七夕竹枝和短册遭到破坏，二年一班公开审判夜鳥未悠。菅本透指她没有不在场证明，又丢了可能充当凶器的剪刀。裏沢水穂发动表决，夜鳥哭着蹲下，鴫森律樹却无力辩护。一名转校生忽然举手相信她，还拉起律樹的手。
第一章 紙屑のマフィン
事发当天，台风将近。律樹清晨到保健室陪伴失声三个月的桜庭事葉，送报纸时看见夹在其中的面包店“ベーカリー・トラツグミ”玛芬传单。4 月事件后，律樹因自责失职，主动承担全年日直。美术教师住谷又把提前发还的自画像交给她，要求用橡皮筋逐张卷好。律樹送到三楼一班，开窗时强风扑面，窗边摆着固定好的七夕竹枝。第四节游泳课前，女生拉上窗帘，摆好隔断，在教室更衣。夜鳥的泳袋被藏到阳台，律樹等其他人离开后拉开窗帘，才从窗外找到。两人匆忙换好泳衣出发，律樹又因忘拿护目镜折返。走廊上，住谷刚从电梯出来，拖着装有石膏像、轮子微湿的手提箱。游泳课后，律樹刚碰隔断，它便轰然倒下，一只脚轮滚入教室，固定螺栓却不见踪影。她再拉开窗帘时听见“啪”的断裂声，发现帘后的短册与竹枝已被剪得粉碎。
菅本从动机和沿途目击风险出发，先排除外人、教师、外班学生。实验表明，要把同样的竹枝破坏到这种程度至少需要 10 分钟，律樹课前最后见过它完好，因此犯案只能发生在第四节。本班学生中，只有夜鳥离开泳池超过 10 分钟。她长期受欺负，似有报复动机，技术课前又找不到自己的剪刀，而剪竹会使剪刀接头松动，菅本便认定她已处理掉凶器。表决时，身穿学ラン与裙子的转校生黒宮蜜理突然介入，指出剪刀也可能遭人偷走，没有不在场证明更不等于有罪，宣布与律樹一起替夜鳥洗冤。刚转来的黒宮，却已经能准确叫出几名同学的姓名。
黒宮随后在二、三楼之间的楼梯平台捡到隔断缺失的螺栓。现场短册一张未少，窗帘内衬却有一道约两厘米的割口。律樹又提到自己的美工刀备用刀片已经用完，只能把剪刀借给黒宮。夜鳥当天穿的是新泳衣。她因腹痛离开泳池 14 分 40 秒，而按普通步速，从泳池经电梯往返教室恰需 4 分 40 秒，看似正好剩下 10 分钟作案。电梯地面的铅笔污渍上还留有潮气化开的车辙。三人合照时，又从电梯窗外看见同学们抱着卷好的自画像回家。回程中，律樹向黒宮说明桜庭的遭遇：四月花見失踪后，同学仅凭“绑匪可能利用同龄孩子降低警惕”的猜测，把被花見厌恶的桜庭认作共犯，最终将她排斥到失声。黒宮反问，本次调查为何没把一直待在保健室的桜庭列为嫌疑人——偏见早已让她从班级的认知中“消失”。黒宮要求律樹无论发生什么都继续做朋友。
翌日，黒宮指出时间上的漏洞：住谷在第四节前把电梯停在三楼，夜鳥若从一楼使用，还得先等它下降 20 秒。不过她若加快脚步，仍可能补回，因此时间差本身不足以洗清嫌疑。真正关键的是电梯地面的车辙仍完整保留，那是住谷湿漉漉的手提箱轮子化开铅笔污渍后留下的，如果刚游完泳的夜鳥乘过电梯，身上的水势必再次溶开污渍，留下新的足迹。螺栓掉在楼梯平台，脚轮却留在教室，说明隔断从空教室搬来时就已缺件，之后强风慢慢转动脚轮方向，使它变得一碰即倒。犯人若从常用的前门进入，隔断必会倒下并发出巨响，但无人听见。后门虽然并未真正封死，外来者事先却不知道前门有障碍，也没有理由特意绕远，冒着被邻班看见的风险从后门进入。因此这不是门窗全部封死的物理密室，而是行为逻辑上的“不可能入室”。黒宮推测夜鳥曾用剪刀剪掉新泳衣的标签，之后把剪刀随手放进泳袋，律樹从阳台粗略提起泳袋时，剪刀掉了出去。众人果然在阳台找到熊耳形把手的剪刀，接头毫无松动。夜鳥至此洗清嫌疑。
第二章 水没のババロア
暑假，筆野日月前来求助。漫画小组的三台平板从上锁的部室消失，随后竟沉在隔壁空部室的金鱼水槽中，而巡查教师已从外面锁上社团楼。筆野希望证明凶手是传闻中的“三条腿幽灵”，这样朋友们便不必彼此怀疑。这个高大穿裙子的幽灵曾在夜间出没，住谷亲眼撞见后追查，却遍寻整栋楼也找不到人。楼内各房间及出入口原本都已上锁，唯一例外是东侧楼梯平台一扇离地约三米、窗锁损坏的小窗。
律樹与黒宮在“ドゥ・サール”见面。黒宮知道周六的马卡龙最好吃，拿出一张六站甜品地图：除先前的玛芬店外，还有“珈琲堂パースペクティブ”、“銭餡堂”、“猿と猫”、Almanac 等店。新闻不断出现纵火、水道局爆破预告、失踪双胞胎获救等事件。案发日 7 月 31 日，三名成员先后到教室，把平板接上充电器，确认窗户上锁，锁门去咖啡馆与筆野会合。回来后，三台机器已消失，数码笔却仍亮着表示连接的绿灯，其中一人把笔举高，灯忽然转红，众人才意识到设备刚刚断线，立刻冲出寻找。不久，一人在空教室门前停下，发现三台黑屏平板全沉在水槽中。周围纸箱没有溅水痕迹，槽底略湿，水槽表面还有些温热。众人搜遍整栋楼，也没找到其他人。
黒宮告诫律樹不要插手连环纵火，把真正危险的案件交给成年人，律樹却隐瞒自己早已参与调查。菅本与裏沢把此前八起纵火理解为十二生肖倒序：居酒屋的“お猪口”、犬神社、鸟形废弃物、“申”请书、羊毛被、马像、蛇形注连绳、“滝”字招牌，分别对应猪至龙。把现场连线后形成以学校为中心的螺旋，因此终点“子”未必指老鼠，也可能意味着焚烧“孩子”。
翌日，黒宮称感冒不能同行，但联络中一直传来雨声，而当地却是晴天。律樹与夜鳥自行前往现场。空教室的门早已拆掉，里面有仍在运转的冰箱和空调，窗锁则锈死无法开启。冰箱中留着结业式当天“社团楼停水”的通知。水槽里的金鱼已经养了近 15 年，去年还曾遭人投入大量硬币，如今玻璃却干净得毫无划痕。三名成员戴着写有 A、B、C 的纸袋接受询问。B 损失的近期照片中，包括案发两天前拍摄的后山，C 称自己的损失最大。C 当天最晚到场，提着沉重的旅行包，离开教室后，她又借钥匙折返，把一捆废杂志搬到走廊，而杂志束后来显得像被抽动过。众人步行去吃午饭，期间都曾离席上厕所，只有 C 带着水筒，返回社团楼后又因跑得慢落在最后，却最先发现水槽。更意外的是，A、B 并不互相怀疑，而是认定筆野才是犯人，因为她们亲眼见过“三条腿幽灵”，知道幽灵正是筆野本人。
桜庭带来漫画小组的同人志、土塊圭子涉嫌诈骗的报道、装着黒宮手帐的密封信封，又提示律樹去做巴伐利亚奶油“bavarois”。制作时最后需要冷却，这一步让律樹想到案件的关键。当天夜里，她与黒宮借绳梯从那扇坏锁高窗潜入社团楼，埋伏等待幽灵现身。黒宮怕黑，期间说起童年往事，小时候曾在废墟里玩捉迷藏，伙伴们却把他独自留下，最后是父亲来接走他，还做了挞安慰他。第二天，黒宮临时把甜品地图的下一站改成“銭餡堂”，店里的铜锣烧表面烙着虎纹。
律樹打开手帐，看见“爸爸、妈妈……我已经死……”的遗书片段便慌忙合上，又拾到 Candide 的英文引文。裏沢来电：銭餡堂起火，菅本追犯人去了。
第三章 消失のエクレア
律樹循电话铃声找到被蒙面人持刀压住的菅本，用长伞击伤对方左臂。犯人逃过转角，律樹约 6 秒后追上，却已不见踪迹。左侧高网外是水渠与稻田，右侧是高墙和无法迅速攀入的窗，也没人听见落水声或看见有人从巷口跑出。住谷车中的旧偶像唱片让律樹想到黒宮：组合中心成员与他颇为相像，约 10 年前遭粉丝刺杀。住谷还提到 8 年前的连环绑架案，逃脱后力竭身亡的祠堂怜美曾被土塊圭子“预言”遭遇，纵火案中被烧的马像正是她的供物。住谷送给律樹一颗糖，劝她把自己的“甘甜”分给那些与现实抗争的人。
电视报道，水道局爆破案嫌犯已经落网，现场炸弹仍未找到。菅本拿出朋友跟踪黒宮拍下的照片：他频繁与成年男子见面，收取大笔现金，阅读水道局平面图。菅本武断地把这些线索串成性交易与爆破嫌疑，甚至查到黒宮独居在城郊的单间。她又根据纵火大多发生在放学后，暑假后频率突然增加，判断犯人是学生，再拿出昨夜纵火犯遗落的学ラン纽扣，将嫌疑进一步指向黒宮。协助调查的倉石三依浑身是血地冲进店里倒下。据裏沢转述，倉石过马路时被闯红灯的车撞伤，手机也摔坏，只能步行到附近求救。她始终有意识，却说肇事车随后“消失”了，警方调取附近监控也没找到那辆车。由于事故地点就在纵火犯消失的巷子附近，律樹一度怀疑两次“消失”属于同一种手法。她重返现场，巷边金属网高约 2.5 米，十分牢固，攀爬时也不太发声，却有四处网眼明显松动。水渠对岸的森林至少相隔 5 米，稻田深处还落着一块白布。
桜庭提醒她，巷子对面的森林与学校后山其实是同一座山，因此植被也应相同。稻田里的白布可能并非衣物，而是一张吊床。谈话中，律樹突然发现读不懂桜庭的口型。筆野提到，漫画小组曾用过会旋转的吊床和用橡胶弹弓。她无意间提到要去探望 C（倉石），律樹这才把 ABC 水没案重新接上纵火案。B 的平板中存有 7 月 29 日拍摄的后山照片，而当天恰好发生了后山瀑布招牌纵火。如果 C（倉石）当时也在现场，她就可能担心被 B 拍下照片，所以想毁掉 B 的平板，却故意连三台平板一起浸水，以分散目标和动机。菅本发来消息，要去公园见倉石，她能提供犯人线索。医院通知倉石擅自离院失踪。
律樹赶到牧场公园，刚提醒菅本和裏沢中计，倉石便从游具顶部现身，把汽油泼向三人，也浇在自己身上，准备同时烧掉对应“牛”的牧场公园和对应“子”的孩子们。律樹挡在朋友身前，倉石仍点燃火柴丢下，黒宮及时出现，徒手把火焰握灭。警方赶到，将倉石逮捕。
朋友们不原谅倉石纵火杀人，却仍愿陪她面对以后。黒宮和律樹约好两天后去甜品地图上的最后一家店。黒宮吃下一口栗子挞后，忽然发抖流泪，匆匆离开。两天后，黒宮失约。
第四章 最善のドーナツ
甜品店最后一站 _Almanac_ 原来是筆野家的店。筆野说，黒宮曾独自在这里查看相似双胞胎女孩的照片和建筑图纸，转学手续也是由警察陪同办理。黒宮转学第一天就能准确叫出同学，却经常认错教师，手帐里还画满全校教师的鞋子，认住谷时首先确认的也是“红凉鞋”。他的甜品地图刻意排除了几家更著名的老店，入选六家店的店长却恰好都是 43 岁。律樹按菅本照片上的地点逐一走访，把整个夏天写成“回忆录”，重新检查所有未解伏线。数日后，她来到距学校 12 站的一家小咖啡馆，老店长一眼认出黒宮，拿出他遗落的三人合照。黒宮曾替店长找回在山中失踪的双胞胎孙女，他其实是协助警方解决案件的侦探，以办案作为交换，取得 8 年前未解决诱拐案的资料。律樹终于读完手帐里的“遗书”：署名祠堂怜美，记载凶手是 35 岁男子，约 180 厘米，擅长料理，带着孩子，每隔 4 个月杀死两三名女孩，再补进新人——那根本不是黒宮的遗书。此前照片里的成年男子、现金、双胞胎照片、水道局图纸，也就分别可以解释为委托人、报酬、调查资料。她查到水道局一带当天降水概率九成，暂时认为，黒宮在晴朗的时和市打电话时传来的雨声，也可能来自他外出办案的地点。
黒宮独居的房间几乎没有生活痕迹，只有铺满墙地的惨案资料、遗体照片、血迹斑斑的绷带、医用缝合器、一只破旧睡袋。律樹翻完 8 年前诱拐案的旧报，意识到黒宮可能打算独自了结一切，正好撞见前来送资料的住谷，立刻要求她开车赶往“猿と猫”。途中，车在拐角前急刹，路上倒着一个女孩，正是失踪已久的花見。她脸上覆盖着几乎遮掉原貌的浓妆，眼旁还有缝合痕，仿佛曾被人为改变容貌。住谷留下照顾花見，呼叫救护车，律樹独自冲进“猿と猫”，顺手拿起炉上正在加热的平底锅防身。二楼房间里，店长已经死亡，他手中仍握着刀，胸口却插着另一把刀，四周散落着糖果、餐具、一枚医用订书针。律樹检查房门内侧的旋钮锁，关门转动把手，确认上锁，再循着后门一路留下的血迹，向山中的废墟追去。
本作以校园日常中的恶作剧、怪谈、失踪与连环纵火为入口，让几个看似独立的小谜题逐渐牵出更久远沉重的事件，甜品地图、手帐、鞋子、雨声、照片等细碎伏线得到了新的解释。前半部的物理诡计颇有少年推理的轻快趣味，后半部推向人物关系和成长议题。少年侦探的行动能力与警方关系需要接受一定类型小说式的夸张，几个单元案件的完成度不完全均衡，有些更像为终局铺设的拼图。