【楔子一】北宋熙宁五年，东京城内上演了一出名为“司马光砸缸”的童子戏。一名紫衣男童试图砸缸救人，却发现那大瓮非陶土烧制而是铁铸，石头砸上去反倒裂开。瓮中水沸腾恶臭，救出的童尸竟化作青面獠牙的“旱魃”，不仅烫伤戏班班主，还展现出惊人的弹跳力，飞檐走壁消失，所过之处槐树枯死。现场的邋遢儒士与华服公子发现铁瓮内刻有“熙宁二年九月初四，江宁府造”字样，正对应王安石变法推行青苗法的时间。此事被编成儿歌在京城传唱，暗讽新法如铁瓮困民，招致旱灾。宋神宗赵顼虽然表面支持王安石变法，暗中却命皇城司调查此事。
【楔子二】熙宁五年芒种，安济坊百福楼慈善拍卖西晋巨富石崇的旧物，拍品包括一尊胯下骑貔貅的赵公明财神像、一幅描绘石崇手托墨玉貔貅斗富的画作、一只放在木匣中的墨玉貔貅。据称貔貅只进不出，最能聚财。墨玉貔貅竞拍成交，主持人揭开红绸，只见木匣剧烈震动，喷吐云气，伴随怪叫嘶吼。待异象平息，坊主弥心打开木匣，里面的墨玉貔貅竟凭空消失。
熙宁六年腊月初八，德水书坊突发火灾，烧毁了正赶印的《周礼义》雕版与新书。为赶在十二天后向国子监交货，书坊东家胡安国请来司天监司历云济（字知白）救急。云济利用过目不忘的记忆力和改进的陶瓷活字印刷术，通过独特的反向检字法极大提高了效率，如期完成任务。庆功宴上，胡安国女儿胡惜雪的未婚夫郭闻志前来提亲，献上一只自称得自乞丐的墨玉貔貅，却遭到胡安国刁难羞辱。云济醉酒留宿胡府，胡家幼子胡小胖带他偷看家中佛堂，云济惊见一尊观音菩萨像腹部隆起如怀胎，且伴有女子呻吟声和腹部蠕动。已分发给太学生和官员的五千套《周礼义》中，第二册第 63、64 页内容竟被替换为《安定郡王府郡主失踪实录》，其中揭露真珠郡主于上元节被拐，王府为了隐瞒真相，伪造了她的死讯。
皇城司童贯与国子监介入调查。云济闻到了纸边残留的脂粉香气，又在德水书坊的火场废墟中发现了带有唇印的酒坛碎片，推断作案者为一嗜酒且武艺高强的年轻女子。经胡惜雪辨认，嫌疑人锁定为其密友——名将狄青之孙狄依依。云济追踪至姜宅园子，找到狄依依，当众揭露了其诡计手法。
狄依依坦承罪行，意在利用舆论逼迫官府寻找被拐的真珠郡主。云济为借助狄依依的武力查案，与其立下赌约斗酒。云济通过计算狄依依出各根手指的概率，在拇战中取胜，又利用规则漏洞，将自己的大盏扣在狄依依的小盏上，让她无法喝掉最后一盅酒，从而赢得了比快喝酒环节，最后不胜酒力醉倒。狄依依佩服其智谋，同意协助查案。云济透露自己患有将万物视为数据、无法遗忘、恐惧与女子接触的怪病。云济、狄依依、狄依依之兄狄钟三人一同前往陈留县，探访涉嫌购买人口的国舅爷寿光侯高士毅。云济设计让狄依依假扮被拐女子，通过线人张黑大“卖”入高府做内应。狄依依潜入高府，发现府内种满廉价蔬菜，极其吝啬，而此时的高士毅正卧病在床，其腹部因无法排泄而异常隆起，布满纹路，如孕妇一般痛苦呻吟。
安济坊坊主弥心携高僧方慧来访。高士毅吐露，他曾购得一只与安济坊拍卖会上消失之物相似的墨玉貔貅，此后便患上“貔貅刑”，秽门闭合，只进不出。他听信弥心弃徒邱远的建议，设局将貔貅通过郭闻志转送给胡安国，病情虽有好转，但仍受便秘折磨，送走的貔貅竟多次诡异地自动回到其卧房的锁柜中。弥心答应为其治病，方慧劝其积德。狄依依从名为飞荷的大丫环处得知自己冒充的“雪柳”原是胡安国卖给高家的侍妾，因被火盆毁容，惊吓了高家长媳吴氏致其病亡，已被退回胡家。狄依依夜探云济，云济利用“变身镜”的视觉效果克服恐女症，为狄依依的脚踝上药。
次日，狄依依不堪受辱，打晕老仆，躲入大衙内高公洁的院落。高公洁误以为狄依依是毁容回归的真雪柳，竟当着幼女艾艾的面持刀行凶，被狄依依制服。当晚，二衙内高公净伙同飞荷迷晕狄依依，意图不轨，狄依依将二人反绑，却因误饮迷药无力反抗。此时一黑影闯入，因黑暗误将床上的飞荷当作狄依依（雪柳）刺死，逃跑时崴脚并割伤手。狄依依引爆云济给的“悄悄话”讯号球，云济等人炸墙而入。云济通过现场痕迹推断凶手是高府内部人员，且右手右脚受伤。排查时，大衙内高公洁坐轮椅出现，声称自己烫伤手摔伤脚，紧接着十余名家丁也声称因台阶损坏而摔伤手脚，显然是高府上下集体为凶手掩饰。云济假借寻找凶手衣物碎片试探，发现高公洁下意识查看自己衣角，从而锁定了真凶。高府半夜又传遭窃，高士毅声称丢失百颗金豆，意在转移视线。云济识破此乃伪造现场，未予揭穿。次日清晨，狄依依依计当众激怒高公洁，谎称飞荷与其有染，怀有身孕。高公洁受激失言，承认自己要杀的并非飞荷，而是“雪柳”，动机是为亡妻吴氏复仇。弥心为保全高家颜面，称高公洁是因过于思念亡妻，被邪魔附体，才失手杀人。云济为换取高家释放被拐卖的八名女子，默许了“中邪”说，令正直的郑侠大为不满。
高府再发奇案：高士毅卧房中的铜黄大锁完好无损，但柜内二十三件珍宝不翼而飞，唯独那只墨玉貔貅又诡异地回到了柜中。大锁由名匠“椒图王”打造，钥匙仅有一把，无法破解。云济查出案发时众人动向，因时间差无法破解密室盗窃手法。回程途中，云济讲述了父亲云深的悲惨往事。身为递铺铺兵的父亲曾冲入火场救出一名潜火兵，却因此烧毁了负责押送的急递公文，虽有救人之功，仍因触犯律法被判刺配，终因伤病死于流放途中。这解释了为何云济在人命与法度间选择了妥协。
新年伊始，郭闻志当街拦下宰相王安石，状告胡安国悔婚，其子王雱将其喝退。云济等人受邀至胡安国家看戏，台上彩戏师表演“大变活人”，云济识破柜子内部有对角隔板的机关，受此启发，似乎参透了高家密室盗窃案的手法。戏中钻出的“旱魃”形象让他联想到之前的“旱魃化身”传闻。宴席上一道道精致的素斋菜名与云济之前在高家吃的完全一致，他询问胡家的厨师，得知菜谱是失踪的真珠郡主所创，但高家的厨师透露高家的素斋是“雪柳”教他做的，说明二人之间有隐藏联系。云济从胡小胖口中得知雪柳早在春末夏初便已回胡家安胎，这与高家娘子“秋天被雪柳惊吓”的时间线相悖。云济装醉留宿胡府，夜探佛堂，发现观音像腹部有机关暗格。他与狄依依跟踪胡家宁管事，至一废弃糖坊，狄依依潜入屋内，发现里面藏有一蒙面女子和婴儿。狄依依被一名身手不凡的跛脚军汉发现，二人短暂交手，狄依依利用酒囊暗器成功脱身。
云济探访胡安国，得知他也患上了“貔貅刑”，每日仅靠服用一种名为“大悲散”的白色药粉充饥。正巧安济坊弃徒邱远来访，建议胡安国开仓放粮，以解灾厄。云济通过模仿高家的墨玉貔貅画作博取信任，暗示胡安国可将貔貅转嫁给更有钱的人。狄依依告知云济昨夜在糖坊的遭遇。云济为查清真相，决定再赴陈留高家，途中二人发现被人跟踪。夜宿高家时，云济谎称井中有神兽，让狄依依用涂了煤灰的秤砣去钓，当狄依依拿出秤砣时，漏出的煤灰洒满了井口周围。事后云济带狄依依回到井边，通过煤灰上的脚印确认跟踪者正是那名跛脚军汉。这证实了胡安国虽然表面求助，背地里却派高手暗中调查貔貅刑的源头。云济在高家召集众人，破解了高士毅珍宝失窃案。
云济重审飞荷被杀案。他当众指出高公净与飞荷有染，甚至与父亲的姬妾雪柳私通，致其怀孕。此前，为了掩盖这一丑闻，高公净在飞荷的教唆下，诬陷大嫂吴氏勾引自己。高士毅信以为真，屡次辱骂儿媳，致使吴氏含冤病逝。高公洁得知真相后，在佛堂痛殴弟弟。云济进而推断，高公洁之所以要在佛堂设下两份碗筷，并非如他所说是为了缅怀亡妻，而是因为佛堂密室中囚禁着真珠郡主（即第二个“雪柳”）。然而，就在云济试图开启佛像机关时，却发现高家的弥勒像虽有抽屉，却无密室入口。此时沈括派人传来消息，真珠郡主已经在郊外找到，云济推断落空。回京途中，云济应沈括之邀前往延丰仓协助核查账目，期间展示了过目不忘的本领，发现账目虽有违规，但无大碍。众人在延丰仓见识了一名擅长口技的庾吏徐老三，他模仿凶猛黑猫“黑将军”的叫声吓退了野狗。夜里，云济在院中险些跌入枯井，隐约看到了一双绿色的眼睛。
上元节灯会，狄依依告知云济，安定郡王因贪图陪葬品，派人盗掘了自家为真珠立的假坟，结果真珠归来，此事沦为笑柄。云济感叹厚葬与藏金之弊，认为钱财流通方为正道。两人共游御街，狄依依立誓要为真珠报仇。胡安国为讨好官家，献上名为“五谷丰灯”的巨型灯山，赵顼龙颜大悦，钦点其为灯魁，置于宣德门前。然而，灯山在众目睽睽之下突然崩塌，触发内部机关，射出无数烟火鸟雀，最后射出一个彩球落入城楼皇室眷属之中，破裂后滚出一颗人头，竟是曾拦轿告御状的郭闻志。胡家因此全家下狱。云济与郑侠、王雱等人汇合，得知郭闻志的人头牵涉到延丰仓旧账，但云济坚称账目无大问题。
资政殿学士王韶的五岁幼子王案在灯会上走失。当时一名戴着猪头面具的驼背人招呼王案进入一间旋转象灯小屋，旋转几圈后，屋门打开却空无一人，孩子凭空消失。云济和狄依依等人赶到现场勘查，破解了密室消失之谜。
众人顺藤摸瓜，查到名为“云机园”的戏班有重大嫌疑，该戏班正是两年前上演“旱魃现世”的地方。云济在戏班驻地发现铁瓮积尘下有一寸来厚的水垢，传说该瓮只煮过一次水，不可能产生如此厚重的水垢。被拐的五岁神童王案凭借机智，在半途呼救惊走人贩子，被大太监石得一救回宫中。王案告知皇帝，他在人贩子后领上别了一根五彩“长命线”作为标记。石得一根据这一线索，率皇城司在酒肆中抓获了正与人饮酒赌博的驼背人贩子。案件看似告破，但云济隐约觉得此事另有蹊跷。
云济在开封府大牢质问胡安国，胡安国承认因“貔貅刑”，曾派人绑架郭闻志逼问墨玉貔貅的来历，但郭闻志次日逃脱，此后再无消息。胡安国虽承认绑架，却坚决否认杀人，也未将郭的头颅放入灯山，他声称灯山制作全权委托给了宁管事和“灯笼黄”。“灯笼黄”作坊失火，云济等人追踪火场的车辙一路来到汴河，发现有人乘船沿河抛撒盐钞。他们登上船，在满是盐钞的船舱内发现了郭闻志的无头尸体。云济通过尸体旁的木匣底纹，确认其正是高士毅失窃的珍宝匣，推断郭闻志与高家失窃案有关。河面上一艘官船放话，说今日延丰仓无粮可放，引发恐慌。人们传说延丰仓来了一头巨大的黑色貔貅，将延丰仓内的粮食和钱财吞噬一空。云济等人赶往延丰仓，得知仓内百万石粮食离奇消失，现场留有巨大兽足印和破坏痕迹，众多目击者声称看到巨兽貔貅吞粮后飞升。
朝堂上，众臣因延丰仓失粮一事争执不休，有人借机攻讦新法。皇帝赵顼下令沈括十五日内解决粮食危机。云济在沈府偶遇前来做客的刘轶之妻刘二娘子，得知她家养了一只名叫“黑将军”的凶猛黑猫，并为其制作了鱼鳞甲胄。云济联想到延丰仓的“黑色貔貅”传闻，心中起疑。次日，云济和狄依依探访刘家，得知黑将军已失踪。回家途中，郑侠带来一只身穿鱼鳞甲的黑猫，正是他从贩鸟小贩处救下的“黑将军”。云济与郑侠分析后，推断所谓的“貔貅夺粮”实为人为制造的幻象。郑侠激愤之下，前往开封府衙击鼓鸣冤，状告延丰仓官员监守自盗。
仓监刘轶反驳，一夜之间搬空百万石粮食绝非人力可为，列举了所需的人力物力数据。郑侠无法解释粮食去向，知府孙永将指控以闹剧收场。云济明知有诈，也只能暂时隐忍。事后，云济来到开封府，得知工匠“灯笼黄”坚决否认在灯山中动了手脚，而一个名叫“灯芯儿”的戏子曾从“灯笼黄”处学到了造灯秘技，并且有机会单独接触灯山。
云济和狄依依夜探安济坊，意外发现本应在家的杨昭已剃度成为福道徒，法号恒青。杨昭坦言不想接受家族安排的婚事和仕途，所以出家，上元节那天是受师父弥心之命，回家了断尘缘。云济在先贤堂发现神像风格与胡、高两家佛像一致，偶遇了一名脾气古怪的工匠“泥神张”。二人拜访坊主弥心，得知弃徒邱远曾试图割取祖师遗蜕，售卖致畸禁药，因此被逐出师门，是个丧心病狂的惯犯。云济带狄依依去验郭闻志的头颅，发现其头顶有锥形创口。二人重返汴河那艘千石船，云济指出船上倒塌的人字桅顶端的锥形铆钉即为凶器，推断凶手必然身形极高，不仅能在这个高度造成致命伤，还能将郭闻志举起撞向桅杆，从而锁定了身材高大的邱远。二人赶往胡家佛堂捉拿邱远，却发现观音像机关被毁，露出通往地下密室的洞口。二人跳入密室，发现邱远正抱着一名疑似真珠郡主的憔悴女子，四人当场对峙。
作者巧妙地利用北宋熙宁变法这一宏大历史背景，以“貔貅”这一象征财富与贪婪的神兽为引子，构建了一个层层嵌套、环环相扣的复杂谜局。小说不仅还原了北宋东京城的繁华与市井百态，更揭示了变法时期新旧党争、官商勾结、民生疾苦等社会现实，王安石、沈括、郑侠等历史人物的登场增添了厚重的历史感。虽然故事背景设定在古代，核心诡计仍遵从现代的逻辑和科学，展现了不同于传统公案小说的理性推理魅力。“貔貅刑”这一核心意象贯穿始终，既是具体的生理折磨，更是对贪官污吏、豪商巨贾贪得无厌本性的绝妙讽刺。主人公云济与狄依依的互动为沉重的案情增添了一抹亮色。