【引子】26 年前，夜见山北中学三年三班一位受欢迎的学生“misaki”意外身亡。无法接受此事的师生们决定假装 ta 依然在世，一直将此“戏剧”维持到毕业。毕业典礼上，学校甚至为 ta 准备了座位。在冲洗出来的毕业合照上，早已死去的 misaki 竟出现在照片的角落里，脸上带着惨淡的笑容。
榊原恒一因父亲前往印度工作，搬到夜见山市与外祖父母同住。他即将转入夜见山北中学（简称“夜见北”），却因气胸复发而住院，他的阿姨怜子前来探望。恒一的母亲理津子已故，怜子是理津子的妹妹，二人都毕业于夜见山北中学。恒一在医院电梯里遇到了一位身穿夜见北校服的同龄少女，左眼戴着白色眼罩。电梯正下行至 B2 层太平间，少女称要去给在那儿等待的“可怜的半身”送东西，告诉恒一自己的名字是见崎鸣。
恒一在三年三班开学第一天，就发现教室里弥漫着一种不自然的紧张和死寂的氛围。他看到见崎鸣坐在后排，但所有人都无视她的存在，而且她在课间休息时会消失不见。班长风见智彦、樱木由佳利、敕使河原直哉带他参观校园时，敕使河原特意询问恒一是否相信诅咒。恒一主动接近见崎鸣，但她警告他“说不定已经开始了”，让他小心。体育课时，恒一看到鸣独自一人在 C 号楼的屋顶上，便上去与她谈话。鸣说三年三班是离死亡最近的班级，还提到去年在神户发生的一起名为“酒鬼蔷薇圣斗”的少年犯罪案件，其中的犯人也姓“榊原”，恒一承认因此在之前的学校受到了同学的排挤。鸣警告恒一不要接近自己。
恒一在旧校舍“0 号馆”的美术课上与美术部的同学望月优矢交流，而见崎鸣缺席了这堂课。课后，恒一在“0 号馆”的第二图书室里找到了鸣，她正在画一个球体关节人偶，图书管理员千曳老师催促恒一离开。几天后，恒一在街上闲逛，发现了一家名为“夜见的黄昏下，空洞的苍之瞳”的人偶馆。恒一询问护士水野沙苗，在他与鸣初遇的 4 月 27 日，医院是否有人去世，水野确认有一个名叫“misaki”或“masaki”的女孩去世。
恒一再次来到人偶馆，在地下室里发现了一个陈列着人偶部件的诡异空间，其深处有一口黑色棺材，里面躺着一个与见崎鸣一模一样的人偶。真正的见崎鸣从棺材后现身，解释说那个人偶只是她的“一半”，说着摘下眼罩，露出了她的左眼。那是一只人偶义眼，一颗“空洞的苍之瞳”。她说戴眼罩是因为这只眼睛能让她看到一些“最好看不见的东西”。她随后复述了 26 年前关于“misaki”的传说，神秘地补充说这仅仅是故事的开场白。
恒一从外婆和怜子阿姨处得知，他的母亲理津子确实是 26 年前被诅咒的三年三班的学生。在学校，包括副班主任三神老师在内的所有师生，在提及班级历史时都表现得极度回避。敕使河原打电话给恒一，警告他不要和“不存在的人”来往。5 月 26 日，期中考试的第二天，学校接到紧急通知，樱木由佳利的母亲遭遇严重车祸。惊慌失措的樱木被允许提前离开考场，当她跑出教室时，在走廊上看到了正在交谈的恒一和见崎鸣。她惊恐地停下脚步，随即转身跑向相反方向的西侧楼梯。片刻之后，楼梯间传来一声尖叫。恒一赶到西侧楼梯的平台，发现樱木在湿滑的楼梯上失足滑倒，下落时被自己携带的雨伞尖端刺穿了喉咙。当晚，她的母亲也在医院去世。
【插叙】班级学生讨论了樱木由佳利母女的死亡事件，提到了三年三班的“诅咒”始于 26 年前一个叫 misaki 的学生。他们知道今年是“发生之年”，这意味着一旦死亡开始，每个月都会有与班级相关的学生或直系亲属死去。
恒一受到樱木之死的冲击，气胸轻微复发，缺席了一周课。6 月 2 日，他与护士水野沙苗见面，得知水野的弟弟水野武就在恒一的班上。水野武对班级的秘密讳莫如深，坚称班上不存在名叫见崎鸣的学生。当天下午，恒一在人偶馆再次遇到同样逃学的鸣。鸣相信“灾厄”是真实存在的，而且已经开始，樱木的死证实了她的怀疑。第二天返校后，恒一就诅咒之事质问敕使河原，但对方以“情况变了”为由拒绝解释。恒一接到水野护士从医院屋顶上打来的紧急电话，说她弟弟仍然坚称班上没有见崎鸣这个人。就在通话时，恒一从电话里听到了奇怪的重物坠落声，水野在电话断线前一刻发出痛苦的呻吟。
水野沙苗的死因被证实是电梯坠落事故，警方也因此向榊原恒一了解了通话情况。恒一返校后，发现整个班级都陷入了压抑的氛围。见崎鸣迟到，进入教室时，包括久保寺老师在内的所有人，都仿佛她不存在一般彻底无视。恒一主动与鸣交谈，发现她对水野姐姐的死讯并不意外。随后，恒一发现自己也成了被全班同学集体无视的对象。他在鸣的陈旧课桌上发现了“‘死者’是谁——？”的刻字。为了查明真相，恒一前往第二图书室查阅旧毕业纪念册，确认了母亲理津子确是当年三年三班的学生，而当年的班主任正是现在的图书管理员千曳老师。恒一从警方处得知了电梯事故的细节，从班长赤泽泉美等人的态度中，明白了班级已经将他视为“不存在的人”。同学高林郁夫因心脏病发作在家中猝死。
望月优矢偷偷提供了一份班级名册复印件，上面鸣的住址（人偶馆）和电话被划掉，但仍可辨认。在鸣的家中，她向恒一详细解释了“灾厄”的真相：在“发生之年”，会有一个额外的“死者”混入班级，导致每个月都有人死亡。“对策”就是将班上一名学生当作“不存在之人”，以“凑齐人数”，期望能中止灾厄。恒一与她接触破坏了原先只针对她一人的对策，因此班级决定将恒一也变成“不存在之人”，希望“双重”的对策能更有效。当晚，恒一接到父亲从印度打来的电话，父亲无意中提到恒一“一年半以前”也在夜见山，但恒一对此毫无记忆。
恒一和鸣开始了作为“不存在之人”的共同生活，他们经常在学校屋顶独处，关系日益紧密。鸣透露她一年级时曾和望月一起参加过美术社。两人探访美术社活动室，鸣找到了自己过去画的一幅她母亲雾果的怪异肖像。在第二图书室，千曳老师向他们完整地揭示了他与“灾厄”的渊源。26 年前，班级假装已故男同学夜见山岬仍然在世，导致“死者”出现在毕业照中，开启了“通往死亡的大门”。每年混入班级的“另一个人”，其真实身份是往年因同一“现象”而死亡的牺牲者中的随机一位，而“灾厄”的影响范围则为班级成员及其二代以内的直系亲属（父母、祖父母、兄弟姐妹），且地域上似乎局限于夜见山市内。1987 年，三年级学生在前往修学旅行的途中遭遇了一场惨烈的巴士车祸，一名老师和六名学生当场死亡。他确认，将学生设为“不存在之人”的对策在过去成败参半。恒一问起母亲去世的 1983 年，千曳确认那年也是“发生之年”，而怜子阿姨就在那个班级里。在明确了“灾厄”的规则和“对策”的原理后，恒一和鸣的关系进入了一个新的阶段。他们不再被外界的无视所困扰，反而在这份被隔绝的孤独中找到了一种独特的自由与平静。
7 月来临，鸣从往届学姐处得知，两年前的“不存在之人”佐久间同学因无法承受压力而打破规则，最终自杀身亡，成为当年的牺牲者之一。恒一再次向怜子追问十五年前的事，怜子承认那年是“发生之年”，但坚称“灾厄”在暑假因某种原因中途停止了，只是她已记不清具体缘由。鸣向恒一讲述了自己“人偶之眼”的来历：她四岁时因肿瘤摘除左眼，作为人偶师的母亲雾果为她制作了这只特别的义眼，说它能看到“不该看的东西”。7 月 13 日，班主任久保寺老师精神恍惚地进入教室，在全班同学惊恐的注视下，用刀刺入自己的脖颈，自杀身亡。事后发现，他在来学校前已在家中杀害了自己久病的母亲。母子二人被视为“7 月的死者”，以新任班长赤泽泉美为首的班级彻底认定“双重不存在”的对策已经完全失败。
【插叙】学期初，三年三班的学生曾庆幸今年是“没有之年”，但在恒一转来后开始恐慌。他们在班会中决定从 5 月开始，将见崎鸣作为“不存在之人”，并获得了她的同意。在恒一与鸣接触后，他们陷入了两难，既没能及时向恒一说明规则，又抱着侥幸心理，希望若 5 月平安度过，就证明今年并非“发生之年”，从而不必再执行对策。
久保寺老师的公开自杀彻底宣告了“不存在之人”对策的失败，班级随之放弃了这一惯例。以敕使河原为首的同学们开始重新与恒一和鸣交流。班级因现场封锁而搬到 B 号馆的空教室，许多学生因受惊吓而持续缺席。大家猜测，部分同学可能会在暑假期间逃离夜见山市以躲避灾厄。在一次谈话中，敕使河原开玩笑地猜测鸣可能就是“另一个人”，这使得“死者是谁？”这一问题变得更加具体和紧迫。恒一再次向怜子追问 15 年前的往事，怜子模糊地回忆起，当年的“灾厄”似乎是在一次于夜见山中举行的班级合宿期间中途停止的。暑假前的最后一天，代理班主任三神老师宣布，将于 8 月 8-10 日在夜见山的咲谷纪念馆举行为期三天的班级合宿。
【插叙】班上许多同学起初害怕参加合宿，认为待在家中更安全，但随后有传言称，合宿的目的是前往夜见山神社举行仪式以中止“灾厄”，且十五年前曾有过成功先例，这说服了一部分学生参加。
7 月 27 日母亲忌日，恒一与父亲通话，父亲提及母亲理津子初中时有一张“恐怖的合照”，因为不想留在身边而放在了夜见山的老家。恒一应邀与敕使河原和望月在望月的异母姐姐猪濑知香经营的咖啡馆见面。知香透露，店里的常客松永克巳正是 1983 年三年三班的学生，他曾在醉酒后含糊不清地念叨自己“拯救了大家”，“在教室里留下了东西”。三人因此决定前往旧校舍寻找线索。恒一将此事告知鸣，鸣因家庭旅行无法同行，但她揭示了一个秘密：她的本名是藤冈鸣，幼时被过继给见崎家，人偶馆棺材中的人偶是她夭折的双胞胎妹妹藤冈未咲。7 月 30 日，恒一、敕使河原、望月潜入旧校舍的教室，在扫除工具箱的顶部找到了一盘严密包裹的录音带。
【插叙】松永克巳于 1983 年 8 月 20 日录下了当年合宿的经历。8 月 9 日，全班前往夜见山神社参拜，但未能中止“灾厄”，返程途中，一名同学被雷电击中身亡，另一名同学坠崖身亡。回到合宿点后，极度恐慌的松永与另一名男同学发生争执，在扭打中意外杀死了对方。然而第二天早上，尸体消失不见，所有师生都失去了对那名男同学的记忆，仿佛他从未存在过。松永由此意识到，自己杀死的人正是当年的“另一个人”，他的无心之举“让死者回归死亡”，从而中止了当年的“灾厄”。他录下这段证言，是希望在自己的记忆完全消失前，为后人留下中止“灾厄”的唯一方法。
8 月 8 日，合宿在咲谷纪念馆开始，包括恒一、鸣、三神老师在内的 15 人参加。恒一、敕使河原、望月三人保守着磁带的秘密——唯一能中止灾厄的方法，就是找出并杀死“另一个人”。恒一将母亲留下的“灵异照片”展示给鸣，鸣用她的“人偶之眼”确认，照片中的夜见山岬身上带有“死亡的颜色”，她也再次注意到了恒一的母亲理津子与阿姨怜子极为相像。
合宿当晚，灾难爆发。赤泽泉美公开指责鸣，认为是她没有遵守规则才导致了灾厄。争执中，和久井同学哮喘发作，但电话和手机都没有信号，无法求救，千曳老师只能开车送他去医院。与此同时，敕使河原因误判风见是“另一个人”而与他发生争执，失手将其推下二楼阳台。恒一发现管理员沼田先生被杀，厨房燃起大火，而同学前岛也被刺成重伤。纵火行凶者是管理员的妻子沼田太太，她因外孙高林（6 月的死者）之死而精神崩溃。沼田太太持刀在火场中疯狂行凶，导致多名学生死亡，其中包括在与她搏斗时从阳台坠亡的赤泽泉美。在千钧一发之际，及时返回的千曳制服了沼田太太。恒一接到鸣的电话，得知她已在小屋旁制住了被爆炸后掉落的木材压住的“另一个人”。恒一赶到现场，鸣用她的义眼确认，被困者身上有“死亡的颜色”，此人的身份让恒一彻底崩溃。
与其说是本格推理，不如说是 B 级恐怖。关于记忆的超自然设定投机取巧，削弱了推理的严谨性，虽然有一些伏线回收，但逻辑上整体欠缺说服力，也没有解释“灾厄”的根本原因。
