薫回顾家庭惨案及自己与父亲司的关系。母亲遇害后，薫第一次因父亲戴白狼面具逗他而大笑。大学毕业离家前，薫在壁橱深处重见白狼面具。父亲大四时曾与他的养母高倉珠々参加白狼祭。那年 12 月，珠々家失火，火场发现一具与她相符的遗体，但父亲却始终不相信她已死亡。薫搬到札幌，某日出门散心，在河边店铺买了一张白狼面具。店里的女主人叫ユイ，帮他联络了一家旅馆。薫入住那美川温泉瀬音馆，在浴场门口瞥见一名老妇左锁骨下的紫丁香刺青。
17 年前薫 6 岁那年某夜，薫被黑猫ちーこ的叫声惊醒。母亲塞给薫手机，嘱咐出事便拨快捷键找父亲，随即下楼，不久便发出惨叫。薫目睹她与陌生男人搏斗后被推倒，薫哭着给父亲打电话，不久警车赶来。母亲、外祖母、ちーこ均遇害，凶手男子也被母亲用铁锹打死。父亲带薫改姓相原、搬到东京，从此几乎只为我而活。
回到瀬音馆时，一名刺青遍身的白发巨汉堵在入口。凌晨 2 点多，薫在走廊听见巨汉提到野猪锅和雉子锅。早餐的厚蛋烧与父亲所做一模一样。新闻旧影像中，星姓前暴力团组长宅内探出白色与淡紫色两株紫丁香，又让薫想起老妇的刺青。第二天早上，薫跟随老板娘赶到河滩，发现刺青老妇与白发巨汉身穿瀬音馆浴衣，牵手仰躺着，巨汉的颈部满是鲜血。薫接受警方问讯，当天退房离开，回到东京才得知父亲只剩下半年寿命。薫整理储藏室时翻出一副署名“TAKAO K”的祖母珠々肖像，她左锁骨下画着一枝紫丁香，每朵小花均为五瓣，位置和颜色都与河滩死者的刺青相近。电视报道 85 岁的早坂龍介勒死一名 70 岁女性后用刀自尽，父亲说他是祖母旧友，推测祖母的刺青也出自其手。报道说，早坂留下遗书，说要替旧识“恢复干净漂亮的身体”，死者左胸被切烂，显然是为了毁掉刺青。薫怀疑她是本应死于火灾的珠々，却担心弄错伤害临终的父亲，始终没有联络警方。
11 月初，父亲带薫到根津查看珠々从前经营的“紫丁香亭”旧址。小学六年级，隔壁班的青木ひまり在杂货店试涂指甲油。薫看见鲜红的小指甲，眼前尽是母亲的红指甲与飞溅的鲜血。当晚，薫哭着责怪父亲将他束缚，如今却要丢下不管。父亲跪到薫身边，双手逐渐掐紧他的颈部，薫闭眼任他施力。
中二暑假，薫在补习班重遇青木ひまり。她说父亲的过度保护很可怕，薫不愿解释家事，见她脚趾涂红，便谎称看见红指甲会昏迷，装作发作后离开。夏期讲习结束前，薫骑车被黑猫吓得摔伤，一名年长女性来相助，说猫叫むー，叫薫进屋处理伤口，此后薫天天逃课去陪むー玩。夏期讲习最后一天，薫去向她和むー道谢，却发现むー被折断颈骨，一名男人正掐住卷发女人的脖子。薫用西瓜砸他，反被压倒掐住脖子。屋主抱着むー赶回，借救护车警笛掩盖枪声，从帽中取出手枪，击毙了男人。むー爪间有一小块带绿色表皮和血迹的肉，像是从凶手身上抓下，屋主将其丢弃，命薫忘掉一切。当晚薫发起高烧，退烧后果真忘了这个夏天。
父亲松手后，薫想起中二暑假高烧退去时喉咙上的两道瘀痕，当时只以为是他留下的。饭后，他拿出珠々的五本笔记，建议薫写她的一代记。
《月の落胤》写桂三带年幼的珠々经过上野公园，流浪汉ガンちゃん赶走野狗，救下珠々。再次相遇时，桂三见他能凭竹背纹路认出伏牌，得知这种作弊麻将叫“机关牌”。高一秋天，桂三在不忍池畔认识了油画学生日下部高雄。高二秋天，桂三中午逃课，塞给ガンちゃん自己的便当盒。后来高雄送回便当盒，说一名陌生男子告诉他，从一名漂亮男学生手中取得这只便当。ガンちゃん找到稳定工作，改头换面，请求桂三毕业后与他同住。两周后，桂三再来时，得知ガンちゃん被仇家带走，凶多吉少，他失踪在帽檐内侧留下三道短短的血线。珠々捡弹子时不慎被桂三踩到指尖，桂三看到踩红的指尖，联想到麻将机关牌中“一索”的记号是三条平行线。桂三请高雄到古董店和当铺查找“一索”牌。古董店老板高倉武邦称半个月前买到绘有燕子的“一索”牌，觉得桂三酷似自己熟识的妓女夢乃，暗示她能以多种方式赎回。桂三在不忍池畔想起ガンちゃん与高雄。
桂三的母亲花替桂三换上和服，透露桂三的生父名叫満，是她唯一爱过的客人。花因心肌梗塞去世，珠々守在花的遗体旁不肯离开。花的葬礼上，武邦要求桂三“成为夢乃”，桂三为养活珠々，接受了他的庇护。武邦派豪紀接桂三、珠々入住高倉家，他与大柳组关系深厚，足以庇护和控制二人。龍介在宅中担任护卫，学习刺青。两年后，桂三在白丁香盛开的庭园中遇见武邦的外孙大津春峰，取下一朵五瓣丁香相赠，春峰称它象征幸运，夹入手帕珍藏。武邦说自己养过一只美丽凶暴雄孔雀七宝，已经死去。春峰画了一簇五瓣丁香，象征幸福。
机关牌的“一索”花纹通常为孔雀，珠々想起龍介的孔雀刺青。ガンちゃん曾用机关牌赢走别人的宠物孔雀烤食，第二天被人毁掉右手中指报复，而武邦也曾养过孔雀。龍介透露武邦曾逼迫青治用了 1 个月的时间，在他背上刺下孔雀明王。桂三向武邦下毒败露，但武邦并未震怒，反而觉得有趣。武邦逼桂三从松、梅、藤三碗鱼腥草茶中选出一碗来喝，其中一碗掺有氯化汞。藤的十点牌配杜鹃、郭公，珠々由“杜鹃、吐血”猜中毒在藤杯，代桂三喝下安全的松杯。武邦仍索要一根手指，珠々提出改断右脚小趾，桂三当场昏倒。武邦改玩花札“めくり”，第三轮珠々抽到雨燕，本可胜过萩猪，却想到机关牌的“一索”花纹是燕子而非孔雀，花札中的燕子牌是“雨”组，同时又叫“柳”组，所以ガンちゃん帽上的三道血线指向的是大柳组组长武邦。为了不能让桂三看懂，珠々将牌覆在膝上认输，主动将左手小指根部压向匕首。刀刃切入时，武邦喝止，命人急救。
赌局过后，武邦逼珠々成为养女，继承遗产，不然就要重新断指。桂三透露她并非花所生，生母是糸川みよ子，生父为美军士兵。珠々拒绝寻亲，也不肯离开桂三。武邦以养父的权势持续侵犯年仅 13 岁的珠々，称自己若死于意外，她便不能继承遗产。珠々回到学校，大家都畏惧疏远她，只有瀬尾和巳待她如常。珠々告诉和巳，自己喜欢“像在进行光合作用的人”，脑海中想起春峰。春峰得知桂三其实是男人，独自从离屋返回。珠々冲进离屋时，桂三已用长刀切下生殖器，浑身是血，持刀逼近武邦，想要同归于尽。武邦拔出脇差反扑，珠々夺过长刀，斩中武邦的右耳至左肋，却发现其脇差已被换成竹刀。桂三因自残失血死亡，武邦伤口方向符合左撇子桂三挥刀，春峰又谎称目击她行凶，警方最终按桂三同归于尽处理。
昭和 42 年暑假，珠々的中学同学瀬尾和巳来电，哭喊自己要死了。珠々赶到和巳家，见他唇角带伤，身上带着剃须膏气味。和巳哭诉，自己向常来食堂的大学生告白，却被对方辱骂殴打。桂三死后将近 2 年，珠々问起春峰案发当夜究竟是去见谁，春峰承认要见桂三。春峰曾向桂三求婚，桂三却要求春峰在离屋再次向他求婚，或许是要让春峰亲眼看见自己作为武邦妾侍的一面。武邦命令桂三站到被褥上，桂三却招手让春峰靠近，当着他的面解开长襦袢。珠々坦白自己 13 岁起便是武邦妾侍，曾因流产失去子宫，拒绝春峰为此自责。暑假结束前，珠々要求龍介在与桂三相同的锁骨下方位置刺下紫丁香，纪念夭折的孩子。次年 3 月，珠々确认刺青后，要求龍介保管桂三调换下来的真刀，始终磨利。
昭和 44 年，珠々将春峰同母异父妹妹和田玉枝的作文交给和巳，二人决定在学园祭见她。学园祭上，二人看见玉枝的插花“破”：蝴蝶兰刺在剑山上，浸于泥水中，题意直指游女的苦界。春峰向珠々告白求婚，珠々谎称已有恋人，决定毕业后搬出，以划清界限。春峰见到珠々所谓的恋人龍介，说若是龍介，那便无话可说。龍介带珠々看闲置的西餐馆，说桂三生前喜爱此处。珠々决定用遗产向豪紀买下建筑，重开一家安静的餐馆。改装洋馆前，珠々与和巳形式结婚，以应付社会与生意麻烦。珠々开设“紫丁香亭”，录用木内剛，剛独自抚养上小学的儿子司。
春峰携未婚妻陽子到店，珠々送走两人后瘫坐桌旁。2 个月后，春峰与陽子成婚。女实业家篠田频繁光顾“紫丁香亭”，目标似乎是和巳。和巳想在 10 年后和珠々离婚，改与剛在一起，珠々明白他是在等司成年。剛说和巳本就是女人，珠々才明白，她扮作男人只是为了在厨房和家中生存。昭和 56 年，陽子因妊娠中毒症去世，腹中孩子也未能存活。
10 月，春峰带珠々看日下部高雄的《白鸟》，她认出画中凝望白鹭的少年是 17 岁的桂三，却未说破。深夜，警方来电，称一名疑似春峰的人因“事故”送医，要珠々确认身份。警方出示夹在春峰鞋间夹着的纸巾，上面画着五瓣丁香，与“紫丁香亭”的四瓣店徽不同，却和珠々、桂三的刺青相同。次日，珠々在春峰公寓书架角落发现一封剪贴字匿名信，信中指控春峰杀害亲人夺取财产，与监护少女有染。现场没有发现搏斗痕迹，警方按跳楼自杀结案。
昭和 59 年，司满身泥土来访，珠々送他离开后，篠田登门。篠田称刚救下险遭绑架的司，判断和巳因私设赛马债务，已被地下高利贷讨债者盯上，司也成了目标。珠々为花、桂三扫墓时，发现刚有人祭拜过。龍介与豪紀带珠々去看一辆盗用“紫丁香亭”名义出售面包的餐车，豪紀给她 3 天时间与车主交涉。账簿证明和巳与剛挪用营业款买下餐车，收入却未记入“紫丁香亭”账簿。和巳坦白想借店铺训练积累客源，为日后离开“紫丁香亭”做准备。珠々认定这是侵占，命令他立刻停业。和巳告知珠々，剛被豊澤興業绑进仓库，对方索要 1 千万，他的 80 万积蓄已全借给欠赌债的剛。珠々没有给钱，只请豪紀陪同交涉。珠々与豪紀救出被绑的剛，揭穿春峰公寓的怪信是由和巳、剛从赛马报纸剪字拼成，破绽是“母父”（赛马术语）和写错的片假名。鞋间的五瓣丁香速写也不是春峰所画，因为他从不在花心补圆点。和巳辩称匿名信只是希望春峰向珠々求助，旧情复燃，以便自己多分一些遗产。剛用“紫丁香亭”权利证书作为赌债担保，珠々得知后，扭折和巳右手四指，将他逐出。
次日晚，司说父亲一夜未归，店里厨房也毫无备餐痕迹。再一天，珠々见司担心父亲因赌债遇害，提议收养他。此后她为保住“紫丁香亭”，几乎耗尽积蓄。为了抚养司，珠々请豪紀介绍高级会员俱乐部的性接待工作，豪紀警告黑道无法保证安全，她仍接受。珠々把“紫丁香亭”改造为咖啡店“Bell”，进入高级俱乐部 SC，以“Cordelia”之名活动。数年后，司递上还款计划，请珠々资助大学学费，递上还款计划，珠々却不准他提还钱之事。
珠々向高雄展示紫丁香刺青，自称是桂三之女。高雄曾猜想她是经手术成为女性的桂三，得知桂三 24 年前自杀，他失声痛哭，称其为永不忘却的“白鸟”。高雄为桂三扫墓，通过 SC 安排珠々担任模特。司考上大学，搬入学生宿舍。年末，豪紀劝珠々在危险临近前退出 SC，珠々决定做到第二年 3 月。
高雄返回法国前的夏天，一名约 60 岁的生客来到“Bell”，不断偷看珠々。她自称是藤島花旧识和田みよ子，知道珠々后来被高倉家收养。珠々由年龄判断她正是自己的生母，却毫无亲近感，みよ子也未挑明母女关系，趁机离去。第二天早上，みよ子来到珠々家祭奠花，此后常到“Bell”，始终没有承认母女关系。平成 3 年末，病中的みよ子请求珠々，日后若玉枝求助，请与她商谈。玉枝来电告知みよ子去世。通夜上，珠々得知みよ子为偿还玉枝在男娼店欠下的债务，耗尽了全部财产。
3 月，玉枝坦白 2 年前在女性约会俱乐部爱上自称是偶像候补的アヤキ，但母亲患癌后与他失联，事务所也否认有此人。珠々认为他可能因私下交易曝光而被除名。珠々完成 SC 最后一次接待，请豪紀调查男娼アヤキ的生死。3 天后，珠々在男娼名单中确认了アヤキ。珠々化名“Emma”，向男娼カイ打探消息。2 周后，カイ透露アヤキ或藏在房総某个“什么浦”的祖父寺院。春末，珠々从玉枝口中得知アヤキ本名慈王院彰，其祖父的寺院可能在千葉富浦。正月后店休时，珠々独自驾车前往富浦，在海边确认一名拄拐青年正是アヤキ。同年 6 月，豪紀要求珠々在年底前制造消失假象，担保司的安全，珠々只请他找庭师移走店内丁香。
司暑假返家，报告已获录用。10 月 21 日，珠々应司的邀请，一同前往那美川温泉参加白狼祭，途中想起上月带玉枝去见アヤキ。玉枝见到残疾毁容的アヤキ，尖叫着逃回车内。玉枝提到高中教师春峰待她格外好。白狼祭夜里，珠々与司各写下“愿对方幸福地活着，幸福地死去”的绘马。回到旅馆后，她向司展示龍介刺下的丁香，答应交给他写尽一切的笔记。
薫读完笔记，将文稿题作《修罗与丁香》。父亲说，白狼祭后两人在宇都宮分别，圣诞节前珠々家起火，女尸的牙齿骨骼与她相符。薫想起她曾托人移走庭院丁香，怀疑她早有假死准备。薫翌日前往那美川温泉核实，从ユイ处得知，死者本来是男性，后来身体改变成女性，胸前刺青有较大的花，与五瓣丁香不同。
薫来到即将关闭的瀬音馆，通过老板娘做的厚蛋烧的味道与其左手小指伤痕，认出她是高倉珠々。薫指出，河滩死者是 9 年前做过变性手术的和巳。珠々说，和巳耗尽富婆遗产后沦落卖身，为筹钱重过生活，在花与桂的墓寺、紫丁香亭、高倉宅遗址守候，跟踪珠々到住处，与木内剛破锁闯入。珠々为了保护薫，亲手枪杀了剛。珠々确认薫恢复了日常生活，立刻搬到与司留有回忆的那美川温泉。她受雇于瀬音馆，由经营旅馆的夫妇收留，后来独力经营。薫指出，和巳的四瓣丁香与珠々的五瓣图案有所不同。
本作以主人公薫的调查、珠々的手记、父辈往事三线交错展开，围绕跨越数十年的身世谜团层层推进。核心伏线“丁香花瓣”反复出现在不同时代，将分散的事件与人物关系逐一串联，让许多旧事在后段获得新的解释。作品的时间跨度较大，人物关系繁复，后半段信息量明显偏重，部分真相依赖对人物心理和动机的追溯，一些象征性线索也略显刻意。与其说是本格推理，不如说真正贯穿全篇的是浓重的悲剧气息与人物命运，整体气质反而更接近严肃文学。