天正 10 年 6 月 19 日，17 岁的駒井八右衛門重勝赴草津途中被紧急召回京都。6 月 2 日，明智光秀以一万三千军队突袭本能寺，織田信長身边不足二百人。寺院烧毁，信長下落不明。羽柴秀吉从日本西部的中国地方赶回，在 13 日的山崎之战击败光秀，却始终找不到信長的遗体。八右衛門武艺平平，却对见过的事过目不忘。秀吉看中这份记忆力，指定他承接密命。
京都妙显寺内，秀吉讲起与信長的往事。他出身低微，靠才干与机敏获得重用，也见过主君的严酷。随着織田家壮大，两人渐渐难得独处。秀吉渴望认可，又担心天下一统后自己不再有用。本能寺遭袭后，秀吉散布信長尚在人世的消息，借此阻止各方投靠明智。这项权宜之计如今成了心病。他要八右衛門查清信長究竟死了没有，若死了，遗体又在哪里。
八右衛門先察看本能寺，再听秀吉说明疑虑。今年 1 月 22 日，秀吉在安土城与信長独自饮酒。信長说，强敌相继死去，織田家胜势已定，剩下的统一大业令人乏味，不如交给秀吉去做。秀吉指出，其他宿老与公子未必听从号令。信長半开玩笑地说，若自己死去，总会有人收拾残局。他又提出假死隐居，等别人统一天下再现身。秀吉担心继承者不肯交还权势，甚至会把真正的信長当冒牌货除掉。信長回答，让秀吉作证便好。当时两人只把这些话当作久违的笑谈，如今信長却恰好消失，发难者又是备受器重的光秀。秀吉最后见主君是 1 月，此后光秀还有许多面谈机会，会不会听过同样的计划，甚至参与其中？秀吉也知道这种可能微乎其微，却无法安心接掌織田家的权势。他担心主君正躲在暗处，等着看众人如何行事。八右衛門因此受命寻找幸存证人，武勇出众的糟屋助右衛門武則负责保护，甲贺忍者阿楽协助打探消息。调查必须保密，一旦秀吉也怀疑信長未死的消息传开，刚稳定的局面便可能再乱。
6 月 21 日，助右衛門护送八右衛門赴奈良。八右衛門不解光秀为何肯配合假死。次日，他们找到曾枪伤信長的安田作兵衛。安田说，军队原以救援秀吉为名出发，临近京都，光秀命约十名先行者杀尽沿途看见的人。到了桂川，光秀才宣布敌人在本能寺。斎藤利三谎称是讨伐寄宿寺中的家康，许多士兵直到看见信長才明白真相。
6 月 2 日拂晓，南门未上门闩，一推即开，东门却须越墙开闩，进攻较迟。安田见信長持弓迎敌，换枪后趁隙刺伤其腹部。蘭丸斩断枪杆，建议从薄弱的北面突围，信長却说对手是光秀，逃不出去。他命再撑 1/2 刻，随即改为 1/4 刻（约30分钟），然后退入书院。人们分三波冲出书院。先是三十余女子，七成遮脸。利三禁止士兵施暴，下令验脸后放行。她们带着信長分给的茶具等物作盘缠。再是约五十名女子、僧人、武士，武士拼死冲击，但安田仍坚持其中没有信長。陌生武士先后抛出两颗假称信長的首级，趁乱越西墙逃走，后来查明是原胤重、原清安父子的首级。另据目击者称，空手的弥助翻越东墙，在南蛮寺附近失踪。信長入内 1/4 刻之后，第三波约十人出现。蘭丸脸上沾满未干的血，头发焦卷，临死对安田说：“我们……主上的……胜利。”似乎是说争得了自尽时间，但火灭后，书院里连尸体和骨头都没有。有人查到三名阿弥陀寺僧在东北厨房后焚尸，他们声称黎明前来见信長，混在第二波逃出后，替死者火葬。明智军灭火检查，三具尸体均非信長。连特意火葬都未能毁去尸体，书院为何全无遗骸？
6 月 24 日，八右衛門再查废墟，看见烧焦棋盘等残物，却找不到尸体应招来的苍蝇。若要埋尸避开蝇犬，坑须深于 1 丈。坑口直径若为 1 间，只容三四人同时挖掘，1/4 刻内不可能挖完，除非寺里原来就有坑洞。当晚，12 岁的侍女夏音受百人护送来作证。她 6 岁丧母，由葛江接走教养，两人后来一起服侍信長。她回忆，去年信長的侍女擅自外出，向敌方奸细桑实寺泄露近身消息，信長为此严惩相关者。6 月 1 日，她哼歌时结识狩野又九郎，当天的日食未能被朝廷历法准确预报，信長为此发怒，拒见临时来访的公卿，却留下日海、利玄下棋至夜间。
次日凌晨 4 点起床后，夏音奉命取火。书院四名值夜者分守入口、寝室，另两人在寺内巡视。做事严谨的伊藤彦作报告没有异常，她因此不信南门竟没上闩。狩野陪她送火，听见敌声，折返报警。众人进入书院时，外面已亮，信長却严禁开门，只许点灯。大厅原有约三十名僧人，二十余座烛台已有部分点亮，却仍召众人帮忙，大半人在旁闲着。小河愛平带女子把近百件茶具、香炉、画轴等珍藏全部搬到大厅，男众搬来已倒空的竹编行李箱、长箱、米柜、包袱布。信長出战前便命女子携宝逃生，变卖作饯别，说后续安排已交代小河。小河与金森忠二郎、伊藤、狩野短暂密谈，弥助未参加，只在帮忙打包。大件装箱柜，小件布包，装不下便拆下多层外箱。信長负伤回来，说要再争取 1/4 刻，转入“下一计策”。他令葛江选十五名能做体力活的女子，葛江选了十四人加自己，一起退入深处。金森留下发信号，種田亀负责守望。夏音抱着拆去两只外箱、7 寸见方的桐箱，装着枣形茶罐，随众人分三路同时冲出。敌兵重点查验戴笠者，她没戴笠，又明显年幼，便被放过，书院起火又分散了检查者的注意。
夏音东逃时被青鼠纠缠，狩野赶来相救，说第二阵武士受命吸引敌军，完成后即可逃生。他已重伤，留下挡敌，让夏音唱着母亲喜爱的萤火虫歌继续走。她获救后将茶罐送到堺，再投靠秀吉军营，希望这些牺牲也被记住。八右衛門告诉她，葛江还活着，在近江日野的蒲生家因箭伤昏迷。她决定前去，怀疑是否真有密道。她只听过书院通向寺外的传闻，从未见过密道。
两人查到南蛮寺。去年 10 月，信長近侍金森忠二郎带了约十名人夫，将盖着布的货车驶入教堂。负责接待的修士三木パウロ说，金森只待了 1/4 刻稍多，既没有掘土的时间，事后也不见泥土或拆地板的痕迹。不过，货车离去时陷进泥里，推起来颇重，八右衛門疑心他们运出了东西。祭坛下有 3 尺见方、4 尺深的土穴，却无通道。神父解释，这是为将来可能发生的禁教准备的藏钱处，目前尚无积蓄。两人随后查得，南蛮寺一行避难时带着大件货物去了高槻。调查途中，八右衛門遭一群受雇盗匪袭击，靠助右衛門才脱险。两人突然改道高槻，阿楽赶来，沿路留下五色米传讯，又说怕有盗匪再来。他们对外只称遭不明人士袭击，阿楽怎么知道袭击者是盗匪？阿楽坦白，他原是高山右近麾下的基督徒忍者，受命探查有望继承信長者对信徒的态度。他早先偷听问讯，偶然听到高山之名，后来见两人追查南蛮寺与弥助，误以为秀吉要追究高山收留弥助的责任，便自行雇人灭口。
八右衛門见到弥助。弥助说，信長曾问他是否愿意留下，对他尊重，赐予名字。他也有过耳不忘的能力。6 月 2日，他在南门附近看见女侍桐江面对门口后退，门闩整齐靠在柱边，稍后敌兵入寺。她可能是想补上门闩，可是天未亮，桐江距南门 7-8 间，又没拿灯，她如何知道门没闩上？弥助随后参战，退回书院时，听见信長低声向蘭丸说“准备好了”。待信長负伤，他与十五名强健女侍一起跟入深处。沿途有六名僧人，年长者行礼，信長答“劳烦了”。更深处另有年轻僧人，反向走进他们候命的房间。信長带着大半小姓和侍卫继续入内，众女侍只静坐等候，没有做工。不久，一名重伤侍卫由另一名陌生青年扶来，青年带着伤者父亲的首级。又九郎称伤者的父亲为“しま”，伤者只介绍弟弟叫“むねやす”，说弟弟比自己跑得更快，可代理主君交付的任务。又九郎催小河愛平赶快请示，否则来不及。约 1 分钟后，小河带着脸色惨白的蘭丸回来，传达信長准许代理的命令。
又九郎安排僧人与女侍带货逃走，武士充当诱饵。弥助去东侧内墙等候，约 5 分钟后，第一批女侍出逃，再不到 5 分钟，书院起火。他听到小河呼喊，便越墙疾奔，终于逃入南蛮寺。神父让他藏在祭坛下的土穴中，躲过了明智兵的搜查。穴里只留一张有折痕的厚白纸，弥助将它带走，以此证明曾活在这里，如今拿给八右衛門看。他没有见过其他人的货物。弥助将由堺出海，经吕宋返回莫桑比克，两人也答应保护救他的人。
八右衛門指出，蘭丸从寝所折返战死，不大可能护送信長从暗道脱逃。弥助带出的厚纸有折痕，像包过文书。放火处只有三僧，书院原有六僧，另三人去向不明。阿弥陀寺住持清玉说，信長遇袭前曾笑称要去“猿”那里，重拾与秀吉亲近时的旧称。他不确定自己是不是信長的兄弟。清玉说黎明入寺，又说辞行时信長没有回应，八右衛門引用弥助听见的“劳烦你了”，迫使他承认后一句是假话。清玉复述，小河传令让女人携带茶器，戴笠逃出，使明智军同时怀疑有人变装，藏身箱笼，忙于查脸查物，来不及拘捕。他还在寺内见到了日海。清玉带着两名抬长箱的僧人离开，另外三名僧人去烧掉寺役、織田侍卫、明智兵的尸体。
八右衛門发现，清玉的证词漏掉了小河传令后，众僧移往北侧土间前的经历。他先说已做好出逃准备，后来却又说仍在准备，像是在忙别的事。敌军要“检查”他们，也暗示他们带着行李。清玉若在黎明才入寺，理应撞见正在包围寺院的明智军。清玉终于承认，他在丑三时便入寺密会信長。信長最后嘱咐，等别人“找到我的所在”，再公开受托之事。若箱中装着整具遗体，约 16 贯重，两名僧人难以抬着奔逃，不如就地火化。僧人放火，是为主君引开敌军。清玉答应，只要八右衛門猜中箱中之物，便承认实情。八右衛門猜是著述，清玉说猜错了，却没有质疑几封信何必用大箱。
日海恰好外出，归期不明。阿楽为报八右衛門守约之情，帮他找到了桐江。桐江否认勾结明智，却承认拔掉南门门闩。八右衛門想到，她也许是在私等情人，寺内那个外人“むねやす”便有了解释。追问之下，他得知此人是原宗安。宗安 13 岁时曾用 1.5 刻奔逃 10 里。天正 8 年 10 月 5 日，他斩杀两名马廻，遭到放逐。那年 8 月末至次年 2 月，信長闭关 6 个月，只许小姓进入御殿。按桐江转述，宗安撞见两名林秀貞旧臣窥探御殿，遭袭后反杀，怀疑他们为毛利刺探。信長相信他，却没有证据替他澄清，也不愿张扬御殿里的秘密工作，给了 5 年生活费，让他离开。桐江不肯就此分手，即便耕田经商，也要同行。两人约定，宗安在出云安顿后回来接她。
6 月 2 日，两人约寅上刻相见。末次丑刻巡逻后，桐江拔下门闩，在距门 20 间的御堂等了至少 1/2 刻，听见甲胄马声，她想重上门闩，但走到 5 间处门已打开，只能退回。宗安现身，说因躲避军队迟到，赶在包围前翻墙而入。她为情人拔掉门闩，却让明智军得以长驱直入。宗安去找父兄，逃出前又搀着重伤的清安出现。清安说无法完成主君的任务，要托付弟弟。桐江问起父亲“志摩様”，原来胤重官称志摩守，才是“しま”的来历。桐江随第一批人逃走，摘笠查脸后获释，带茶碗到了建部大社。7 月 21 日，她收到宗安来信，说身在木之本，为避开京都，要绕若狭去出云。她拿茶碗向收留她的小津换了路费，决定不再等待，亲自去找他。桐江获释后前往出云。八右衛門指出，原胤重以志摩守为官称，故“しま”不是姓嶋。安田所见的两颗假首级，正是胤重与清安的首级。宗安不惜如此使用父兄首级，应是为了完成信長交付的任务。
8 月 9 日，两人拜访日海，约定问答如对弈，双方绝不说谎。日海承认在本能寺，讲起 6 月 1 日夜与利玄的棋局。他连赢两局，第三局有意造出三劫循环，借此告诉利玄，棋道的追求能越过个人生命。数月前信長曾说时间不够，至少要取得宁波，以海上据点应对南蛮势力逼近。统一日本还不是终点，然而人寿有限。日海用三劫告诉他，做不完的事业可以交给继承者。信長听懂后神色释然。
故事背景是本能寺之变，明智军包围寺院，信長负伤退入书院，寺院焚毁，却始终找不到他的遗体。多份证言相互约束，不同人物重述同一时段，改变读者对现场的理解。历史人物既提供证词，也带着自身的立场。大量往事与人物经历丰富了历史氛围，却也让核心调查多次停顿，局部仍难免有重复感。最终的密室逃脱解答符合逻辑，可以算是经典老梗。
