故事开篇是一个女助理教授A某一天回家，看到女儿B疯狂地打扫卫生，经检查B患上了罕见的脏物恐惧症。B有一天戴着绿色的面具割腕自杀。
中间插入刑警手记，记录自己被绑架的过程。
主人公栗村夏树是一个十九岁的短大二年级学生。她的母亲C在医院担任护士长，她的父亲十八年前因事故去世。夏树在幼儿园带的一个小男孩D突然发脾气打别的小朋友，还在纸上画下奇怪的画，画中夏树的脸被涂成绿色，还有意义不明的大蛇，以及奇妙的五角星挂坠图案。
夏树在家中接到打给她母亲C的不明电话，随即C出事，在去男朋友E的路上被人用铁棒打晕，送到医院。
某宅发生绞杀案，死者F全裸，邻居闻到异臭报警。现场家中有电视但是无录像带。房子是一个号称是F的弟弟的人代租的，那人是左撇子，而房东并没有见过F本人，因此死者是不是F尚未可知。F的妻子亦在前一段时间失踪。
C变成植物人。夏树在医院遇到从未谋面的E，和自己父亲长得很像，夏树认为母亲迷恋父亲所以找了个相貌相似的男朋友。E交给她一个信封，里面有一个挂坠，图案和D画的一模一样，还有一个录像带。
夏树回家观看录像带，里面录的是两个男人在新年夜出海打捞宝物，结果其中一人的船在半夜时分突然发生爆炸，船体起火。E给夏树打电话，后悔交给夏树录像带，并请求夏树不要把录像带给警方。
F的家属证实死者并不是F。F的妻子前不久突然得了一大笔钱，警方推测她把F的身份证卖给了别人。夏树查到神秘图案是传说中南太平洋沉没大陆MU的王家徽章，守护神是九头蛇。夏树从报纸上找到疑似F的命案，记载在海滩找到一具因被甲壳类生物啮咬而无法辨认的尸体。夏树找到撰写报道的女记者G，给G看了录像带，G恰好因某钓鱼企画认得录像带里面的另一个人H。夏树和G一起找到H。
原来F本来是自卫队的成员，在一次民运任务中发生事故，飞机坠毁，F靠降落伞逃生，右腿落下残疾。从腿的受伤情况可以断定录像带里的死者是F。当晚H给了F一盏灯，和F一起出海，并拍下录像带。在距海岸两公里的地方，F的船在H面前发生爆炸，没有别人接近F的船，因为F的船是H从十几艘船里随机挑的，所以也没有可能事先安放炸弹。这是一起人眼、录像带双重监视的“透明密室”。H当晚回家后接到神秘电话，令他将录像带寄存到指定的柜子里，H照做。夏树检讨各种用飞行器丢炸弹的方法，但G认为无一可行。
夏树从警察朋友处得知自己的父亲是警察，当年被人用铁棍打死。有一个叫I的人自认是凶手，却因证据不足未能定罪。I行凶的动机是因为他的姐姐杀死了家暴的老公，他们伪装自杀却被夏树的父亲揭穿，I的姐姐因此自杀。
夏树从报社社长J处了解到F生前运营一家名叫 Crystal Future 的公司，后来该公司倒闭，改名为一家名叫 Kuiland’s People 的学术研讨会。
夏树打入学术研讨会，发现这其实是一个邪教组织。夏树遇到幼儿园的小朋友D，原来D的母亲拉着D参加了这个组织。夏树和朋友一起观看了教主K的布道录像。
夏树从朋友警察处得知自己的父亲当年在I姐姐自杀后主动要求调到了搜查二课，负责调查暴力团。夏树找到I。I和相好L在一起，再次承认自己杀死夏树的父亲。夏树看到I是左撇子，身上还有伤口，于是指认他杀死疑似F的不明尸体。I和夏树发生肢体冲突。
接下来是一大段宗教灌水。夏树参加邪教活动被钉到棺材里，活动结束得到一个挂坠，上面写着代表她前世的名字CAU。I在医院给夏树留下信，说当年夏树的父亲当年收受贿赂，还说暴力团劫持了婴儿夏树作人质，所以夏树父亲才束手就擒。
夏树和人气偶像少女M一起表演神秘剧，表演一半的时候I突然冲上来行刺，夏树和教主K险被刺中，报社社长J挺身而出被刺伤，I逃窜。
K事前对部分媒体预言了行刺事件，事后再次预言I已遭天谴，尸体在“两河交汇的海底”。警方根据预言在新濑海底打捞上来一辆白色的奥迪，正是I的座驾，I绑着安全带死在车中，车门自内锁上。奇怪的是车体位置离海岸足有二十米，如果车从附近四米高的山崖上冲下来，时速须得达到九十公里。车的右后视镜脱落，螺丝被人卸下。
警方根据尸体瞳孔状况和体内盐度推断出死亡时间，最终以自杀结案。I的相好M告诉夏树I在出事之前接到一个神秘电话，委托I办事，并提到关键词“摩托车”。
不可能犯罪诡计
G在美国考取摩托滑翔翼的驾照，从天上丢下炸弹炸死F。G和夏树说H失踪，以及钓鱼企画什么的都是谎言，G早等着夏树给她看录像带。
第二起事件G委托I假装行刺，之后告诉I夏树因为害怕回到老家新濑。夏树本是东京人，但I之前见到夏树骑着从hG借来的新濑牌照的摩托车，所以信以为真。G事先卸下汽车右后视镜，按照计划从后面高速追击夏树的摩托车，从车窗伸出铁棍欲将夏树打死。但是他黑夜中追击的“摩托车”其实是G驾驶的摩托滑翔翼，当G飞出悬崖的时候I的车跟着冲出悬崖，栽进大海。
F的飞机失事实为故意，F用飞机走私毒品，邪教组织其实是毒品集团，教主K是组织首领。G是K的女人因此对K效忠。
逆转
报社社长J才是夏树母亲C的男朋友，他指示属下E冒充自己。打伤C的人是E，动机是因为E和夏树父亲的命案有关，C认出E所以被打昏。当年E因为长得和夏树父亲很像所以伪装成夏树父亲接受贿赂，故意被人目击。
J是一系列命案真正的幕后主使，G其实是J的女人。J的女儿是小说开头的B，B因为受邪教组织蛊惑接触毒品，导致精神崩溃自杀。G是B的家庭教师。J的动机是为女儿复仇。
本书最大的特点是接二连三的大小谜团，充分保持情节张力，虽然中间不乏宗教灌水，但总的来说对得起七百多页的文库。第一起不可能犯罪因呈现方式而有所减弱，第二起不可能犯罪很强（参见 The Thinking Machine 的某个短篇）。诡计足够公平，布局不完全公平，但伏线足够多，尤其是开头的伏线留得很深。推荐。