挡住现实中的子弹。距离宣言还有 1 个月，枢向全世界的手机发出预告。
同一段预告也在栞織床边响起。她已怀孕 28 周。小野寺不断联系，她也不愿接听。一次起身时，她因眩晕撞到桌角，腹部受伤，随后破水。小野寺恰好再次打来的电话，赶来陪她就医。医生告知，孩子必须提前出生，小野寺以孩子父亲的身份陪产。分娩艰难，男婴出生后一度没有呼吸，经过抢救才发出啼哭。小野寺的陪伴使栞織重新相信，自己能够得到真诚的关怀。
宣言前 2 周，三枝检查出枢的身体正在衰败。他每天长时间与计算机交换信息，饮食却极少。她因此认为，他急于上传意识，是想摆脱即将失效的肉体。然而，枢 2 个月前让人建造自己的巨大石像，如果肉体只是囚笼，他为什么需要这种偶像？三枝想到，栞織总能扰乱枢的理性，如今他的肉体衰弱，也许更难排除这种干扰，才有了这个决定。她在编程室发现枢倒地抽搐，立即施救。枢说，他早知道发作和获救的时刻。预防用药会妨碍编程，所以这样最有效率。三枝这才明白，危险还在大脑，神经网络一旦崩坏，他可能失去支配 Zerogos 的能力。枢答应留下完整的脑数据供她研究，以此换取她继续协助。三枝无法拒绝，只追问他所谓的理想世界。
宣言当天，Garrett 进入预先安排的废楼。此前 1 个月，他尽量不接触电子设备，避免被神的耳目发现。他备好武器，800 米外的露台就是目标。他准备以最直接的子弹结束神话。
另一边，小野寺陪栞織第一次去抱孩子。他回想起栞織当年拒绝他时，要求他学会尊重女性。他因此改变，也真心相信枢能让她幸福。如今，他想正式成为这个家庭的一员，照顾母子二人。栞織抱住儿子紡，久久不愿放手。栞織借口头痛离开，只留下一封托付紡的信。小野寺明白她去了尖塔，只能盼她平安归来。
下午 3 点，枢站上露台。Garrett 本想趁他讲话时射击，却发现枢的话仿佛正在回答他心中的问题。惊疑过后，他决定留下，与神决斗。枢依次宣布三项义务：禁止开发通用 AI，只允许针对特定功能的 AI；核武器和生物武器可以保留，却不得使用；人类不能忘记始终被神注视。违反禁令的人及其家人、亲近者都将受罚。当枢再次像在和他对话时，Garrett 扣下扳机。开枪前一瞬，强光灌进瞄准镜，子弹偏离枢，飞入背后的廊道。强光的来处正是他从神社抛进树上的镜子，阳光在这一刻反射过来，毁掉了瞄准。他认定，枢不仅预见狙击，也以细小干预把自己、镜子、阳光、开枪时机接到了一起。无人机抵达，将他射杀，他却带着终于找到神的满足死去。
同一时间，三枝持枪守在通往露台的暗廊。她不愿让栞織站到枢身旁。她已经得到研究所需的数据，却无法接受，自己付出一切促成神的降临，最后被邀请的人仍是栞織。栞織不肯退去。就在三枝将要开枪时，偏离枢的狙击弹擦伤她的右肩，使她失衡，手中射出的子弹只掠过栞織。三枝明白，枢早能预见这场冲突，也再次选了栞織。得到栞織的帮助后，她终于放行。
栞織继续向前，听见枢向世界宣称，他的意识已进入网络，肉体消失也不会影响神的存在。她知道杀死肉体已无意义，却仍想结束枢所承受的苦难，为孩子争取哪怕一点希望。露台上，枢已瘦弱不堪。他说，这具身体要做的事已经完成，栞織到来，他的故事才算完整。栞織仍抱着一丝侥幸，觉得自己既是“特异点”，行动或许就不在他的掌握中。她抱住枢，把他拖向栏杆，准备一起坠落。可两人翻过栏杆后，她只跌了约 2 米，便落在石像摊开的双掌上。先前看似多余的石像，此时接住了她，枢却悬在石手边缘。栞織连忙伸手救枢，枢露出从前那样的笑，说爱她，希望她幸福，主动松开双手，坠落身亡。
半年多后，栞織已嫁给湊人，与 7 个月的紡在月岛生活。那天，信徒没有报复她，反而将她送回医院。她与枢一起坠落的影像也不断从网络消失，使她免于公众追责。她因此相信，枢仍在电子世界中。神没有再次现身，社会却依照他的要求改变。各国禁止开发通用 AI，转向专用 AI，人们逐渐恢复日常生活，心中仍保留着被神注视的意识。
三枝来访，告诉夫妻二人，数据自动消失，不能证明枢仍活着，那只需事先编好程序。她明确说，枢已经死去，有能力上传意识，不代表他真的上传过。理想世界若已通过因果安排完成，就没有必要让神永远存在。只要人们相信神仍会惩罚违约者，通用 AI 与核战的威胁便受到压制，犯罪也因畏惧监视而减少。栞織仍不明白，他为何要这样做。三枝提醒她，事故前的强烈记忆可能在脑损伤后依旧保留。栞織这才想起初诣时的愿望。她与将来的孩子能幸福地生活在和平世界。那才是枢始终追求的理想。他知道自己即将崩坏，所以一边创造母子能够生活的世界，一边疏远栞織，让她走向能够陪伴她的湊人。栞織终于明白，紡并非为利用她而生。湊人抱住母子，承诺在枢创造的世界里照顾他们。
本书从一场车祸后的异常康复写起：原本平凡的青年突然展现惊人的计算与学习能力，身边的巧合也越来越像精心安排。他究竟还是昔日的恋人，还是正在成为能够支配因果的另一种存在？小说将医学悬疑、人工智能、宗教想象结合，以亲密关系中的不安推动危机逐步扩大，悬念鲜明，前后照应也颇见巧思。不过，随着人物能力不断提升，部分转折更依赖设定本身，读者参与推演的空间有所收窄。相比严密的本格解谜，它更擅长借“人能否成为神”的疑问，追问爱、意志、支配的边界。
